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万見
- PDB-5uj8: Human Origin Recognition Complex subunits 2 and 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uj8
タイトルHuman Origin Recognition Complex subunits 2 and 3
要素
  • Origin recognition complex subunit 2
  • Origin recognition complex subunit 3
キーワードHYDROLASE / ORC / Replication / ATPase
機能・相同性
機能・相同性情報


CDC6 association with the ORC:origin complex / origin recognition complex / E2F-enabled inhibition of pre-replication complex formation / nuclear origin of replication recognition complex / nuclear pre-replicative complex / inner kinetochore / DNA replication preinitiation complex / neural precursor cell proliferation / regulation of DNA replication / DNA replication origin binding ...CDC6 association with the ORC:origin complex / origin recognition complex / E2F-enabled inhibition of pre-replication complex formation / nuclear origin of replication recognition complex / nuclear pre-replicative complex / inner kinetochore / DNA replication preinitiation complex / neural precursor cell proliferation / regulation of DNA replication / DNA replication origin binding / Activation of the pre-replicative complex / DNA replication initiation / glial cell proliferation / heterochromatin / Activation of ATR in response to replication stress / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Assembly of the pre-replicative complex / Orc1 removal from chromatin / DNA replication / chromosome, telomeric region / nuclear body / centrosome / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / membrane / nucleus
類似検索 - 分子機能
Origin recognition complex subunit 3, insertion domain / Origin recognition complex subunit 3, N-terminal / Origin recognition complex (ORC) subunit 3 N-terminus / Origin recognition complex subunit 3 insertion domain / Origin recognition complex, subunit 3 / Origin recognition complex subunit 3, winged helix C-terminal / Origin recognition complex winged helix C-terminal / Origin recognition complex subunit 2 / Origin recognition complex, subunit 2
類似検索 - ドメイン・相同性
Origin recognition complex subunit 2 / Origin recognition complex subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 6 Å
データ登録者Tocilj, A. / On, K.F. / Elkayam, E. / Joshua-Tor, L.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Structure of the active form of human origin recognition complex and its ATPase motor module.
著者: Ante Tocilj / Kin Fan On / Zuanning Yuan / Jingchuan Sun / Elad Elkayam / Huilin Li / Bruce Stillman / Leemor Joshua-Tor /
要旨: Binding of the Origin Recognition Complex (ORC) to origins of replication marks the first step in the initiation of replication of the genome in all eukaryotic cells. Here, we report the structure of ...Binding of the Origin Recognition Complex (ORC) to origins of replication marks the first step in the initiation of replication of the genome in all eukaryotic cells. Here, we report the structure of the active form of human ORC determined by X-ray crystallography and cryo-electron microscopy. The complex is composed of an ORC1/4/5 motor module lobe in an organization reminiscent of the DNA polymerase clamp loader complexes. A second lobe contains the ORC2/3 subunits. The complex is organized as a double-layered shallow corkscrew, with the AAA+ and AAA+-like domains forming one layer, and the winged-helix domains (WHDs) forming a top layer. CDC6 fits easily between ORC1 and ORC2, completing the ring and the DNA-binding channel, forming an additional ATP hydrolysis site. Analysis of the ATPase activity of the complex provides a basis for understanding ORC activity as well as molecular defects observed in Meier-Gorlin Syndrome mutations.
履歴
登録2017年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Origin recognition complex subunit 3
B: Origin recognition complex subunit 3
C: Origin recognition complex subunit 3
D: Origin recognition complex subunit 3
E: Origin recognition complex subunit 2
F: Origin recognition complex subunit 2
G: Origin recognition complex subunit 2
H: Origin recognition complex subunit 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)490,9848
ポリマ－490,9848
非ポリマー00
水00
1
A: Origin recognition complex subunit 3
G: Origin recognition complex subunit 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,7462
ポリマ－122,7462
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2690 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area38480 Å2
手法PISA
2
B: Origin recognition complex subunit 3
E: Origin recognition complex subunit 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,7462
ポリマ－122,7462
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2740 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area38370 Å2
手法PISA
3
C: Origin recognition complex subunit 3
H: Origin recognition complex subunit 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,7462
ポリマ－122,7462
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3290 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area37780 Å2
手法PISA
4
D: Origin recognition complex subunit 3
F: Origin recognition complex subunit 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,7462
ポリマ－122,7462
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2940 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area38160 Å2
手法PISA
5
A: Origin recognition complex subunit 3
G: Origin recognition complex subunit 2

C: Origin recognition complex subunit 3
H: Origin recognition complex subunit 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)245,4924
ポリマ－245,4924
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area8860 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area73370 Å2
手法PISA
6
B: Origin recognition complex subunit 3
E: Origin recognition complex subunit 2

D: Origin recognition complex subunit 3
F: Origin recognition complex subunit 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)245,4924
ポリマ－245,4924
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area8720 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area73490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.260, 114.961, 316.455
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.72, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Origin recognition complex subunit 3 / Origin recognition complex subunit Latheo


分子量: 82436.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ORC3, LATHEO, ORC3L
発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 2 RZ-2014 (蝶・蛾)
参照: UniProt: Q9UBD5
#2: タンパク質
Origin recognition complex subunit 2


分子量: 40309.777 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ORC2, ORC2L
発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 2 RZ-2014 (蝶・蛾)
参照: UniProt: Q13416

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.95 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 9.5% PEG20000 50mM tri-Sodium-citrate 60mM Citric Acid 10mg/ml HO23 Ratio 1:1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 6→20.07 Å / Num. obs: 15179 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 6→6.21 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / CC1/2: 0.422 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4XGC - chains B,C

4xgc


解像度: 6→20.067 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 52.6 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3685 772 5.09 %
Rwork0.318 --
obs0.3205 15179 97.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 6→20.067 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24148 0 0 0 24148
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01324656
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.29333360
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.19314908
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0593860
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0094164
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
6.0012-6.44890.40191580.38042841X-RAY DIFFRACTION93
6.4489-7.06960.38831360.36292887X-RAY DIFFRACTION94
7.0696-8.02920.41791480.36882920X-RAY DIFFRACTION94
8.0292-9.89040.39361600.32322824X-RAY DIFFRACTION91
9.8904-19.47770.32471510.27222903X-RAY DIFFRACTION92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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