PDB-5ush: Structure of vaccinia virus D8 protein bound to human Fab vv66

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ush

タイトル

Structure of vaccinia virus D8 protein bound to human Fab vv66

要素

Fab vv66 heavy chain
Fab vv66 light chain
IMV membrane protein

キーワード

VIRAL PROTEIN/Immune system / viral protein / antibody / Fab / Immune response / Ig fold / VIRAL PROTEIN-Immune system complex

機能・相同性

機能・相同性情報

carbonate dehydratase activity / virion membrane / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Vaccinia virus (ウイルス)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Zajonc, D.M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structure-function characterization of three human antibodies targeting the vaccinia virus adhesion molecule D8.
著者: Matho, M.H. / Schlossman, A. / Gilchuk, I.M. / Miller, G. / Mikulski, Z. / Hupfer, M. / Wang, J. / Bitra, A. / Meng, X. / Xiang, Y. / Kaever, T. / Doukov, T. / Ley, K. / Crotty, S. / Peters, ...

履歴

登録	2017年2月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年9月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2018年1月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.3	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ush.cif.gz	512 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ush.ent.gz	422.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ush.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5ush_validation.pdf.gz	468.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ush_full_validation.pdf.gz	476 KB	表示
XML形式データ	5ush_validation.xml.gz	44 KB	表示
CIF形式データ	5ush_validation.cif.gz	62.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/us/5ush ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/us/5ush	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5uslC 6b9jC 4e9oS 4fqqS 4etq C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6a67-2 2i9l-2 2i9l-4 6a67-1 4d9r-1 7jmp-d 7kfv-1 2i9l-3 4d9q-2 4d9q-1 4m5z-d 6mlk-d 6bkb-d 6whk-d 4pu0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: IMV membrane protein

D: Fab vv66 heavy chain

E: Fab vv66 light chain

H: Fab vv66 heavy chain

L: Fab vv66 light chain

X: IMV membrane protein

149 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: IMV membrane protein

D: Fab vv66 heavy chain

E: Fab vv66 light chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
74.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

H: Fab vv66 heavy chain

L: Fab vv66 light chain

X: IMV membrane protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
74.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.857, 61.515, 444.405
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	IMV membrane protein 分子量: 27965.414 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-235 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CAH domain / 由来: (組換発現) Vaccinia virus (ウイルス) / 遺伝子: VAC_DPP17_124, VACAC2_124, VACCL3_124 / プラスミド: pET22b+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q1M1K6
#2: 抗体	Fab vv66 heavy chain 分子量: 24071.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体	Fab vv66 light chain 分子量: 22331.643 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.82 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 20% PEG 3350, 200 mM sodium malonate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月19日
放射	モノクロメーター: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal; asymmetric cut 4.965 degs プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.23→38.76 Å / Num. obs: 75859 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.081 / R_pim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 15.7
反射シェル	解像度: 2.23→2.35 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.846 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 10614 / R_pim(I) all: 0.405 / % possible all: 97.5

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
HKL-2000		データ収集
DENZO		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
HKL		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4E9O, 4FQQ

4e9o

4fqq

解像度: 2.3→38.51 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 20.504 / SU ML: 0.224 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.324 / ESU R Free: 0.236 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25699	3518	5 %	RANDOM
R_work	0.21817	-	-	-
obs	0.22015	66196	99.89 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.615 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.85 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.8 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.3→38.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10028	0	0	174	10202

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	10298
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	9121
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.233	1.95	14060
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.878	3	21281
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.611	5	1297
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.728	24.587	412
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.574	15	1576
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.802	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	1587
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	11428
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2031
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.515	2.846	5218
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.515	2.846	5217
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.911	4.267	6505
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.911	4.267	6506
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.433	2.857	5080
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.433	2.857	5081
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.756	4.271	7556
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	2.044	31.819	10472
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	2.026	31.765	10457
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.385	260	-
R_work	0.344	4809	-
obs	-	-	99.92 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7839	0.0193	0.9455	1.5004	-0.5082	4.8322	-0.1054	-0.4727	-0.1349	0.2857	0.0361	0.0754	0.2551	-0.1391	0.0693	0.542	0.1495	0.1926	0.5175	0.1208	0.1419	10.9585	-9.4517	109.4244
2	1.5957	-0.1785	-0.5559	1.3974	0.4048	5.6354	-0.0637	0.0188	0.0108	-0.0357	0.1741	-0.063	0.1609	0.4635	-0.1104	0.0101	-0.0035	0.0065	0.1835	-0.0053	0.054	0.1945	-27.0225	2.1295
3	2.7298	-0.4468	-0.8005	0.7299	-0.3646	6.0764	-0.1248	-0.1703	-0.1816	0.014	0.0114	-0.1099	0.5316	0.4721	0.1134	0.4083	0.119	0.1101	0.1457	0.0715	0.1524	18.9426	-10.6196	74.04
4	0.4286	-0.2758	-0.0953	1.966	-0.3549	7.6325	-0.0593	-0.1886	-0.2629	-0.0364	0.0279	0.1451	0.9796	0.8476	0.0314	0.1665	0.2127	-0.002	0.3678	0.0297	0.1972	1.3108	-33.299	37.942
5	2.987	-0.511	-0.0373	5.0149	0.5516	2.5554	-0.1977	0.0749	0.335	0.132	0.1129	-0.091	0.1226	0.2213	0.0847	0.1081	0.0538	-0.0103	0.1826	-0.0265	0.058	26.3998	4.6019	47.2058
6	5.2822	2.4511	0.7196	3.9498	-0.4764	2.2191	0.1709	-0.1261	0.378	0.0182	-0.2394	0.645	0.414	-0.0315	0.0684	0.4275	0.0359	-0.0003	0.1222	-0.0907	0.1382	-15.8335	-38.8688	62.725
7	1.8016	-0.994	0.8312	2.8558	-1.0171	3.6287	-0.0953	-0.0712	-0.0964	0.0791	-0.044	0.2233	0.0379	-0.2124	0.1392	0.3135	-0.0119	0.0987	0.1289	-0.0501	0.1125	-0.4709	-2.3358	71.0166
8	2.748	-1.0714	-1.3007	2.1771	1.1472	6.4652	0.0065	-0.0497	0.0673	0.0173	0.1617	-0.1088	-0.5848	0.456	-0.1682	0.1063	-0.0482	-0.0044	0.1232	-0.0493	0.0521	-5.6815	-13.0139	40.1154
9	4.7641	-0.6549	-1.8645	2.2291	-0.0258	3.1055	0.048	0.095	-0.0294	0.0253	-0.1349	0.1835	0.1285	-0.1235	0.0869	0.0955	-0.0089	0.0011	0.1335	-0.0719	0.0583	14.7921	2.5678	35.0779
10	4.1667	0.6275	-0.9797	6.7231	-2.3533	3.1543	0.2326	-0.3013	0.5241	0.1978	-0.0697	0.1819	0.1162	-0.0343	-0.1629	0.2588	-0.0463	0.0767	0.2599	-0.1841	0.165	-14.5457	-27.5525	75.1841

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 234
2	X-RAY DIFFRACTION	2	X	2 - 235
3	X-RAY DIFFRACTION	3	D	2 - 122
4	X-RAY DIFFRACTION	4	H	2 - 122
5	X-RAY DIFFRACTION	5	D	123 - 224
6	X-RAY DIFFRACTION	6	H	123 - 222
7	X-RAY DIFFRACTION	7	E	2 - 112
8	X-RAY DIFFRACTION	8	L	2 - 112
9	X-RAY DIFFRACTION	9	E	113 - 213
10	X-RAY DIFFRACTION	10	L	113 - 213

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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