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- PDB-5ur8: Human antibody fragment (Fab) to meningococcal Factor H binding p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ur8
タイトルHuman antibody fragment (Fab) to meningococcal Factor H binding protein
要素
  • human immunoglobulin gamma, heavy chain Fd fragment
  • human immunoglobulin gamma, kappa light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / immunoglobulin gamma / fragment antigen binding / Fab / Factor H binding protein
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75500231418 Å
データ登録者Beernink, P.T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI099125 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Crystal structure reveals vaccine elicited bactericidal human antibody targeting a conserved epitope on meningococcal fHbp.
著者: Lopez-Sagaseta, J. / Beernink, P.T. / Bianchi, F. / Santini, L. / Frigimelica, E. / Lucas, A.H. / Pizza, M. / Bottomley, M.J.
履歴
登録2017年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: human immunoglobulin gamma, heavy chain Fd fragment
B: human immunoglobulin gamma, kappa light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1322
ポリマ－49,1322
非ポリマー00
水5,621312
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4040 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area19360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.900, 131.900, 90.381
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: 抗体 human immunoglobulin gamma, heavy chain Fd fragment


分子量: 25461.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 抗体 human immunoglobulin gamma, kappa light chain


分子量: 23670.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.9 % / 解説: rod
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 57.5% Tacsimate / Temp details: ambient temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.977 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月22日
放射モノクロメーター: crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.755→70.9 Å / Num. obs: 89767 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 11.2 % / Biso Wilson estimate: 16.37 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.155 / Rpim(I) all: 0.07 / Rsym value: 0.17 / Net I/av σ(I): 4.5 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 1.755→1.79 Å / 冗長度: 9.4 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / CC1/2: 0.247 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
Coot0.8.2モデル構築
iMOSFLM7.2.1データ削減
SCALA3.3.21データスケーリング
PHASER1.10.1_2155位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LMJ

3lmj


解像度: 1.75500231418→70.8777770677 Å / SU ML: 0.219706710888 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3379225322 / 位相誤差: 22.3912513955
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221736586333 4327 4.92583358947 %Random selection
Rwork0.198187247617 ---
obs0.199304846731 87843 97.0158484731 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 27.6235107138 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75500231418→70.8777770677 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3383 0 0 312 3695
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006461567890843611
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9082829750394958
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0558312958483566
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00512615569671628
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.98842337722237
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.755-1.77490.3470689696551350.3289689599712494X-RAY DIFFRACTION88.2214765101
1.7749-1.79580.3091382879831370.3246608991912680X-RAY DIFFRACTION94.6890756303
1.7958-1.81770.3348851201551640.3086000304282719X-RAY DIFFRACTION96.035976016
1.8177-1.84070.3039121018691620.2987833972562663X-RAY DIFFRACTION94.7986577181
1.8407-1.8650.3019904150411460.2811163362822747X-RAY DIFFRACTION97.0154258887
1.865-1.89050.3170316466271420.2897722213572729X-RAY DIFFRACTION95.1607557176
1.8905-1.91750.2919259902011100.2695883579262760X-RAY DIFFRACTION96.2764173096
1.9175-1.94610.2923799457081370.2658184483392797X-RAY DIFFRACTION97.3457199735
1.9461-1.97660.3023288288591430.2501970944472680X-RAY DIFFRACTION94.7633434038
1.9766-2.0090.239475101851530.2367701359562739X-RAY DIFFRACTION96.6900702106
2.009-2.04360.2830953556231470.2315720166562784X-RAY DIFFRACTION97.63491006
2.0436-2.08080.242069720771380.2336732980962768X-RAY DIFFRACTION97.0283806344
2.0808-2.12080.2638477218251400.2217285359462757X-RAY DIFFRACTION96.7925158704
2.1208-2.16410.2450299999661500.2141845920872800X-RAY DIFFRACTION97.4884335757
2.1641-2.21120.2328525260451360.2113026294822780X-RAY DIFFRACTION97.5903614458
2.2112-2.26260.2441207702471510.2092923702542794X-RAY DIFFRACTION97.3875661376
2.2626-2.31920.2263852710921450.2014684894212800X-RAY DIFFRACTION97.5488572375
2.3192-2.38190.2197766678131700.1997217891912755X-RAY DIFFRACTION97.6953907816
2.3819-2.4520.2413724777581560.2161342084832788X-RAY DIFFRACTION98.1333333333
2.452-2.53110.2331077178481520.2082184012032806X-RAY DIFFRACTION98.239787446
2.5311-2.62160.2417383724161490.2097910894342817X-RAY DIFFRACTION98.309579052
2.6216-2.72660.2521403073541680.2154704212162788X-RAY DIFFRACTION97.7836586173
2.7266-2.85070.2296501523541380.216889687042825X-RAY DIFFRACTION98.3731739708
2.8507-3.00090.2388580346141370.2129052924322861X-RAY DIFFRACTION98.4241628365
3.0009-3.1890.2221803268021220.2046772690592860X-RAY DIFFRACTION98.8726790451
3.189-3.43520.2168246013151650.1873814970762837X-RAY DIFFRACTION98.6526454157
3.4352-3.78090.1986796613471590.1646603781622870X-RAY DIFFRACTION98.6323673071
3.7809-4.32790.1542059671781170.143487727482913X-RAY DIFFRACTION99.0519777705
4.3279-5.45240.1321216976651310.1285517733352864X-RAY DIFFRACTION96.8628719276
5.4524-70.93560.1643297453771270.1644889467613041X-RAY DIFFRACTION99.0928995934

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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