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- PDB-4p3j: Apo inward-facing state of the glutamate transporter homologue Gl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p3j
タイトルApo inward-facing state of the glutamate transporter homologue GltPh in alkali-free conditions
要素GltPh
キーワードTRANSPORT PROTEIN / membrane protein / sodium-couple asparate transporter / inward-facing state / apo form / alkali-free conditions
機能・相同性
機能・相同性情報


L-aspartate transmembrane transport / L-aspartate transmembrane transporter activity / amino acid:sodium symporter activity / L-aspartate import across plasma membrane / chloride transmembrane transporter activity / protein homotrimerization / chloride transmembrane transport / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Proton glutamate symport protein / Sodium:dicarboxylate symporter / Sodium:dicarboxylate symporter / Sodium:dicarboxylate symporter, conserved site / Sodium:dicarboxylate symporter superfamily / Sodium:dicarboxylate symporter family / Sodium:dicarboxylate symporter family signature 1. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Sodium-aspartate symporter Glt(Ph)
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Verdon, G. / Boudker, O.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health (NINDS)NS064357 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2014
タイトル: Coupled ion binding and structural transitions along the transport cycle of glutamate transporters.
著者: Verdon, G. / Oh, S. / Serio, R.N. / Boudker, O.
履歴
登録2014年3月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GltPh
B: GltPh
C: GltPh
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,4506
ポリマ－133,8483
非ポリマー6023
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7150 Å2
ΔGint-147 kcal/mol
Surface area47300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.948, 196.843, 207.484
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細 (eV)
11A
21B
31C
12A
22B
32C

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A6 - 255
2111B6 - 255
3111C6 - 255
1211A315 - 416
2211B315 - 416
3211C315 - 416
1121A255 - 314
2121B255 - 314
3121C255 - 314

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.330127, -0.815525, -0.475327), (0.820192, -0.497076, 0.283197), (-0.467228, -0.296368, 0.832985)64.1804, 2.8138, 22.68006
3given(-0.353956, 0.813119, -0.462118), (-0.808494, -0.514409, -0.285867), (-0.470162, 0.272435, 0.83948)30.53713, 60.85577, 10.82581

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要素

#1: タンパク質 GltPh / 425aa long hypothetical proton glutamate symport protein


分子量: 44615.910 Da / 分子数: 3 / 断片: Residues 1-417
変異: D37H, K40H, K55C, K125H, K132H, K223H, K264H, C321A, A364C, E368H
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌)
株: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3
遺伝子: PH1295 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH10 / 参照: UniProt: O59010
#2: 化合物 ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.85 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: PEG 400 Potassium Citrate Potassium Chloride Magnesium Chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→100 Å / Num. obs: 50777 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 3.3 % / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 3.5→3.56 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.881 / Mean I/σ(I) obs: 1.24

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4P19

4p19


解像度: 3.5→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 82.173 / SU ML: 0.549 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.602 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27845 1353 5 %RANDOM
Rwork0.26317 ---
obs0.26395 25446 95.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 144.258 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.82 Å20 Å20 Å2
2--6.38 Å20 Å2
3----8.2 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.5→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9088 0 3 0 9091
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0199265
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1161.98112643
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.85351227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.91723.741278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.604151490
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.551524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.21594
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0216656
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: tight thermal / Weight position: 0.5

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A25726.65
11B25728.48
11C25729.9
22A44215.73
22B44215.07
22C44226.35
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.586 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.393 73 -
Rwork0.355 1723 -
obs--93.2 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.14110.63160.40932.0484-0.4830.58370.2746-0.5950.12510.0592-0.3075-0.0641-0.0727-0.28190.0330.3774-0.06240.17770.3686-0.12610.329637.461136.6613-30.4686
21.60710.13890.00350.15550.18280.93150.3745-0.3948-0.04110.159-0.2745-0.00050.08940.0181-0.10.2857-0.2821-0.02590.49340.01220.195861.316620.9937-22.1455
30.989-0.04730.4920.2147-0.06230.51410.2222-0.3411-0.26270.0696-0.17010.08120.3244-0.1852-0.05210.3795-0.277-0.10080.37070.13260.351736.40326.8535-30.9345
41.28440.2079-2.12850.8512-0.16244.44320.0787-0.30620.3187-0.1373-0.18920.195-0.0960.13140.11060.15550.1240.11210.3928-0.24620.570522.079741.9104-32.0963
50.595-0.609-0.43971.16110.96913.0130.1604-0.24570.2976-0.0217-0.2215-0.1260.4323-0.15470.06110.2582-0.2510.06250.5616-0.19550.316771.806631.0682-14.4776
61.2603-0.26850.32470.06760.06133.19950.2868-0.5462-0.7517-0.08890.14050.17230.0251-0.5047-0.42730.465-0.1421-0.18960.36240.46970.625938.491-8.8029-26.7431
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 76
2X-RAY DIFFRACTION1A130 - 221
3X-RAY DIFFRACTION2B1 - 76
4X-RAY DIFFRACTION2B130 - 221
5X-RAY DIFFRACTION3C1 - 76
6X-RAY DIFFRACTION3C130 - 221
7X-RAY DIFFRACTION4A77 - 129
8X-RAY DIFFRACTION4A222 - 417
10X-RAY DIFFRACTION5B77 - 129
11X-RAY DIFFRACTION5B222 - 416
13X-RAY DIFFRACTION6C77 - 129
14X-RAY DIFFRACTION6C222 - 416
9X-RAY DIFFRACTION4A501
12X-RAY DIFFRACTION5B501
15X-RAY DIFFRACTION6C501

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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