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- PDB-5ook: Structure of A. marina Phycocyanin contains overlapping isoforms -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ook
タイトルStructure of A. marina Phycocyanin contains overlapping isoforms
要素
  • Phycocyanin, alpha subunit
  • Phycocyanin, beta subunit
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Models / Phycobilisome / Phycocyanin / A. marina
機能・相同性
機能・相同性情報


phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis
類似検索 - 分子機能
Phycocyanin, alpha subunit / Phycocyanin, beta subunit / Phycocyanins / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHYCOCYANOBILIN / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Phycocyanin, alpha subunit / Phycocyanin, beta subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Acaryochloris marina (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Bar-Zvi, S. / Lahav, A. / Blankenship, E.R. / Adir, N.
資金援助 イスラエル, 1件
組織認可番号国
United States - Israel Binational Science Foundation (BSF)2014395 イスラエル
引用ジャーナル: Biochim. Biophys. Acta / 年: 2018
タイトル: Structural heterogeneity leads to functional homogeneity in A. marina phycocyanin.
著者: Bar-Zvi, S. / Lahav, A. / Harris, D. / Niedzwiedzki, D.M. / Blankenship, R.E. / Adir, N.
履歴
登録2017年8月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月30日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phycocyanin, alpha subunit
B: Phycocyanin, beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,25615
ポリマ－35,4292
非ポリマー2,82713
水99155
1
A: Phycocyanin, alpha subunit
B: Phycocyanin, beta subunit
ヘテロ分子

A: Phycocyanin, alpha subunit
B: Phycocyanin, beta subunit
ヘテロ分子

A: Phycocyanin, alpha subunit
B: Phycocyanin, beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,76845
ポリマ－106,2866
非ポリマー8,48239
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_685-y+1,x-y+3,z1
crystal symmetry operation3_365-x+y-2,-x+1,z1
Buried area31350 Å2
ΔGint-191 kcal/mol
Surface area40780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)152.806, 152.806, 39.312
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 Phycocyanin, alpha subunit


分子量: 17390.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Acaryochloris marina (バクテリア) / 参照: UniProt: A8ZMJ4
#2: タンパク質 Phycocyanin, beta subunit


分子量: 18038.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Acaryochloris marina (バクテリア) / 参照: UniProt: A8ZMJ5
#3: 化合物 ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M HEPES pH 6.5, 0.1M MgCl2, 9% PEG 2K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: 100
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→132.33 Å / Num. obs: 31134 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 38.39 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.1→2.175 Å / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.555 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 3105 / CC1/2: 0.92 / Rpim(I) all: 0.255 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0171精密化
PHENIX1.9_1692精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1CPC

1cpc


解像度: 2.1→132.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 9.551 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.159 / ESU R Free: 0.14 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21517 1474 4.7 %RANDOM
Rwork0.19307 ---
obs0.19418 29647 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å
原子変位パラメータBiso mean: 59.807 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.24 Å20.12 Å20 Å2
2--0.24 Å2-0 Å2
3----0.77 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→132.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2481 0 199 55 2735
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.022734
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022547
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2362.0343676
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0983.0015875
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6665331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.28924.444108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.91715404
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0151516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2399
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.023020
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0160.02536
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7822.0361333
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.782.0351332
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2483.0451658
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.2483.0461659
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0292.751401
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.0282.751401
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.5513.8842018
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.01526.5873127
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.01426.6123128
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 96 -
Rwork0.278 2195 -
obs--99.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8872.730.68282.76620.7531.087-0.17870.3766-0.6977-0.32830.3979-0.96350.1620.7299-0.21920.48350.10850.21470.5097-0.04360.7531-123.387152.218-10.496
21.6303-1.1020.17873.92810.05161.0641-0.068-0.11060.22960.10240.04530.00250.0748-0.0280.02260.41380.0027-0.0040.0637-0.0040.0433-155.614147.695-0.511
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 174
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 174

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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