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- PDB-5v93: Cryo-EM structure of the 70S ribosome from Mycobacterium tubercul... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v93
タイトルCryo-EM structure of the 70S ribosome from Mycobacterium tuberculosis bound with Capreomycin
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 18
  • (50S ribosomal protein ...) x 28
  • 16S rRNA
  • 23S rRNA
  • 5S rRNA
  • Capreomycin
  • LSU ribosomal protein L21p
  • Mitochondrial domain of uncharacterised function (DUF1713)
キーワードRIBOSOME / RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / ribosomal small subunit assembly / transferase activity / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit biogenesis / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit ...large ribosomal subunit / ribosomal small subunit assembly / transferase activity / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit biogenesis / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial domain of unknown function (DUF1713) / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / : / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 type A ...Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial domain of unknown function (DUF1713) / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / : / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / : / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / : / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / : / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein S5, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / : / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein L33 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / L28p-like / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Capreomycin 1B / : / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS4 ...Capreomycin 1B / : / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Mitochondrial domain of uncharacterized function (DUF1713) / 50S ribosomal protein L15 / Large ribosomal subunit protein uL13 / 50S ribosomal protein L14 / : / : / : / Large ribosomal subunit protein uL15 / Small ribosomal subunit protein uS12
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
Streptomyces puniceus (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å
データ登録者Yang, K. / Chang, J.-Y. / Cui, Z. / Li, X. / Meng, R. / Duan, L. / Thongchol, J. / Jakana, J. / Huwe, C. / Sacchettini, J. / Zhang, J.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2017
タイトル: Structural insights into species-specific features of the ribosome from the human pathogen Mycobacterium tuberculosis.
著者: Kailu Yang / Jeng-Yih Chang / Zhicheng Cui / Xiaojun Li / Ran Meng / Lijun Duan / Jirapat Thongchol / Joanita Jakana / Christoph M Huwe / James C Sacchettini / Junjie Zhang /
要旨: Ribosomes from Mycobacterium tuberculosis (Mtb) possess species-specific ribosomal RNA (rRNA) expansion segments and ribosomal proteins (rProtein). Here, we present the near-atomic structures of the ...Ribosomes from Mycobacterium tuberculosis (Mtb) possess species-specific ribosomal RNA (rRNA) expansion segments and ribosomal proteins (rProtein). Here, we present the near-atomic structures of the Mtb 50S ribosomal subunit and the complete Mtb 70S ribosome, solved by cryo-electron microscopy. Upon joining of the large and small ribosomal subunits, a 100-nt long expansion segment of the Mtb 23S rRNA, named H54a or the 'handle', switches interactions from with rRNA helix H68 and rProtein uL2 to with rProtein bS6, forming a new intersubunit bridge 'B9'. In Mtb 70S, bridge B9 is mostly maintained, leading to correlated motions among the handle, the L1 stalk and the small subunit in the rotated and non-rotated states. Two new protein densities were discovered near the decoding center and the peptidyl transferase center, respectively. These results provide a structural basis for studying translation in Mtb as well as developing new tuberculosis drugs.
履歴
登録2017年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02017年9月20日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22017年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32020年8月12日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_molecule_features / struct_conn / struct_ref
Item: _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id ..._struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_db_accession
改定 1.42025年8月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _struct_ref.db_code
改定 1.12025年8月6日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: database_2 / em_admin / struct_ref
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _struct_ref.db_code

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-8645
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: 50S ribosomal protein L32
1: 50S ribosomal protein L33
2: 50S ribosomal protein L34
3: 50S ribosomal protein L35
4: 50S ribosomal protein L36
6: 50S ribosomal protein L31
A: 23S rRNA
B: 5S rRNA
C: 50S ribosomal protein L2
D: 50S ribosomal protein L3
E: 50S ribosomal protein L4
F: 50S ribosomal protein L5
G: 50S ribosomal protein L6
H: 50S ribosomal protein L9
J: 50S ribosomal protein L13
K: 50S ribosomal protein L14
L: 50S ribosomal protein L15
M: 50S ribosomal protein L16
N: 50S ribosomal protein L17
O: 50S ribosomal protein L18
P: 50S ribosomal protein L19
Q: 50S ribosomal protein L20
R: LSU ribosomal protein L21p
S: 50S ribosomal protein L22
T: 50S ribosomal protein L23
U: 50S ribosomal protein L24
V: 50S ribosomal protein L25
W: 50S ribosomal protein L27
X: 50S ribosomal protein L28
Y: 50S ribosomal protein L29
Z: 50S ribosomal protein L30
a: 16S rRNA
b: Capreomycin
c: 30S ribosomal protein S3
d: 30S ribosomal protein S4
e: 30S ribosomal protein S5
f: 30S ribosomal protein S6
g: 30S ribosomal protein S7
h: 30S ribosomal protein S8
i: 30S ribosomal protein S9
j: 30S ribosomal protein S10
k: 30S ribosomal protein S11
l: 30S ribosomal protein S12
m: 30S ribosomal protein S13
n: 30S ribosomal protein S14 type Z
o: 30S ribosomal protein S15
p: 30S ribosomal protein S16
q: 30S ribosomal protein S17
r: 30S ribosomal protein S18
s: 30S ribosomal protein S19
t: 30S ribosomal protein S20
x: Mitochondrial domain of uncharacterised function (DUF1713)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,231,03852
ポリマ－2,231,03852
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area239170 Å2
ΔGint-1996 kcal/mol
Surface area800080 Å2
手法PISA

-
要素

+
50S ribosomal protein ... , 28種, 28分子 012346CDEFGHJKLMNOPQSTUVWXYZ

#1: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6525.757 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045IMI5
#2: タンパク質 50S ribosomal protein L33


分子量: 6512.581 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045HU86
#3: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 5611.632 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A1L6JUG3
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 7241.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045KKY9
#5: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36


分子量: 4323.239 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A1L6JSF4
#6: タンパク質 50S ribosomal protein L31


分子量: 8770.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045HLX7
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 30644.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045H5T7
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 23127.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045HU18
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 23779.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045J9H1
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 21052.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045HUU0
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 19408.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045JJU1
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L9


分子量: 16196.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045JW48
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 16333.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A0T9D5H2
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13419.649 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A0U0S3A8
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 15534.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A0T7M0A0, UniProt: A0A654TTE7*PLUS
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 15724.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045IWV9
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 19512.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045IVA2
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L18


分子量: 13211.122 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045JK28
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 13041.126 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045IDD2
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 14557.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045KJ85
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 20424.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045H760
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 10976.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045J9M3
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 11500.274 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045IXU4
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / General stress protein CTC


分子量: 22466.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045JAK4
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 8987.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045K0G1
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 6920.075 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045IDB8
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 8872.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045IQ64
#31: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 7361.569 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045H4J2

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 ABa

#7: RNA鎖 23S rRNA


分子量: 1017792.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: GenBank: 984989958
#8: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 37097.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: GenBank: 1092945381
#32: RNA鎖 16S rRNA


分子量: 498260.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: GenBank: 1050844762

-
タンパク質 , 1種, 1分子 R

#23: タンパク質 LSU ribosomal protein L21p / Ribosomal protein L21 (BL20)


分子量: 11173.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A1N6MHB1

-
タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 bx

#33: タンパク質・ペプチド Capreomycin


タイプ: Cyclic peptide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 670.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces puniceus (バクテリア) / 参照: NOR: NOR00639, Capreomycin 1B
#52: タンパク質・ペプチド Mitochondrial domain of uncharacterised function (DUF1713)


分子量: 4164.300 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A0T5Y2Y4

-
30S ribosomal protein ... , 18種, 18分子 cdefghijklmnopqrst

#34: タンパク質 30S ribosomal protein S3


分子量: 30038.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045H4H6
#35: タンパク質 30S ribosomal protein S4


分子量: 23515.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045GRS4
#36: タンパク質 30S ribosomal protein S5


分子量: 22925.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045JKV0
#37: タンパク質 30S ribosomal protein S6


分子量: 10952.728 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045JVY9
#38: タンパク質 30S ribosomal protein S7


分子量: 17633.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045JMN7
#39: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 14432.563 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045IWX2
#40: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 16465.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045I839
#41: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 11420.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045HTN2
#42: タンパク質 30S ribosomal protein S11


分子量: 14815.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045I821
#43: タンパク質 30S ribosomal protein S12


分子量: 13882.341 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: M9TET4
#44: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 14383.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045GT82
#45: タンパク質 30S ribosomal protein S14 type Z


分子量: 6841.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045HUG3
#46: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 10500.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045JF49
#47: タンパク質 30S ribosomal protein S16


分子量: 17466.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045JER3
#48: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 14776.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A0E9AP91
#49: タンパク質 30S ribosomal protein S18


分子量: 9565.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045JW21
#50: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 10830.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045IXT2
#51: タンパク質 30S ribosomal protein S20


分子量: 9396.876 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045GXQ2

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Ribosome from human pathogen Mycobacterium tuberculosis
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#51 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 1.27 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.11.1_2575: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 184330 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.01156396
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.089234911
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.08883128
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05430106
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00912133

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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