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万見
- PDB-3wv6: Crystal Structure of a protease-resistant mutant form of human ga... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wv6
タイトルCrystal Structure of a protease-resistant mutant form of human galectin-9
要素Galectin-9
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Beta sandwich / Carbohydrate-binding / Oligosaccharide
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of activated T cell autonomous cell death / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation involved in immune response / Interleukin-2 family signaling / positive regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of T-helper 1 type immune response / positive regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / negative regulation of mast cell degranulation / natural killer cell tolerance induction / positive regulation of dendritic cell chemotaxis / positive regulation of dendritic cell differentiation ...positive regulation of activated T cell autonomous cell death / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation involved in immune response / Interleukin-2 family signaling / positive regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of T-helper 1 type immune response / positive regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / negative regulation of mast cell degranulation / natural killer cell tolerance induction / positive regulation of dendritic cell chemotaxis / positive regulation of dendritic cell differentiation / positive regulation of transforming growth factor beta production / galactoside binding / oligosaccharide binding / galactose binding / disaccharide binding / positive regulation of interleukin-13 production / negative regulation of chemokine production / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / positive regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / positive regulation of interleukin-4 production / p38MAPK cascade / negative regulation of activated T cell proliferation / negative regulation of type II interferon production / positive regulation of interleukin-10 production / negative regulation of tumor necrosis factor production / maternal process involved in female pregnancy / positive regulation of T cell migration / positive regulation of interleukin-12 production / ERK1 and ERK2 cascade / response to interleukin-1 / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of interleukin-8 production / female pregnancy / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to virus / cellular response to type II interferon / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of type II interferon production / chemotaxis / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of tumor necrosis factor production / carbohydrate binding / : / response to lipopolysaccharide / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of viral entry into host cell / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / inflammatory response / receptor ligand activity / negative regulation of gene expression / positive regulation of gene expression / enzyme binding / extracellular space / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Galectin-like / Galactoside-binding lectin / Galectin / Galectin, carbohydrate recognition domain / Galactoside-binding lectin / Galactoside-binding lectin (galectin) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-lactose / alpha-lactose / Galectin-9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Yoshida, H. / Kamitori, S.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2017
タイトル: X-ray structure of a protease-resistant mutant form of human galectin-9 having two carbohydrate recognition domains with a metal-binding site
著者: Yoshida, H. / Nishi, N. / Wada, K. / Nakamura, T. / Hirashima, M. / Kuwabara, N. / Kato, R. / Kamitori, S.
履歴
登録2014年5月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月14日Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq / Item: _struct_ref_seq.db_align_end
改定 1.22017年8月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Galectin-9
B: Galectin-9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,33818
ポリマ－66,2172
非ポリマー2,12116
水10,737596
1
A: Galectin-9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1699
ポリマ－33,1091
非ポリマー1,0608
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Galectin-9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1699
ポリマ－33,1091
非ポリマー1,0608
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.340, 94.870, 64.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.87, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Galectin-9 / Gal-9 / Ecalectin / Tumor antigen HOM-HD-21


分子量: 33108.625 Da / 分子数: 2 / 変異: R221S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00182

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糖 , 2種, 4分子

#2: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-lactose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-lactose
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-lactose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-lactose
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 3種, 608分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 596 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THIS SEQUENCE IS ISOFORM SHORT OF O00182 (LEG9_HUMAN). RESIDUES 149-177 ...THIS SEQUENCE IS ISOFORM SHORT OF O00182 (LEG9_HUMAN). RESIDUES 149-177 (PPGVWPANPAPITQTVIHTVQSAPGQMFS) WERE REPLACED BY HIS(149)-MET(150).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M L-proline, 4%(w/v) PEG3350, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月29日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→27.85 Å / Num. obs: 46506 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.286 / Mean I/σ(I) obs: 3.99 / Num. unique all: 2306 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2EAK, 2YRO

2eak

2yro


解像度: 1.95→27.85 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.222 4667 RANDOM
Rwork0.188 --
all0.192 46506 -
obs0.192 46506 -
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→27.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4494 0 134 596 5224
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.02 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.263 378
Rwork0.203 -
obs-3833

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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