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- PDB-5xe7: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis extracytoplasmic ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5xe7 | |||||||||
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Title | Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis extracytoplasmic function sigma factor SigJ | |||||||||
![]() | ECF RNA polymerase sigma factor SigJ | |||||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN / RNA polymerase subunit / ECF41 sigma factor / DNA binding / SnoaL_2 domain | |||||||||
Function / homology | ![]() sigma factor activity / DNA-templated transcription initiation / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Goutam, K. / Gopal, B. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: The fused SnoaL_2 domain in the Mycobacterium tuberculosis sigma factor sigma J modulates promoter recognition Authors: Goutam, K. / Gupta, A.K. / Gopal, B. #1: Journal: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / Year: 2015 Title: Crystallographic studies of the extracytoplasmic function sigma factor sigma(J) from Mycobacterium tuberculosis. Authors: Goutam, K. / Gupta, A.K. / Gopal, B. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 207.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 171.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 33710.184 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 1-306 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 25618 / H37Rv / Gene: sigJ, Rv3328c / Production host: ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.49 Å3/Da / Density % sol: 50.53 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: microbatch Details: 0.2M potassium sodium tartrate, 0.1M sodium citrate tribasic pH 5.6, 2M ammonium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Feb 19, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97867 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.16→66.8 Å / Num. obs: 35959 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 22.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 25.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.16→2.28 Å / Redundancy: 21.2 % / Rmerge(I) obs: 0.574 / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / Num. unique obs: 5166 / CC1/2: 0.938 / % possible all: 99.8 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Details: The structure factor file contains friedel pairs in F_PLUS/MINUS and I_PLUS/MINUS columns. The difference between the reflection number for data collection and refinement is because of ...Details: The structure factor file contains friedel pairs in F_PLUS/MINUS and I_PLUS/MINUS columns. The difference between the reflection number for data collection and refinement is because of differential usage of anomalous reflection pairs by the two programs scala (counting the pair as one reflection) and phenix.refine (counting the pair as separate reflection).
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.162→66.749 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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