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- PDB-3lxy: Crystal structure of 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lxy
タイトルCrystal structure of 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase from Yersinia pestis CO92
要素4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase / pdxA / NAD-dependent / dehydrogenase / Metal-binding / NAD / NADP / Pyridoxine biosynthesis / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase / 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase activity / pyridoxal phosphate biosynthetic process / pyridoxine biosynthetic process / cobalt ion binding / NAD binding / magnesium ion binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase / PdxA family / Pyridoxal phosphate biosynthetic protein PdxA / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isopropylmalate Dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
sucrose / NICKEL (II) ION / 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Nocek, B. / Maltseva, N. / Kwon, K. / Anderson, W. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase from Yersinia pestis CO92
著者: Nocek, B. / Maltseva, N. / Kwon, K. / Makowska-Grzyska, M. / Anderson, W. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2010年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22011年12月14日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0704
ポリマ－35,5731
非ポリマー4973
水3,369187
1
A: 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,1398
ポリマ－71,1452
非ポリマー9946
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area2890 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area25330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.939, 88.105, 100.511
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase / 4-(phosphohydroxy)-L-threonine dehydrogenase


分子量: 35572.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: pdxA, YPO0493, y3682, YP_3686 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3
参照: UniProt: P58719, 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase
#2: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.95 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 1 M Ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, 1% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月25日 / 詳細: double crystal
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→35.52 Å / Num. all: 37800 / Num. obs: 36631 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1563 / % possible all: 83

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1R8K

1r8k


解像度: 1.7→35.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 4.071 / SU ML: 0.102 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24794 1836 5 %RANDOM
Rwork0.19153 ---
all0.2 36710 --
obs0.19421 34771 97.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.103 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.78 Å20 Å20 Å2
2--3.79 Å20 Å2
3----2.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→35.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2445 0 29 187 2661
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0222545
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021611
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8751.9813492
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.07234004
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0955336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.10225.545101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.4215395
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.809159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.2427
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0212836
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02440
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.131.51650
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3741.5667
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.78722665
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8333895
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2534.5823
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.743 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 113 -
Rwork0.289 2175 -
obs--84.24 %
精密化 TLS

L11: 0 °2 / L12: 0 °2 / L13: 0 °2 / L22: 0 °2 / L23: 0 °2 / L33: 0 °2 / S11: 0 Å ° / S12: 0 Å ° / S13: 0 Å ° / S21: 0 Å ° / S22: 0 Å ° / S23: 0 Å ° / S31: 0 Å ° / S32: 0 Å ° / S33: 0 Å ° / T11: 0 Å2 / T12: 0 Å2 / T13: 0 Å2 / T22: 0 Å2 / T23: 0 Å2 / T33: 0 Å2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDOrigin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
131.285520.897554.5577
223.553631.892447.6582
320.602725.115656.423
430.79231.573658.1605
511.538730.526654.8508
618.508422.865559.4633
734.146915.3462.4376
819.702311.9655.7673
99.774816.945246.5519
1028.56718.54151.7359
1120.88196.619546.2125
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A15 - 21
2X-RAY DIFFRACTION2A22 - 32
3X-RAY DIFFRACTION3A33 - 46
4X-RAY DIFFRACTION4A47 - 55
5X-RAY DIFFRACTION5A56 - 72
6X-RAY DIFFRACTION6A73 - 81
7X-RAY DIFFRACTION7A82 - 93
8X-RAY DIFFRACTION8A94 - 108
9X-RAY DIFFRACTION9A109 - 116
10X-RAY DIFFRACTION10A117 - 134
11X-RAY DIFFRACTION11A135 - 144

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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