PDB-5uw8: Structure of E. coli MCE protein MlaD, core MCE domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5uw8

タイトル

Structure of E. coli MCE protein MlaD, core MCE domain

要素

Probable phospholipid ABC transporter-binding protein MlaD

キーワード

TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / MCE protein / bacterial lipid transport

機能・相同性

Probable phospholipid ABC transporter-binding protein MlaD / Mce/MlaD / MlaD protein / phospholipid transport /

細胞膜 / Intermembrane phospholipid transport system binding protein MlaD

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Bhabha, G. / Ekiert, D.C.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	K99GM112982	米国
Damon Runyon Cancer Research Foundation	DRG-2140-12	米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)		米国

引用

ジャーナル: Cell / 年: 2017
タイトル: Architectures of Lipid Transport Systems for the Bacterial Outer Membrane.
著者: Damian C Ekiert / Gira Bhabha / Georgia L Isom / Garrett Greenan / Sergey Ovchinnikov / Ian R Henderson / Jeffery S Cox / Ronald D Vale /

要旨: How phospholipids are trafficked between the bacterial inner and outer membranes through the hydrophilic space of the periplasm is not known. We report that members of the mammalian cell entry (MCE) ...

履歴

登録	2017年2月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年4月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年4月19日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2019年11月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_related Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_related.content_type

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5uw8.cif.gz	302.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5uw8.ent.gz	250.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5uw8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/5uw8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/5uw8	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8608C 8610C 8611C 8612C 5uvnC 5uw2C 5uwaC 5uwbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2ob9-1 1cpc-5 2c7k-1 4ygo-d 4yjj-2 4yjj-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Probable phospholipid ABC transporter-binding protein MlaD

B: Probable phospholipid ABC transporter-binding protein MlaD

C: Probable phospholipid ABC transporter-binding protein MlaD

D: Probable phospholipid ABC transporter-binding protein MlaD

E: Probable phospholipid ABC transporter-binding protein MlaD

F: Probable phospholipid ABC transporter-binding protein MlaD

G: Probable phospholipid ABC transporter-binding protein MlaD

94.9 kDa, 7 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	139.660, 103.820, 77.210
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 111.03, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

詳細

AS PER THE AUTHORS THERE IS SOME AMBIGUITY AS TO WHETHER THIS PROTEIN FORMS A HEPTAMER OR A TETRADECAMER.

#1: タンパク質	Probable phospholipid ABC transporter-binding protein MlaD 分子量: 13564.138 Da / 分子数: 7 / 断片: UNP residues 32-140 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: mlaD, Z4556, ECs4072 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P64605
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.29 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.5, and 40% 1,2 propanediol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.116 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.116 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 55590 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7.6 % / CC_1/2: 0.46 / Net I/σ(I): 15.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.15→42.12 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 30.06

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2436	1810	3.63 %
R_work	0.2039	-	-
obs	0.2053	49929	89.29 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→42.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5502	0	0	125	5627

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	5703
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.939	7789
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.877	2114
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.034	935
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1016

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1499-2.2081	0.4088	113	0.369	2928	X-RAY DIFFRACTION	71
2.2081-2.273	0.4175	119	0.3433	3142	X-RAY DIFFRACTION	76
2.273-2.3464	0.3565	124	0.3153	3241	X-RAY DIFFRACTION	79
2.3464-2.4303	0.3343	125	0.299	3322	X-RAY DIFFRACTION	81
2.4303-2.5276	0.2992	130	0.2764	3500	X-RAY DIFFRACTION	84
2.5276-2.6426	0.3231	141	0.2587	3638	X-RAY DIFFRACTION	88
2.6426-2.7819	0.2638	139	0.239	3776	X-RAY DIFFRACTION	92
2.7819-2.9561	0.2598	148	0.2182	3942	X-RAY DIFFRACTION	95
2.9561-3.1843	0.2262	149	0.2126	4009	X-RAY DIFFRACTION	97
3.1843-3.5046	0.2678	155	0.2027	4112	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5046-4.0114	0.2256	152	0.1891	4106	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0114-5.0526	0.2033	156	0.1522	4173	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0526-42.1285	0.2045	159	0.1792	4230	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7903	-0.1806	0.9245	2.5936	-0.017	0.4946	-0.0836	0.1816	-0.0652	-0.2456	-0.0495	-0.0588	0.3375	0.1679	0.0001	0.3718	0.0024	0.0472	0.4944	-0.0375	0.4522	13.8091	50.1243	35.069
2	2.8601	-2.1103	1.5078	1.4759	-1.1049	1.3517	0.4201	0.4434	0.0372	0.014	-0.3327	0.0315	0.0573	-0.0521	-0.0002	0.3954	0.0597	0.1167	0.4978	-0.0264	0.3326	13.6725	54.0356	34.8424
3	2.3213	-2.26	-0.1099	3.4887	-1.2524	1.4484	0.0684	-0.018	-0.3433	-0.0821	0.1962	-0.3837	0.3296	0.0751	0.1956	0.3257	-0.0287	0.1065	0.4034	-0.0141	0.3913	15.1694	47.6821	40.4038
4	1.3675	1.2562	1.304	1.1477	0.9851	2.1222	-1.0532	-0.7221	1.63	-0.3116	0.1884	0.1547	-0.6993	-1.945	-0.0842	0.4614	0.107	-0.0299	0.5575	-0.0832	0.4966	5.8891	55.6855	41.1567
5	0.2556	0.1254	0.3015	0.5258	0.4228	0.5016	-0.714	1.3613	0.947	-1.1127	1.2051	0.3817	-2.3183	1.7493	-0.0304	1.3825	0.2503	0.0242	1.2219	0.038	0.8865	2.8087	63.7845	28.8647
6	3.1558	-2.971	-0.4113	1.968	-0.1116	0.103	1.0206	-0.2454	0.7389	-1.2546	0.3656	2.2412	-1.2762	-1.2034	5.1996	0.2286	0.1191	0.2673	0.4769	0.0735	0.2974	8.3031	57.1637	39.0198
7	1.1007	0.3367	0.0081	0.3278	-0.0784	0.0348	-0.3666	-0.0662	-1.3802	0.9496	0.434	-0.1364	-0.1597	0.5408	0.006	0.7117	0.08	0.047	0.6273	0.0339	0.5289	16.9994	54.4712	59.0403
8	0.5816	0.7845	-0.532	1.8925	-0.3116	0.5153	-0.099	-0.1488	-0.8126	0.495	0.0222	0.2876	0.2814	-0.4847	-0.0022	0.5308	-0.0066	0.0305	0.6123	-0.0107	0.5561	13.3747	47.7775	45.5107
9	2.5583	-0.1399	1.7494	1.5686	0.5739	3.3821	0.6465	0.9241	-1.4496	-0.0019	0.221	0.2158	0.838	-0.1183	1.3148	0.5314	0.1212	-0.2065	0.774	-0.0942	0.7384	-7.3065	38.8989	21.7359
10	0.9797	-0.4656	1.3915	2.5653	-1.6666	2.56	-0.0481	0.785	-1.4351	-0.3677	0.8172	-0.1653	-0.1448	-0.5163	0.5145	0.7575	0.0886	-0.0692	0.8889	-0.0626	0.6118	-6.7623	39.0734	19.0647
11	1.9113	-0.2839	-0.0807	4.206	-2.2955	1.3108	1.4764	0.1788	-1.1434	0.5695	-1.4675	-0.9365	0.6213	-0.2735	-0.1307	0.5684	0.1869	-0.2799	0.7997	-0.0788	1.1214	-24.6941	33.6516	17.513
12	9.202	-0.1001	-1.63	0.6002	-1.0041	2.3866	-0.1686	0.8994	-0.1748	-0.358	0.6114	-0.5813	0.1015	-0.0545	0.3968	0.6133	0.0825	-0.1774	0.5932	-0.2752	1.0436	-7.9862	34.7937	20.4304
13	4.6681	-1.7124	2.1617	2.0268	1.6793	5.482	0.6775	-0.7398	-1.031	0.2323	0.3451	-1.1755	0.9996	-0.4199	2.5742	0.5436	-0.0274	-0.3692	0.5759	0.0526	1.1096	-3.994	35.3914	29.9229
14	0.0012	-0.001	0.04	0.0353	-0.066	0.0754	-0.1108	3.1822	1.2753	-1.7228	1.0369	1.4244	1.1017	0.5068	-0.0026	1.1648	0.0251	-0.0201	0.8941	0.1247	1.4103	-5.0087	55.6701	22.3207
15	0.6338	0.2726	-0.8353	0.3351	-0.361	1.2371	0.3216	-0.1327	-0.0068	0.4537	0.7813	1.0533	-1.3591	-0.284	0.1069	0.5357	0.0849	-0.0492	0.5397	0.0468	0.4849	-7.0847	43.689	27.7527
16	1.8506	0.0431	1.9861	2.4894	1.0368	2.5856	1.1767	-1.0866	-1.373	0.3226	-0.0596	0.1128	1.026	-1.1545	0.174	0.9513	-0.1827	-0.4312	0.7464	0.109	1.0315	-9.4047	31.2305	31.7196
17	1.9294	-0.2493	1.6594	1.8519	-0.899	1.6111	0.304	0.6377	-0.6123	-0.1798	-0.0671	-0.5808	0.7049	0.5331	-0.069	0.5393	0.0802	-0.0196	0.5154	-0.1172	0.5028	-29.7386	43.6642	1.9768
18	3.1656	-1.5269	-1.0935	1.972	-0.8686	1.4683	0.068	-0.3687	0.105	1.193	-0.2852	-0.5256	-1.0005	0.224	-0.1461	0.461	-0.0706	-0.065	0.5216	-0.0421	0.5758	-25.9513	54.7539	10.1648
19	0.9642	0.7966	-0.2945	1.404	0.8045	1.6012	0.2326	0.0994	-0.3294	-0.4315	0.2617	0.2249	-0.7353	-0.1269	0.0446	0.4937	0.0099	0.0633	0.4524	0.0252	0.6433	-26.1696	51.629	5.2392
20	3.953	0.5171	0.3084	0.2396	-0.1716	2.7094	-0.0755	0.3212	-0.5971	-0.0061	-0.0762	0.7947	-0.668	-0.256	0.0031	0.5539	0.077	-0.0161	0.3855	-0.0802	0.2756	-35.1674	54.1097	3.6669
21	2.0457	-0.8902	1.7413	3.1894	-3.4113	5.6781	0.1316	-0.4001	-0.4353	0.6115	-0.0658	-1.3083	0.3553	0.493	-0.0343	0.4718	0.0235	-0.0835	0.497	-0.1087	0.4578	-27.3201	46.3484	13.4794
22	0.1825	0.0024	0.0391	9.4847	-9.427	9.4577	-0.0386	1.7043	-0.648	-1.298	-0.7121	0.3414	3.3387	0.3639	-0.6999	0.9628	-0.1473	-0.1122	0.6026	-0.1562	0.7901	-35.9959	36.8555	20.6985
23	0.2382	-0.0584	0.4084	0.3699	0.3929	1.3603	-0.362	-0.1278	0.7558	-1.9455	0.5092	-0.1529	-1.2106	-0.9803	0.0328	0.9175	-0.3993	-0.0812	1.2161	-0.0142	1.0204	-41.495	31.8641	18.8387
24	1.6437	-1.2586	-0.5584	1.1575	-0.4078	1.8959	0.186	-0.2302	-0.3174	0.2314	0.0984	-0.0564	0.4373	-1.2214	0.2576	0.5883	0.015	-0.0467	0.5924	-0.0269	0.3187	-36.0042	46.0502	10.4972
25	3.0313	1.7949	-0.0409	2.6104	1.9437	1.5962	0.2658	0.5393	0.4207	-1.5909	0.4452	0.7887	-0.5607	-0.6361	1.1719	0.9508	0.0537	-0.0905	0.4442	0.0247	0.3757	-37.1419	77.348	-3.0249
26	0.1029	0.1438	-0.6713	0.5815	-0.3033	1.5268	0.2189	0.2193	-0.1239	0.422	-0.363	-0.6891	-0.0597	-0.0063	0.0001	0.5861	0.0774	0.0614	0.4447	0.1014	0.4462	-29.8871	77.877	7.7076
27	0.9971	-0.9465	0.8271	0.8261	-0.3604	-0.2665	0.1016	0.3747	-0.0741	-0.0942	-0.6245	-0.2059	0.1285	0.0906	-0.0003	0.6906	0.0689	0.1217	0.4884	0.0699	0.4712	-33.364	85.0529	4.158
28	4.6767	1.3206	0.8801	0.5517	0.1101	0.373	-0.4482	0.5449	0.2767	-1.3619	0.3084	1.0952	0.1062	0.9931	-0.3261	0.9101	0.0602	-0.0216	0.5121	0.0862	0.3906	-34.8107	79.9845	0.6284
29	1.2522	-2.6902	-0.2087	9.5669	1.7481	0.5666	-0.0042	-0.0315	-1.5054	-0.6403	-0.5637	2.8288	0.8594	-0.8913	-1.227	0.8072	0.1003	-0.1631	0.4125	-0.0006	0.3279	-42.0068	69.0672	-1.1737
30	6.7793	3.6571	1.0762	2.0018	0.5726	0.1473	1.19	-0.9627	-0.8717	1.2927	-0.9081	-0.3177	-0.0162	0.3563	0.0792	0.8793	0.0203	0.0491	0.4666	0.1009	0.428	-33.7907	74.7152	12.8918
31	0.9648	-0.1339	0.0269	0.0884	-0.0389	0.1077	-0.2483	0.0653	-0.3684	0.0508	0.0329	-1.3062	0.6483	-1.2986	0.0044	0.9359	0.0479	-0.0204	0.8849	0.0808	1.0062	-20.2873	71.7552	13.5005
32	0.2585	-0.1772	-0.3796	0.5974	0.2899	0.3944	0.0851	-1.2177	0.0938	0.3398	-0.5172	-0.7188	-0.3978	-0.143	-0.0012	0.6812	0.0174	0.0709	0.5175	0.0236	0.5379	-32.8729	73.271	9.8669
33	-0.0081	-0.2245	-0.1028	4.056	1.7143	0.7223	0.7002	-0.0556	0.6765	-0.244	-0.6491	1.6505	1.8739	-1.8823	-0.6097	0.5673	-0.1692	-0.193	1.1157	-0.0613	0.9057	-51.7922	68.6198	5.5886
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35	2.7439	-0.1329	1.2541	7.2858	6.2762	6.1363	1.0861	0.4152	-0.4047	-1.0674	0.3307	-1.6144	-0.6178	0.534	1.3298	0.668	-0.0439	-0.0702	0.5635	0.1337	0.5652	-23.6467	104.0278	6.367
36	0.7677	-0.329	1.2246	1.2894	-0.4009	1.3603	0.1395	-0.1834	-0.2625	-0.1305	-0.301	-0.6237	0.2903	0.3075	-0.0978	0.4507	-0.0132	-0.0022	0.5888	0.1695	0.3951	-17.9075	98.5383	14.9106
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38	0.3977	0.2902	0.3681	0.1017	0.3824	0.1386	0.1615	0.0762	0.324	-0.4044	-0.6237	0.8494	-1.2775	-0.6545	-0.6417	0.4725	-0.0126	0.0205	0.5139	0.1007	0.4159	-32.89	102.8474	9.8967
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42	4.9662	-1.6673	2.1298	1.9967	4.0725	3.3243	0.0597	0.8323	1.1756	-0.5762	0.8653	-0.6355	-1.3897	-0.537	3.7401	0.6305	0.21	0.1773	0.5112	0.3387	0.6309	-42.7971	104.3582	19.1415
43	1.4857	0.2778	1.7025	0.8505	1.2459	4.0084	-0.0753	-0.8571	0.3106	0.5109	-0.0019	0.0225	-1.4119	-0.1156	-0.008	0.5148	-0.0616	-0.0398	0.5556	0.049	0.6562	-27.6473	106.3883	18.0516
44	3.8588	-0.2252	0.3964	1.6961	-0.1167	1.3508	-0.3635	0.8507	0.4533	-0.3597	0.0916	-0.3327	0.1775	0.5725	-0.1348	0.462	-0.0246	-0.0696	0.6198	0.1294	0.5451	4.6573	100.0391	31.2998
45	1.1297	1.9358	-0.306	4.4903	0.5159	0.859	-0.2315	0.1851	-0.2397	-0.22	0.1436	0.0684	0.1196	-0.0169	-0.0003	0.4076	-0.055	0.1042	0.6196	0.0336	0.2618	1.3858	100.424	27.2734
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47	5.2386	0.2128	1.2141	4.3623	-0.5043	0.7584	-1.4442	0.518	1.7372	0.1119	0.4606	-0.73	-1.0429	0.1534	-0.2809	0.6759	-0.1175	-0.184	0.6605	0.1978	0.8554	-0.0288	109.2002	29.8514
48	3.5233	-2.6817	0.018	1.9839	0.0833	7.8551	-0.6923	-0.6067	-1.5225	0.3372	1.2379	1.7643	2.0477	-1.8762	1.5794	0.5365	-0.1167	-0.0122	0.6271	0.1371	0.6795	-5.5089	96.0404	32.7192
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50	3.2876	-2.8044	-0.4985	2.8117	1.3045	1.2175	-1.0368	0.5765	1.0814	1.9189	-1.3785	-1.1964	-1.663	1.7098	-6.0556	2.1391	0.1342	-0.7346	0.666	0.0105	1.1851	-11.4092	117.0259	39.3565
51	4.6681	1.013	-4.8454	0.2575	-0.8812	6.9419	0.4038	-1.5829	2.4803	0.736	-0.9107	0.1333	-1.3677	1.3004	-0.5869	0.7193	-0.032	-0.3256	0.5231	0.0075	1.131	2.33	112.239	35.8616
52	1.136	0.603	-0.1206	1.307	0.5531	0.3637	0.7268	-1.4035	-0.279	-1.9826	-0.1074	0.1718	0.2276	-2.0533	0.0385	0.7236	0.0495	-0.041	0.7607	0.2102	0.7215	-2.9645	97.7736	40.1995
53	1.0108	-0.9143	0.1023	3.1671	1.5696	1.4241	-0.2175	0.2337	-0.2273	-0.4538	-0.0329	0.2865	-0.0966	0.0968	-0.001	0.3917	-0.0709	0.0226	0.3937	0.0516	0.5024	17.4202	79.3267	37.1519
54	2.7119	-0.1988	2.2346	1.7001	0.4745	1.9069	-0.3239	0.0144	0.279	0.4284	0.1153	-0.4393	-0.3684	0.1307	-0.0105	0.3625	-0.0238	0.1363	0.3963	0.0159	0.377	20.4769	79.7714	44.0132
55	7.6769	2.7774	0.2525	1.0702	0.3683	0.6735	-0.6618	-0.3804	-0.6961	0.4576	0.0718	2.131	1.0824	-0.8582	-0.151	0.5149	-0.0195	0.0662	0.5113	0.0488	0.934	7.6323	79.3977	43.0522
56	0.4896	-0.3011	0.2136	0.7474	0.0526	0.2866	0.1839	0.0394	-0.3682	-0.0045	-0.5906	1.0987	-0.0548	-0.8383	-0.0524	0.4394	0.0336	-0.0218	0.6128	-0.0616	0.7673	6.3719	80.4627	37.1378
57	7.3304	2.9964	-1.9429	5.9612	0.2174	7.1498	0.1288	-1.562	-0.0643	0.3992	-0.7632	1.1734	-1.0095	2.1049	-1.4971	0.8142	-0.1732	0.495	0.8259	-0.069	1.1277	17.2382	93.1458	57.0144
58	1.8261	0.3205	-1.6557	1.1882	-0.9641	1.9075	-0.6069	-1.4271	-0.4753	0.3609	0.1041	0.5123	0.5207	0.1757	-0.1874	0.4158	-0.0018	0.1223	0.4907	0.0452	0.5575	18.7924	81.8227	49.7062

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 36 through 56 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 57 through 73 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 74 through 97 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 98 through 103 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 104 through 109 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 110 through 115 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 116 through 125 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 126 through 140 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 37 through 62 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 63 through 73 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 74 through 79 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 80 through 87 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 88 through 103 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 104 through 109 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 110 through 115 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 116 through 139 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 36 through 45 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 46 through 62 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 63 through 73 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 74 through 87 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 88 through 115 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 116 through 120 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 121 through 125 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 126 through 140 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 37 through 45 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 46 through 62 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 63 through 79 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 80 through 87 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 88 through 97 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 98 through 103 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 104 through 109 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 110 through 115 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resid 116 through 127 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'D' and (resid 128 through 140 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'E' and (resid 35 through 45 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'E' and (resid 46 through 73 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'E' and (resid 74 through 87 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'E' and (resid 88 through 97 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'E' and (resid 98 through 103 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'E' and (resid 104 through 109 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'E' and (resid 110 through 115 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'E' and (resid 116 through 125 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'E' and (resid 126 through 140 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'F' and (resid 38 through 56 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'F' and (resid 57 through 73 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'F' and (resid 74 through 79 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'F' and (resid 80 through 97 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'F' and (resid 98 through 104 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'F' and (resid 105 through 115 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'F' and (resid 116 through 125 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'F' and (resid 126 through 135 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'F' and (resid 136 through 140 )
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'G' and (resid 35 through 73 )
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'G' and (resid 74 through 97 )
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'G' and (resid 98 through 103 )
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'G' and (resid 104 through 115 )
57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'G' and (resid 116 through 123 )
58	X-RAY DIFFRACTION	58	chain 'G' and (resid 124 through 140 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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