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- PDB-4pu0: Crystal structure of the Escherichia coli alkanesulfonate FMN red... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pu0
タイトルCrystal structure of the Escherichia coli alkanesulfonate FMN reductase SsuE in FMNH2-bound form
要素FMN reductase SsuE
キーワードOXIDOREDUCTASE / Flavodoxin-like Fold / NADPH-dependent FMN reductase / SsuD
機能・相同性
機能・相同性情報


FMN reductase complex / FMN reductase [NAD(P)H] activity / FMN reductase (NADPH) / cellular response to sulfate starvation / FMN reductase (NADPH) activity / alkanesulfonate catabolic process / DNA damage response / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
NADPH-dependent FMN reductase, SsuE / : / NADPH-dependent FMN reductase-like / NADPH-dependent FMN reductase / Flavodoxin domain / Flavoprotein-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / PHOSPHATE ION / FMN reductase (NADPH)
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3018 Å
データ登録者Driggers, C.M. / Ellis, H.R. / Karplus, P.A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Crystal Structure of Escherichia coli SsuE: Defining a General Catalytic Cycle for FMN Reductases of the Flavodoxin-like Superfamily.
著者: Driggers, C.M. / Dayal, P.V. / Ellis, H.R. / Karplus, P.A.
履歴
登録2014年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: FMN reductase SsuE
A: FMN reductase SsuE
B: FMN reductase SsuE
D: FMN reductase SsuE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,94812
ポリマ－85,1134
非ポリマー1,8358
水3,189177
1
C: FMN reductase SsuE
D: FMN reductase SsuE
ヘテロ分子

C: FMN reductase SsuE
D: FMN reductase SsuE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,49114
ポリマ－85,1134
非ポリマー2,37810
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area8360 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area25800 Å2
手法PISA
2
A: FMN reductase SsuE
B: FMN reductase SsuE
ヘテロ分子

A: FMN reductase SsuE
B: FMN reductase SsuE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,40610
ポリマ－85,1134
非ポリマー1,2936
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_664-y+1,-x+1,-z-1/61
Buried area8580 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area25830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)187.018, 187.018, 91.336
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質
FMN reductase SsuE / FMN reductase / Sulfate starvation-induced protein 4 / SSI4


分子量: 21278.271 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ssuE, ycbP, b0937, JW0920 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P80644, FMN reductase (NADPH)
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.59 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: SsuE was concentrated to ~10 mg/mL in 10 mM HEPES, pH 7.0. Crystals were grown at room temperature using hanging drops made with the 4 l of protein stock mixed with 2 l of a reservoir ...詳細: SsuE was concentrated to ~10 mg/mL in 10 mM HEPES, pH 7.0. Crystals were grown at room temperature using hanging drops made with the 4 l of protein stock mixed with 2 l of a reservoir containing 7.5% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350 and 0.1 M sodium citrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.9765 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月23日
放射モノクロメーター: Si(220) Asymmetric cut single crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9765 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 42033 / Num. obs: 42033 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.65 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: apo SsuE

解像度: 2.3018→46.755 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2214 2118 5.1 %RANDOM (same as apo and FMN-bound SsuE)
Rwork0.1735 ---
obs0.176 41540 98.7 %-
all-42033 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3018→46.755 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5427 0 121 177 5725
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0135720
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3937827
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7772043
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076897
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008988
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3018-2.35540.39941310.32632323X-RAY DIFFRACTION89
2.3554-2.41430.32241410.26472469X-RAY DIFFRACTION95
2.4143-2.47960.29831440.23752561X-RAY DIFFRACTION98
2.4796-2.55250.29351170.20822614X-RAY DIFFRACTION100
2.5525-2.63490.22841420.19222639X-RAY DIFFRACTION100
2.6349-2.72910.28631410.19862597X-RAY DIFFRACTION100
2.7291-2.83830.25681260.19762666X-RAY DIFFRACTION100
2.8383-2.96750.26151430.20442634X-RAY DIFFRACTION100
2.9675-3.12390.29591440.19162645X-RAY DIFFRACTION100
3.1239-3.31960.2131540.17722633X-RAY DIFFRACTION100
3.3196-3.57580.23291470.16742653X-RAY DIFFRACTION100
3.5758-3.93550.19921560.16172664X-RAY DIFFRACTION100
3.9355-4.50450.16741520.13112684X-RAY DIFFRACTION100
4.5045-5.67370.20021400.1442739X-RAY DIFFRACTION100
5.6737-46.76410.20641400.18112901X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.00380.218-0.56583.12090.55033.21670.0606-0.18550.06150.2945-0.06910.30360.2649-0.13280.00770.4343-0.0361-0.02360.3124-0.04780.4492105.123230.3098-5.9388
24.14890.04760.78574.1720.48132.88140.12730.4216-0.7111-0.05560.2765-0.37110.4710.6995-0.33990.51240.1256-0.130.5807-0.22990.5712129.864419.1904-16.2337
33.43960.04780.44753.2061-1.03293.5436-0.0562-0.0650.39910.22270.18150.3088-0.32060.0458-0.11020.4885-0.02110.01760.30.08250.443383.973514.02812.1945
43.9791-0.20650.30442.959-0.20363.5129-0.2193-0.42260.51490.29140.30490.6524-0.4917-0.4766-0.08210.63930.15970.16650.58750.22140.991856.80427.493912.0527
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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