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- PDB-4yjj: Crystal structure of Phycocyanin from marine cyanobacterium Phorm... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yjj
タイトルCrystal structure of Phycocyanin from marine cyanobacterium Phormidium rubidum sp. A09DM
要素
  • Alpha Subunit of Cyanobacterial Phycocyanine protein
  • Beta Subunit of Cyanobacterial Phycocyanine protein
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Phycocyanin / Light harvesting Antenna Complex / Phycobillisome
機能・相同性
機能・相同性情報


phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis
類似検索 - 分子機能
Phycocyanin, alpha subunit / Phycocyanin, beta subunit / Phycocyanins / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHYCOCYANOBILIN / Phycocyanin-Beta subunit / Phycocyanin-Alpha subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Phormidium (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Gupta, G.D. / Kumar, V. / Sonani, R.R. / Madamwar, D.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Phycocyanin from marine cyanobacterium Phormidium rubidum sp. A09DM
著者: Gupta, G.D. / Kumar, V. / Sonani, R.R. / Madamwar, D.
履歴
登録2015年3月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha Subunit of Cyanobacterial Phycocyanine protein
B: Beta Subunit of Cyanobacterial Phycocyanine protein
C: Alpha Subunit of Cyanobacterial Phycocyanine protein
D: Beta Subunit of Cyanobacterial Phycocyanine protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,48210
ポリマ－70,9504
非ポリマー3,5326
水1,76598
1
A: Alpha Subunit of Cyanobacterial Phycocyanine protein
B: Beta Subunit of Cyanobacterial Phycocyanine protein
ヘテロ分子

A: Alpha Subunit of Cyanobacterial Phycocyanine protein
B: Beta Subunit of Cyanobacterial Phycocyanine protein
ヘテロ分子

A: Alpha Subunit of Cyanobacterial Phycocyanine protein
B: Beta Subunit of Cyanobacterial Phycocyanine protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,72315
ポリマ－106,4256
非ポリマー5,2989
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area23950 Å2
ΔGint-257 kcal/mol
Surface area39290 Å2
手法PISA
2
C: Alpha Subunit of Cyanobacterial Phycocyanine protein
D: Beta Subunit of Cyanobacterial Phycocyanine protein
ヘテロ分子

C: Alpha Subunit of Cyanobacterial Phycocyanine protein
D: Beta Subunit of Cyanobacterial Phycocyanine protein
ヘテロ分子

C: Alpha Subunit of Cyanobacterial Phycocyanine protein
D: Beta Subunit of Cyanobacterial Phycocyanine protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,72315
ポリマ－106,4256
非ポリマー5,2989
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area23930 Å2
ΔGint-256 kcal/mol
Surface area39320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.354, 102.354, 109.021
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: T (正4面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERAA1 - 1621 - 162
21SERSERCC1 - 1621 - 162
12ALAALABB1 - 1721 - 172
22ALAALADD1 - 1721 - 172

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Alpha Subunit of Cyanobacterial Phycocyanine protein


分子量: 17360.545 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Phormidium (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A0B6XLG9*PLUS
#2: タンパク質 Beta Subunit of Cyanobacterial Phycocyanine protein


分子量: 18114.537 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Phormidium (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A0B6XLA1*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE SEQUENCES OF THE PROTEINS HAVE BEEN DEPOSITED TO GENBANK WITH ACCESSION NUMBER CEK42834 AND ...THE SEQUENCES OF THE PROTEINS HAVE BEEN DEPOSITED TO GENBANK WITH ACCESSION NUMBER CEK42834 AND CEK42835 RESPECTIVELY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 18.5% PEG 3350, 0.1 M sodium citrate buffer pH 6.0 / PH範囲: 6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: OTHER / 波長: 1.54056 Å
検出器タイプ: AGILENT TITAN CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54056 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→19.34 Å / Num. obs: 17802 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.1 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Rpim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 12 / Num. measured all: 109336 / Scaling rejects: 356
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.7-2.8340.4213.3950823720.8220.238100
8.96-19.349.30.04542.442264560.9990.01589.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
Aimless0.2.8データスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
Aimlessデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.845 / WRfactor Rfree: 0.2246 / WRfactor Rwork: 0.1804 / FOM work R set: 0.8317 / SU B: 14.225 / SU ML: 0.29 / SU Rfree: 0.3976 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.398 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2579 908 5.1 %RANDOM
Rwork0.2075 ---
obs0.21 16878 99.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 61.61 Å2 / Biso mean: 24.681 Å2 / Biso min: 4.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.92 Å2-0.92 Å2-0 Å2
2---0.92 Å2-0 Å2
3---2.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4940 0 258 98 5296
Biso mean--23.66 16.04 -
残基数----668
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.025292
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.025007
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0832.0257206
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0733.00111444
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1475664
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.34223.679193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.42515795
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.9881532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2804
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.026084
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0130.021180
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.11 Å / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数
11A8794
12C8794
21B9241
22D9241
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.769 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 85 -
Rwork0.256 1219 -
all-1304 -
obs--99.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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