+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5uw8 | ||||||||||||
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Title | Structure of E. coli MCE protein MlaD, core MCE domain | ||||||||||||
Components | Probable phospholipid ABC transporter-binding protein MlaD | ||||||||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / MCE protein / bacterial lipid transport | ||||||||||||
Function / homology | Probable phospholipid ABC transporter-binding protein MlaD / : / Mce/MlaD / MlaD protein / phospholipid transport / plasma membrane / Intermembrane phospholipid transport system binding protein MlaD Function and homology information | ||||||||||||
Biological species | Escherichia coli O157:H7 (bacteria) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 2.15 Å | ||||||||||||
Authors | Bhabha, G. / Ekiert, D.C. | ||||||||||||
Funding support | United States, 3items
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Citation | Journal: Cell / Year: 2017 Title: Architectures of Lipid Transport Systems for the Bacterial Outer Membrane. Authors: Damian C Ekiert / Gira Bhabha / Georgia L Isom / Garrett Greenan / Sergey Ovchinnikov / Ian R Henderson / Jeffery S Cox / Ronald D Vale / Abstract: How phospholipids are trafficked between the bacterial inner and outer membranes through the hydrophilic space of the periplasm is not known. We report that members of the mammalian cell entry (MCE) ...How phospholipids are trafficked between the bacterial inner and outer membranes through the hydrophilic space of the periplasm is not known. We report that members of the mammalian cell entry (MCE) protein family form hexameric assemblies with a central channel capable of mediating lipid transport. The E. coli MCE protein, MlaD, forms a ring associated with an ABC transporter complex in the inner membrane. A soluble lipid-binding protein, MlaC, ferries lipids between MlaD and an outer membrane protein complex. In contrast, EM structures of two other E. coli MCE proteins show that YebT forms an elongated tube consisting of seven stacked MCE rings, and PqiB adopts a syringe-like architecture. Both YebT and PqiB create channels of sufficient length to span the periplasmic space. This work reveals diverse architectures of highly conserved protein-based channels implicated in the transport of lipids between the membranes of bacteria and some eukaryotic organelles. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5uw8.cif.gz | 302.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5uw8.ent.gz | 250.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5uw8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5uw8_validation.pdf.gz | 490.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5uw8_full_validation.pdf.gz | 496.3 KB | Display | |
Data in XML | 5uw8_validation.xml.gz | 24.8 KB | Display | |
Data in CIF | 5uw8_validation.cif.gz | 36.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/5uw8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/5uw8 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8608C 8610C 8611C 8612C 5uvnC 5uw2C 5uwaC 5uwbC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | AS PER THE AUTHORS THERE IS SOME AMBIGUITY AS TO WHETHER THIS PROTEIN FORMS A HEPTAMER OR A TETRADECAMER. |
-Components
#1: Protein | Mass: 13564.138 Da / Num. of mol.: 7 / Fragment: UNP residues 32-140 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli O157:H7 (bacteria) / Gene: mlaD, Z4556, ECs4072 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P64605 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.75 Å3/Da / Density % sol: 55.29 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.1 M sodium acetate pH 4.5, and 40% 1,2 propanediol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.3.1 / Wavelength: 1.116 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jan 16, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.116 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.15→50 Å / Num. obs: 55590 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 7.6 % / CC1/2: 0.46 / Net I/σ(I): 15.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 2.15→42.12 Å / SU ML: 0.34 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / Phase error: 30.06
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.15→42.12 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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