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万見
- PDB-5vcv: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN MYT1 KINASE DOMAIN IN COMPLEX WITH Das... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vcv
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN MYT1 KINASE DOMAIN IN COMPLEX WITH Dasatinib
要素Membrane-associated tyrosine- and threonine-specific cdc2-inhibitory kinase
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / KINASE DOMAIN / CELL CYCLE / TYROSINE- AND THREONINE-SPECIFIC KINASE / MEMBRANE-ASSOCIATED PROTEIN KINASE / TRANSFERASE / INHIBITOR / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of G2/MI transition of meiotic cell cycle / negative regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / G2/M DNA replication checkpoint / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Polo-like kinase mediated events / regulation of mitotic nuclear division / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / meiotic cell cycle / G2/M transition of mitotic cell cycle / kinase activity ...negative regulation of G2/MI transition of meiotic cell cycle / negative regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / G2/M DNA replication checkpoint / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Polo-like kinase mediated events / regulation of mitotic nuclear division / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / meiotic cell cycle / G2/M transition of mitotic cell cycle / kinase activity / mitotic cell cycle / protein kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / Golgi membrane / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / endoplasmic reticulum membrane / nucleolus / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / nucleoplasm / ATP binding / membrane / metal ion binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tyrosine/threonine-protein kinase, Cdc2 inhibitor / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...Tyrosine/threonine-protein kinase, Cdc2 inhibitor / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1N1 / Membrane-associated tyrosine- and threonine-specific cdc2-inhibitory kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Zhu, J.-Y. / Martin, M.P. / Schonbrunn, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)UO1 HD076542 米国
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structural Basis of Wee Kinases Functionality and Inactivation by Diverse Small Molecule Inhibitors.
著者: Zhu, J.Y. / Cuellar, R.A. / Berndt, N. / Lee, H.E. / Olesen, S.H. / Martin, M.P. / Jensen, J.T. / Georg, G.I. / Schonbrunn, E.
履歴
登録2017年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Membrane-associated tyrosine- and threonine-specific cdc2-inhibitory kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1995
ポリマ－34,5781
非ポリマー6214
水3,207178
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1300 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area14810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.130, 68.630, 75.440
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Membrane-associated tyrosine- and threonine-specific cdc2-inhibitory kinase / Myt1 kinase


分子量: 34578.113 Da / 分子数: 1 / 断片: KINASE DOMAIN, UNP RESIDUES 75-362 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PKMYT1, MYT1 / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIPL
参照: UniProt: Q99640, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-1N1 / N-(2-CHLORO-6-METHYLPHENYL)-2-({6-[4-(2-HYDROXYETHYL)PIPERAZIN-1-YL]-2-METHYLPYRIMIDIN-4-YL}AMINO)-1,3-THIAZOLE-5-CARBOXAMIDE / Dasatinib


分子量: 488.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H26ClN7O2S / コメント: 薬剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.6 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 6.9 MG/ML MYT1, 25 mM HEPES, 100 MM SODIUM CHLORIDE, 0.5 mM DTT, 0.1 M CALCIUM CHLORIDE, 0.05 M TRIS pH 8.5, 10 % PEG 4000, 1 mM Dasatinib

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月9日 / 詳細: MIRROES
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→19.56 Å / Num. obs: 22471 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 18.9 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rrim(I) all: 0.058 / Χ2: 0.929 / Net I/σ(I): 27.99
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.92-1.974.1360.2965.1116090.9120.34196.8
1.97-2.025.050.2536.5115690.9410.28496.7
2.02-2.086.1750.2039.5215410.970.22296.3
2.08-2.156.960.17611.6714820.9850.1997.6
2.15-2.227.2050.15913.4714660.9880.17198.1
2.22-2.297.2380.14114.8814070.990.15198.1
2.29-2.387.2590.11617.2313560.9930.12597.8
2.38-2.487.2350.09819.7913260.9950.10598.2
2.48-2.597.2410.0921.9712630.9960.09698.6
2.59-2.727.2170.07424.9712330.9980.0898.8
2.72-2.867.2150.06727.7311790.9970.07399.1
2.86-3.047.240.05332.9410990.9980.05799.1
3.04-3.257.1770.03941.8210560.9990.04299.5
3.25-3.517.1580.03151.759820.9990.03499.4
3.51-3.847.1470.02661.5591010.02899.8
3.84-4.297.0540.02170.3283910.02399.9
4.29-4.966.9960.02273.3573610.02399.9
4.96-6.076.8590.02464.6263710.026100
6.07-8.596.5380.02565.7450610.027100
8.59-19.565.8470.02181.842750.9990.02489.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3P1A

3p1a


解像度: 1.92→19.56 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.92
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1968 1124 5 %
Rwork0.1555 --
obs0.1574 22470 98.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 168.04 Å2 / Biso mean: 28.4245 Å2 / Biso min: 9.55 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.92→19.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2242 0 71 178 2491
Biso mean--24.5 26.79 -
残基数----288
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0122334
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2873158
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05326
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008417
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.119888
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.92-2.00730.20611360.16812581271796
2.0073-2.1130.19981360.15072591272797
2.113-2.24520.22591370.15142596273397
2.2452-2.41830.19311390.15792643278299
2.4183-2.66110.21061400.16522658279899
2.6611-3.0450.23761410.17682680282199
3.045-3.83160.19311440.154427362880100
3.8316-19.56140.1631510.140328613012100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.29381.18634.07451.94462.71535.42910.04740.44760.0112-0.25640.0756-0.30980.10520.8678-0.11030.17390.02030.02310.24470.00750.283146.1438-10.19872.8659
21.6175-0.24860.9791.0556-0.15041.284-0.0388-0.01850.10770.0959-0.0083-0.0157-0.0630.05330.05120.1441-0.00910.01510.12650.010.136131.52960.6657-0.6631
32.77510.5490.1781.69260.38482.23850.01520.056-0.11890.03590.0024-0.04510.1730.07230.00130.15750.00350.00130.12080.02880.103119.3598-4.9974-11.0783
40.0560.4161-0.17863.1663-1.08711.5798-0.0228-0.01770.35290.23410.09190.6219-0.3026-0.4086-0.15540.1920.038-0.00070.22860.04040.33942.0298-0.0095-11.6168
52.4737-1.4008-0.27962.9613-0.7213.1974-0.07010.48220.2549-0.41610.08690.1336-0.21110.04810.05170.2069-0.038-0.06150.2440.06520.143313.58421.3786-24.4438
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 74 through 93 )A74 - 93
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 94 through 227 )A94 - 227
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 228 through 301 )A228 - 301
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 302 through 329 )A302 - 329
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 330 through 361 )A330 - 361

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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