+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6s9j | |||||||||
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Title | Crystal structure of TfR1 mimicry in complex with GP1 from MACV | |||||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN / Immunotherapy / glycoprotein / Viral | |||||||||
Function / homology | Function and homology information transferrin receptor activity / transferrin transport / metalloexopeptidase activity / host cell Golgi membrane / receptor internalization / melanosome / intracellular iron ion homeostasis / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / host cell endoplasmic reticulum membrane ...transferrin receptor activity / transferrin transport / metalloexopeptidase activity / host cell Golgi membrane / receptor internalization / melanosome / intracellular iron ion homeostasis / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Machupo virus Neotoma albigula (white-throated woodrat) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.698 Å | |||||||||
Authors | Diskin, R. / Cohen-Dvashi, H. | |||||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2020 Title: Rational design of universal immunotherapy for TfR1-tropic arenaviruses. Authors: Cohen-Dvashi, H. / Amon, R. / Agans, K.N. / Cross, R.W. / Borenstein-Katz, A. / Mateo, M. / Baize, S. / Padler-Karavani, V. / Geisbert, T.W. / Diskin, R. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6s9j.cif.gz | 504.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6s9j.ent.gz | 423 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6s9j.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s9/6s9j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s9/6s9j | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3kasS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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4 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 2 types, 8 molecules BDFHACEG
#1: Protein | Mass: 19343.811 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 85-244 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: GSHHHHHH is an expression tag / Source: (gene. exp.) Machupo virus / Gene: GPC / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: Q8AZ57 #2: Protein | Mass: 19651.193 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: SGHHHHHH is an expression tag,SGHHHHHH is an expression tag Source: (gene. exp.) Neotoma albigula (white-throated woodrat) Gene: TfR1 / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: A0A060BIS8 |
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-Sugars , 3 types, 5 molecules
#3: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
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#4: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
#5: Sugar |
-Non-polymers , 1 types, 42 molecules
#6: Water | ChemComp-HOH / |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.47 Å3/Da / Density % sol: 50.17 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2 M Na Thiocyanate pH 6.9, 20% PEG 3350 and 5% MPD |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID30B / Wavelength: 0.9198 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Mar 8, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9198 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.698→50 Å / Num. obs: 41703 / % possible obs: 94.3 % / Redundancy: 10.2 % / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.038 / Net I/σ(I): 17.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.698→2.75 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 1000 / CC1/2: 0.3 / Rpim(I) all: 0.483 / % possible all: 46.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3KAS Resolution: 2.698→49.559 Å / SU ML: 0.36 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.48 / Phase error: 29.72
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.7 Å / VDW probe radii: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.698→49.559 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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