[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-5vcw: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN MYT1 KINASE DOMAIN IN COMPLEX WITH Pel... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5vcw | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN MYT1 KINASE DOMAIN IN COMPLEX WITH Pelitinib | ||||||
![]() | Membrane-associated tyrosine- and threonine-specific cdc2-inhibitory kinase | ||||||
![]() | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / KINASE DOMAIN / CELL CYCLE / TYROSINE- AND THREONINE-SPECIFIC KINASE / MEMBRANE-ASSOCIATED PROTEIN KINASE / TRANSFERASE / INHIBITOR / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | ![]() negative regulation of G2/MI transition of meiotic cell cycle / G2/M DNA replication checkpoint / negative regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / Polo-like kinase mediated events / regulation of mitotic nuclear division / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / meiotic cell cycle / G2/M transition of mitotic cell cycle / kinase activity ...negative regulation of G2/MI transition of meiotic cell cycle / G2/M DNA replication checkpoint / negative regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / Polo-like kinase mediated events / regulation of mitotic nuclear division / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / meiotic cell cycle / G2/M transition of mitotic cell cycle / kinase activity / mitotic cell cycle / protein tyrosine kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / phosphorylation / Golgi membrane / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / endoplasmic reticulum membrane / nucleolus / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / nucleoplasm / ATP binding / membrane / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhu, J.-Y. / Schonbrunn, E. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Structural Basis of Wee Kinases Functionality and Inactivation by Diverse Small Molecule Inhibitors. Authors: Zhu, J.Y. / Cuellar, R.A. / Berndt, N. / Lee, H.E. / Olesen, S.H. / Martin, M.P. / Jensen, J.T. / Georg, G.I. / Schonbrunn, E. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 243.9 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 195.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 961.4 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 972.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 24.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 32.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5v5yC ![]() 5vc3C ![]() 5vc4C ![]() 5vc5C ![]() 5vc6C ![]() 5vcvSC ![]() 5vcxC ![]() 5vcyC ![]() 5vczC ![]() 5vd0C ![]() 5vd1C ![]() 5vd2C ![]() 5vd3C ![]() 5vdkC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 34498.133 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: KINASE DOMAIN, UNP RESIDUES 75-362 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q99640, non-specific serine/threonine protein kinase #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.84 Å3/Da / Density % sol: 56.64 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 6.9 MG/ML MYT1, 25 mM HEPES, 100 MM SODIUM CHLORIDE, 0.5 mM DTT, 0.05 M MES pH 6.5, 0.8 M Magnesium sulfate, 2 mM Pelitinib |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Aug 25, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: ROSENBAUM-ROCK DOUBLE-CRYSTAL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.25→36.425 Å / Num. obs: 36183 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.426 % / Biso Wilson estimate: 43.2 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rrim(I) all: 0.091 / Χ2: 0.974 / Net I/σ(I): 10.29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
---|
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5VCV Resolution: 2.25→36.425 Å / SU ML: 0.29 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / Phase error: 31.59
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 284.03 Å2 / Biso mean: 69.7286 Å2 / Biso min: 31.25 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.25→36.425 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|