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- PDB-5vc3: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN WEE1 KINASE DOMAIN IN COMPLEX WITH BOS... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5vc3 | ||||||
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Title | CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN WEE1 KINASE DOMAIN IN COMPLEX WITH BOSUTINIB | ||||||
![]() | Wee1-like protein kinase | ||||||
![]() | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / KINASE DOMAIN / CELL CYCLE / WEE1 / TRANSFERASE / INHIBITOR / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | ![]() negative regulation of G2/MI transition of meiotic cell cycle / G2/M DNA replication checkpoint / negative regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / Polo-like kinase mediated events / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / establishment of cell polarity / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry ...negative regulation of G2/MI transition of meiotic cell cycle / G2/M DNA replication checkpoint / negative regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / Polo-like kinase mediated events / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / establishment of cell polarity / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / neuron projection morphogenesis / positive regulation of DNA replication / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / microtubule cytoskeleton organization / G2/M transition of mitotic cell cycle / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / protein tyrosine kinase activity / phosphorylation / cell division / nucleolus / magnesium ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhu, J.-Y. / Schonbrunn, E. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural Basis of Wee Kinases Functionality and Inactivation by Diverse Small Molecule Inhibitors. Authors: Zhu, J.Y. / Cuellar, R.A. / Berndt, N. / Lee, H.E. / Olesen, S.H. / Martin, M.P. / Jensen, J.T. / Georg, G.I. / Schonbrunn, E. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDB format | ![]() | 135.7 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in XML | ![]() | 12.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 17.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5v5ySC ![]() 5vc4C ![]() 5vc5C ![]() 5vc6C ![]() 5vcvC ![]() 5vcwC ![]() 5vcxC ![]() 5vcyC ![]() 5vczC ![]() 5vd0C ![]() 5vd1C ![]() 5vd2C ![]() 5vd3C ![]() 5vdkC C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 32440.900 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP RESIDUES 291-575 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P30291, non-specific protein-tyrosine kinase | ||||
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#2: Chemical | ChemComp-DB8 / | ||||
#3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Chemical | ChemComp-CL / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.08 Å3/Da / Density % sol: 40.83 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.9 Details: 5.0 MG/ML WEE1, 25 mM Na/K phosphate, 1 mM DTT, 0.05 M ammonium sulfate, 0.05 M Bis-tris (pH 5.5),7.5 % PEG 3350, 1 mM Bosutinib |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 93 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944+ / Detector: CCD / Date: Jun 2, 2016 / Details: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: mirrors / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.9→59.024 Å / Num. obs: 20512 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.635 % / Biso Wilson estimate: 29.1 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rrim(I) all: 0.068 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 12.46 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5V5Y Resolution: 1.97→59.024 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / Phase error: 28.3
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 209.02 Å2 / Biso mean: 50.2264 Å2 / Biso min: 17.38 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.97→59.024 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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