PDB-1zye: Crystal structure analysis of Bovine Mitochondrial Peroxiredoxin III

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1zye

タイトル

Crystal structure analysis of Bovine Mitochondrial Peroxiredoxin III

要素

Thioredoxin-dependent peroxide reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / catenane / dodecamer / peroxiredoxin

機能・相同性

機能・相同性情報

Detoxification of Reactive Oxygen Species / maternal placenta development / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / myeloid cell differentiation / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / cell redox homeostasis / cellular response to reactive oxygen species / regulation of mitochondrial membrane potential / hydrogen peroxide catabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.3 Å

データ登録者

Cao, Z. / Roszak, A.W. / Gourlay, L.J. / Lindsay, J.G. / Isaacs, N.W.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2005
タイトル: Bovine Mitochondrial Peroxiredoxin III Forms a Two-Ring Catenane
著者: Cao, Z. / Roszak, A.W. / Gourlay, L.J. / Lindsay, J.G. / Isaacs, N.W.

履歴

登録	2005年6月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年9月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2020年9月9日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: struct / struct_ref_seq_dif / Item: _struct.title / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2021年11月10日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.5	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/1zye ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/1zye	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1qmvS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	11016 4uqq-d 5945 7nvx-d 1929 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thioredoxin-dependent peroxide reductase

B: Thioredoxin-dependent peroxide reductase

C: Thioredoxin-dependent peroxide reductase

D: Thioredoxin-dependent peroxide reductase

E: Thioredoxin-dependent peroxide reductase

F: Thioredoxin-dependent peroxide reductase

G: Thioredoxin-dependent peroxide reductase

H: Thioredoxin-dependent peroxide reductase

I: Thioredoxin-dependent peroxide reductase

J: Thioredoxin-dependent peroxide reductase

K: Thioredoxin-dependent peroxide reductase

L: Thioredoxin-dependent peroxide reductase

292 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Thioredoxin-dependent peroxide reductase

B: Thioredoxin-dependent peroxide reductase

C: Thioredoxin-dependent peroxide reductase

D: Thioredoxin-dependent peroxide reductase

E: Thioredoxin-dependent peroxide reductase

F: Thioredoxin-dependent peroxide reductase

G: Thioredoxin-dependent peroxide reductase

H: Thioredoxin-dependent peroxide reductase

I: Thioredoxin-dependent peroxide reductase

J: Thioredoxin-dependent peroxide reductase

K: Thioredoxin-dependent peroxide reductase

L: Thioredoxin-dependent peroxide reductase

A: Thioredoxin-dependent peroxide reductase

B: Thioredoxin-dependent peroxide reductase

C: Thioredoxin-dependent peroxide reductase

D: Thioredoxin-dependent peroxide reductase

E: Thioredoxin-dependent peroxide reductase

F: Thioredoxin-dependent peroxide reductase

G: Thioredoxin-dependent peroxide reductase

H: Thioredoxin-dependent peroxide reductase

I: Thioredoxin-dependent peroxide reductase

J: Thioredoxin-dependent peroxide reductase

K: Thioredoxin-dependent peroxide reductase

L: Thioredoxin-dependent peroxide reductase

登録者が定義した集合体
585 kDa, 24 ポリマー
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2

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

3

A: Thioredoxin-dependent peroxide reductase

B: Thioredoxin-dependent peroxide reductase

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48.7 kDa, 2 ポリマー
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4

C: Thioredoxin-dependent peroxide reductase

D: Thioredoxin-dependent peroxide reductase

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48.7 kDa, 2 ポリマー
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5

E: Thioredoxin-dependent peroxide reductase

F: Thioredoxin-dependent peroxide reductase

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6

G: Thioredoxin-dependent peroxide reductase

H: Thioredoxin-dependent peroxide reductase

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7

I: Thioredoxin-dependent peroxide reductase

J: Thioredoxin-dependent peroxide reductase

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8

K: Thioredoxin-dependent peroxide reductase

L: Thioredoxin-dependent peroxide reductase

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48.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	300.995, 80.679, 124.295
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 112.76, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	PRO	PRO	GLY	GLY	1	B	B	2 - 19	27 - 44
2	1	1	PRO	PRO	GLY	GLY	1	A	A	2 - 19	27 - 44
3	2	1	GLU	GLU	GLU	GLU	3	B	B	20	45
4	2	1	GLU	GLU	GLU	GLU	3	A	A	20	45
5	3	1	PHE	PHE	ALA	ALA	1	B	B	21 - 163	46 - 188
6	3	1	PHE	PHE	ALA	ALA	1	A	A	21 - 163	46 - 188
1	1	2	PRO	PRO	ALA	ALA	1	C	C	2 - 163	27 - 188
2	1	2	PRO	PRO	ALA	ALA	1	A	A	2 - 163	27 - 188
1	1	3	PRO	PRO	VAL	VAL	1	D	D	2 - 161	27 - 186
2	1	3	PRO	PRO	VAL	VAL	1	A	A	2 - 161	27 - 186
3	2	3	GLU	GLU	ALA	ALA	3	D	D	162 - 163	187 - 188
4	2	3	GLU	GLU	ALA	ALA	3	A	A	162 - 163	187 - 188
1	1	4	PRO	PRO	LYS	LYS	1	E	E	2 - 105	27 - 130
2	1	4	PRO	PRO	LYS	LYS	1	A	A	2 - 105	27 - 130
3	2	4	GLN	GLN	GLN	GLN	3	E	E	106	131
4	2	4	GLN	GLN	GLN	GLN	3	A	A	106	131
5	3	4	ILE	ILE	SER	SER	1	E	E	107 - 108	132 - 133
6	3	4	ILE	ILE	SER	SER	1	A	A	107 - 108	132 - 133
7	4	4	ARG	ARG	ARG	ARG	3	E	E	109	134
8	4	4	ARG	ARG	ARG	ARG	3	A	A	109	134
9	5	4	ASP	ASP	ALA	ALA	1	E	E	110 - 163	135 - 188
10	5	4	ASP	ASP	ALA	ALA	1	A	A	110 - 163	135 - 188
1	1	5	PRO	PRO	LEU	LEU	1	F	F	2 - 103	27 - 128
2	1	5	PRO	PRO	LEU	LEU	1	A	A	2 - 103	27 - 128
3	2	5	THR	THR	THR	THR	3	F	F	104	129
4	2	5	THR	THR	THR	THR	3	A	A	104	129
5	3	5	LYS	LYS	LYS	LYS	1	F	F	105	130
6	3	5	LYS	LYS	LYS	LYS	1	A	A	105	130
7	4	5	GLN	GLN	GLN	GLN	3	F	F	106	131
8	4	5	GLN	GLN	GLN	GLN	3	A	A	106	131
9	5	5	ILE	ILE	ALA	ALA	1	F	F	107 - 163	132 - 188
10	5	5	ILE	ILE	ALA	ALA	1	A	A	107 - 163	132 - 188
1	1	6	PRO	PRO	LEU	LEU	1	G	G	2 - 103	27 - 128
2	1	6	PRO	PRO	LEU	LEU	1	A	A	2 - 103	27 - 128
3	2	6	THR	THR	THR	THR	3	G	G	104	129
4	2	6	THR	THR	THR	THR	3	A	A	104	129
5	3	6	LYS	LYS	LYS	LYS	1	G	G	105	130
6	3	6	LYS	LYS	LYS	LYS	1	A	A	105	130
7	4	6	GLN	GLN	GLN	GLN	3	G	G	106	131
8	4	6	GLN	GLN	GLN	GLN	3	A	A	106	131
9	5	6	ILE	ILE	GLN	GLN	1	G	G	107 - 159	132 - 184
10	5	6	ILE	ILE	GLN	GLN	1	A	A	107 - 159	132 - 184
11	6	6	PHE	PHE	PHE	PHE	3	G	G	160	185
12	6	6	PHE	PHE	PHE	PHE	3	A	A	160	185
13	7	6	VAL	VAL	ALA	ALA	1	G	G	161 - 163	186 - 188
14	7	6	VAL	VAL	ALA	ALA	1	A	A	161 - 163	186 - 188
1	1	7	PRO	PRO	ASP	ASP	1	H	H	2 - 63	27 - 88
2	1	7	PRO	PRO	ASP	ASP	1	A	A	2 - 63	27 - 88
3	2	7	GLN	GLN	GLN	GLN	3	H	H	106	131
4	2	7	GLN	GLN	GLN	GLN	3	A	A	106	131
5	3	7	ILE	ILE	SER	SER	1	H	H	107 - 108	132 - 133
6	3	7	ILE	ILE	SER	SER	1	A	A	107 - 108	132 - 133
7	4	7	ALA	ALA	ALA	ALA	3	H	H	163	188
8	4	7	ALA	ALA	ALA	ALA	3	A	A	163	188
9	5	7	VAL	VAL	VAL	VAL	3	H	H	64	89
10	5	7	VAL	VAL	VAL	VAL	3	A	A	64	89
11	6	7	ASN	ASN	LYS	LYS	1	H	H	65 - 105	90 - 130
12	6	7	ASN	ASN	LYS	LYS	1	A	A	65 - 105	90 - 130
13	7	7	ARG	ARG	ARG	ARG	3	H	H	109	134
14	7	7	ARG	ARG	ARG	ARG	3	A	A	109	134
15	8	7	ASP	ASP	GLU	GLU	1	H	H	110 - 162	135 - 187
16	8	7	ASP	ASP	GLU	GLU	1	A	A	110 - 162	135 - 187
1	1	8	PRO	PRO	VAL	VAL	1	I	I	2 - 64	27 - 89
2	1	8	PRO	PRO	VAL	VAL	1	A	A	2 - 64	27 - 89
3	2	8	ASN	ASN	ASN	ASN	3	I	I	65	90
4	2	8	ASN	ASN	ASN	ASN	3	A	A	65	90
5	3	8	CYS	CYS	VAL	VAL	1	I	I	66 - 161	91 - 186
6	3	8	CYS	CYS	VAL	VAL	1	A	A	66 - 161	91 - 186
7	4	8	GLU	GLU	ALA	ALA	3	I	I	162 - 163	187 - 188
8	4	8	GLU	GLU	ALA	ALA	3	A	A	162 - 163	187 - 188
1	1	9	PRO	PRO	HIS	HIS	1	J	J	2 - 62	27 - 87
2	1	9	PRO	PRO	HIS	HIS	1	A	A	2 - 62	27 - 87
3	2	9	ASP	ASP	ASP	ASP	3	J	J	63	88
4	2	9	ASP	ASP	ASP	ASP	3	A	A	63	88
5	3	9	VAL	VAL	ALA	ALA	1	J	J	64 - 163	89 - 188
6	3	9	VAL	VAL	ALA	ALA	1	A	A	64 - 163	89 - 188
1	1	10	PRO	PRO	GLY	GLY	1	K	K	2 - 19	27 - 44
2	1	10	PRO	PRO	GLY	GLY	1	A	A	2 - 19	27 - 44
3	2	10	GLU	GLU	GLU	GLU	3	K	K	20	45
4	2	10	GLU	GLU	GLU	GLU	3	A	A	20	45
5	3	10	PHE	PHE	ALA	ALA	1	K	K	21 - 163	46 - 188
6	3	10	PHE	PHE	ALA	ALA	1	A	A	21 - 163	46 - 188
1	1	11	PRO	PRO	PHE	PHE	1	L	L	2 - 61	27 - 86
2	1	11	PRO	PRO	PHE	PHE	1	A	A	2 - 61	27 - 86
3	2	11	HIS	HIS	HIS	HIS	3	L	L	62	87
4	2	11	HIS	HIS	HIS	HIS	3	A	A	62	87
5	3	11	ASP	ASP	ALA	ALA	1	L	L	63 - 163	88 - 188
6	3	11	ASP	ASP	ALA	ALA	1	A	A	63 - 163	88 - 188

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11

#1: タンパク質	Thioredoxin-dependent peroxide reductase / Peroxiredoxin 3 / Antioxidant protein 1 / AOP-1 / SP-22 protein / Mitochondrial Peroxiredoxin III 分子量: 24366.580 Da / 分子数: 12 / 変異: C168S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / プラスミド: pET-14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pLysS / 参照: UniProt: P35705, peroxiredoxin
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Thioredoxin-dependent peroxide reductase / Peroxiredoxin 3 / Antioxidant protein 1 / AOP-1 / SP-22 protein / Mitochondrial Peroxiredoxin III

分子量: 24366.580 Da / 分子数: 12 / 変異: C168S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Bos taurus (ウシ) / プラスミド: pET-14 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pLysS / 参照: UniProt: P35705, peroxiredoxin

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.6 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: ammonium sulfate, isopropanol, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月13日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.3→35 Å / Num. all: 41825 / Num. obs: 41825 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.5 % / B_iso Wilson estimate: 80.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 5.1
反射シェル	解像度: 3.3→3.5 Å / 冗長度: 7.6 % / R_merge(I) obs: 0.507 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique all: 6070 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(TRUNCATE)	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB code 1qmv

1qmv

解像度: 3.3→35 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.913 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.883 / SU B: 24.9 / SU ML: 0.409 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.55 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26486	2109	5 %	RANDOM
R_work	0.22624	-	-	-
all	0.22819	41825	-	-
obs	0.22819	39668	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 72.896 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.25 Å²	0 Å²	-2.14 Å²
2-	-	-1.53 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.3→35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15192	0	0	9	15201

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	15576
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.586	1.954	21144
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.791	5	1932
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.641	24.035	684
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.253	15	2508
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.797	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	2412
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	11736
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.235	0.2	7120
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.32	0.2	10656
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	469
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.362	0.2	91
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.12	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.615	1.5	9812
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.138	2	15624
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.342	3	6342
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.47	4.5	5520

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	B	1261	tight positional	0.05	0.05
2	C	1266	tight positional	0.05	0.05
3	D	1260	tight positional	0.07	0.05
4	E	1254	tight positional	0.06	0.05
5	F	1258	tight positional	0.06	0.05
6	G	1251	tight positional	0.05	0.05
7	H	1250	tight positional	0.06	0.05
8	I	1256	tight positional	0.06	0.05
9	J	1262	tight positional	0.06	0.05
10	K	1261	tight positional	0.05	0.05
11	L	1260	tight positional	0.05	0.05
1	B	5	loose positional	0.98	5
3	D	6	loose positional	1.41	5
4	E	12	loose positional	1.55	5
5	F	8	loose positional	0.67	5
6	G	15	loose positional	0.81	5
7	H	16	loose positional	1.29	5
8	I	10	loose positional	1.39	5
9	J	4	loose positional	0.27	5
10	K	5	loose positional	0.48	5
11	L	6	loose positional	0.52	5
1	B	1261	tight thermal	0.12	0.5
2	C	1266	tight thermal	0.11	0.5
3	D	1260	tight thermal	0.15	0.5
4	E	1254	tight thermal	0.11	0.5
5	F	1258	tight thermal	0.15	0.5
6	G	1251	tight thermal	0.12	0.5
7	H	1250	tight thermal	0.1	0.5
8	I	1256	tight thermal	0.1	0.5
9	J	1262	tight thermal	0.12	0.5
10	K	1261	tight thermal	0.1	0.5
11	L	1260	tight thermal	0.17	0.5
1	B	5	loose thermal	3.36	10
3	D	6	loose thermal	1.09	10
4	E	12	loose thermal	5.97	10
5	F	8	loose thermal	0.77	10
6	G	15	loose thermal	1.18	10
7	H	16	loose thermal	4.36	10
8	I	10	loose thermal	1.82	10
9	J	4	loose thermal	1.8	10
10	K	5	loose thermal	2.8	10
11	L	6	loose thermal	7.58	10

LS精密化シェル

解像度: 3.3→3.385 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.338	160	-
R_work	0.305	2911	-
obs	-	2911	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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