PDB-5udl: IFIT1 N216A monomeric mutant (L457E/L464E) with m7Gppp-AAAA (anti...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5udl

タイトル

IFIT1 N216A monomeric mutant (L457E/L464E) with m7Gppp-AAAA (anti conformation of cap)

要素

Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1
RNA (5'-D(*(GTA))-R(P*AP*AP*A)-3')

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / mRNA cap / N7-Methylguanosine-triphosphate RNA / tetratricopeptide repeat

機能・相同性

機能・相同性情報

intracellular transport of viral protein in host cell / cellular response to type I interferon / negative regulation of helicase activity / negative regulation of viral genome replication / cellular response to exogenous dsRNA / antiviral innate immune response / positive regulation of viral genome replication / negative regulation of protein binding / response to virus / ISG15 antiviral mechanism ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)
unidentified (未定義)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Abbas, Y.M. / Martinez-Montero, S. / Damha, M.J. / Nagar, B.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Structure of human IFIT1 with capped RNA reveals adaptable mRNA binding and mechanisms for sensing N1 and N2 ribose 2'-O methylations.
著者: Abbas, Y.M. / Laudenbach, B.T. / Martinez-Montero, S. / Cencic, R. / Habjan, M. / Pichlmair, A. / Damha, M.J. / Pelletier, J. / Nagar, B.

履歴

登録	2016年12月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年3月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月15日	Group: Database references
改定 1.2	2017年3月22日	Group: Database references
改定 1.3	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5udl.cif.gz	298.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5udl.ent.gz	245.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5udl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5udl_validation.pdf.gz	452.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5udl_full_validation.pdf.gz	454.9 KB	表示
XML形式データ	5udl_validation.xml.gz	20.8 KB	表示
CIF形式データ	5udl_validation.cif.gz	31.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ud/5udl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ud/5udl	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (7) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1

B: RNA (5'-D(*(GTA))-R(P*AP*AP*A)-3')

ヘテロ分子

57.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.760, 111.760, 92.992
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	93
Space group name H-M	P4₂22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-717- HOH
2	1	A-845- HOH
3	1	A-888- HOH

#1: タンパク質	Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1 / IFIT-1 / Interferon-induced 56 kDa protein / P56 分子量: 55521.305 Da / 分子数: 1 / 変異: N216A, L457E, L464E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IFIT1, G10P1, IFI56, IFNAI1, ISG56 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09914
#2: RNA鎖	RNA (5'-D((GTA))-R(PAPAPA)-3') 分子量: 1712.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified (未定義)
#3: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 313 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.22 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.1 / 詳細: 27 - 32 % PEG 200, 0.1 M Tris pH 8.1, 200 mM CaCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 94 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 71832 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.6 % / B_iso Wilson estimate: 21.08 Å² / R_merge(I) obs: 0.096 / R_pim(I) all: 0.028 / R_rim(I) all: 0.099 / Χ²: 1.07 / Net I/σ(I): 8 / Num. measured all: 1048686

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	CC_1/2	Diffraction-ID	% possible all	R_merge(I) obs
1.65-1.68	12.3	0.794	1	99.9
1.68-1.71	14.4	0.858	1	100
1.71-1.74	14.7	0.899	1	100
1.74-1.78	14.7	0.912	1	100	0.891
1.78-1.82	14.8	0.941	1	100	0.743
1.82-1.86	14.8	0.954	1	100	0.627
1.86-1.9	14.8	0.969	1	100	0.506
1.9-1.96	14.8	0.976	1	100	0.409
1.96-2.01	14.8	0.984	1	100	0.322
2.01-2.08	14.8	0.989	1	100	0.258
2.08-2.15	14.9	0.992	1	100	0.207
2.15-2.24	14.8	0.993	1	100	0.18
2.24-2.34	14.8	0.995	1	100	0.149
2.34-2.46	14.9	0.997	1	100	0.124
2.46-2.62	14.8	0.997	1	100	0.102
2.62-2.82	14.8	0.997	1	100	0.091
2.82-3.11	14.8	0.996	1	100	0.1
3.11-3.55	14.7	0.998	1	100	0.077
3.55-4.48	14.6	0.999	1	100	0.056
4.48-50	13.9	0.999	1	99.8	0.049

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.10_2142	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.65→40.074 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.13

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1819	3547	4.94 %
R_work	0.1643	-	-
obs	0.1652	71790	99.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 136.72 Å² / B_iso mean: 34.4929 Å² / B_iso min: 12.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.65→40.074 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3757	117	26	313	4213
B_iso mean	-	-	68.22	32.63	-
残基数	-	-	-	-	464

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4039
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.005	5469
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	585
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	688
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.584	2492

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6433-1.6658	0.2462	147	0.2433	2491	2638	92
1.6658-1.6896	0.2776	137	0.242	2671	2808	100
1.6896-1.7148	0.2704	128	0.2215	2715	2843	100
1.7148-1.7416	0.2222	154	0.2033	2689	2843	100
1.7416-1.7702	0.2238	121	0.1989	2704	2825	100
1.7702-1.8007	0.2358	147	0.1967	2715	2862	100
1.8007-1.8335	0.2311	147	0.1858	2703	2850	100
1.8335-1.8687	0.2144	117	0.175	2706	2823	100
1.8687-1.9069	0.2392	145	0.175	2706	2851	100
1.9069-1.9483	0.2174	137	0.1729	2693	2830	100
1.9483-1.9936	0.2039	128	0.1725	2743	2871	100
1.9936-2.0435	0.1964	166	0.1676	2669	2835	100
2.0435-2.0987	0.1772	149	0.1612	2724	2873	100
2.0987-2.1605	0.1919	135	0.1588	2733	2868	100
2.1605-2.2302	0.1589	146	0.1507	2715	2861	100
2.2302-2.3099	0.1708	127	0.1498	2756	2883	100
2.3099-2.4024	0.1796	134	0.1472	2723	2857	100
2.4024-2.5117	0.1902	127	0.1508	2764	2891	100
2.5117-2.6441	0.1738	141	0.1543	2742	2883	100
2.6441-2.8098	0.1765	137	0.1611	2769	2906	100
2.8098-3.0266	0.1896	147	0.1774	2763	2910	100
3.0266-3.3311	0.1779	163	0.182	2744	2907	100
3.3311-3.8128	0.172	145	0.1606	2796	2941	100
3.8128-4.8024	0.1461	157	0.1345	2828	2985	100
4.8024-40.0862	0.1749	165	0.168	2981	3146	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0682	0.1139	0.0312	0.1379	-0.0932	0.0611	-0.0048	0.0944	0.007	-0.0441	-0.0061	-0.0476	-0.0323	0.0764	-0	0.1675	-0.0052	-0.0131	0.1952	0.0041	0.2027	46.0292	18.3292	-159.9563
2	0.2058	0.0941	0.0569	0.158	-0.051	0.1317	-0.0553	0.0091	0.1753	-0.0423	0.0046	0.0503	-0.1262	-0.0875	0	0.2099	-0.0047	-0.0148	0.1713	-0.0043	0.2553	42.8471	28.5227	-155.3213
3	0.2007	0.2253	-0.054	0.3599	-0.052	0.4535	-0.0059	-0.0124	-0.0091	0.0435	0.0068	-0.0038	0.0267	-0.0274	-0	0.1596	0.0185	-0.0038	0.1494	0.0048	0.157	30.2903	6.026	-152.939
4	0.0793	-0.0562	0.0013	0.0347	-0.0193	0.0308	0.0024	0.0763	0.0185	0.0137	-0.038	0.1086	0.1032	-0.0481	0	0.2308	-0.0235	-0.013	0.2006	-0.031	0.1828	21.3776	-7.4288	-175.9427
5	0.0325	-0.053	0.002	0.0534	-0.014	0.056	-0.1565	0.1228	0.0628	-0.0249	0.091	0.0328	-0.014	-0.0867	-0.0002	0.2084	-0.0371	0.0066	0.2344	-0.0216	0.1619	23.9382	-2.0097	-181.7064
6	0.0503	-0.0367	-0.0123	0.0432	0.0093	0.0047	-0.0583	0.0625	0.0992	-0.0652	0.0597	-0.0046	0.1127	0.0905	-0	0.2225	0.0158	-0.002	0.2186	-0.0212	0.1746	38.7311	-5.1456	-177.4852
7	0.1052	-0.0128	-0.0029	0.0936	-0.0855	0.062	0.025	0.0558	-0.1007	0.0836	0.0719	-0.0326	0.233	0.0457	0.0108	0.2793	0.0842	-0.0163	0.2451	-0.0544	0.2231	42.8116	-16.7919	-173.1317
8	0.0189	0.0266	0.005	0.2837	-0.0935	0.6199	0.3035	-0.0727	-0.3085	-0.101	0.0125	0.1758	0.2051	-0.2384	0.1883	0.3429	0.0083	-0.1283	0.2226	-0.0668	0.3876	45.8309	-32.8724	-169.9886
9	-0	-0.0021	0.0039	0.0108	0.0062	0.0076	-0.0295	-0.1206	-0.0185	0.0453	0.0309	0.0822	0.1663	0.1374	0.0002	0.2537	-0.0144	0.0087	0.2164	-0.0107	0.1979	32.2521	-4.3681	-165.1214
10	0.2989	0.08	-0.2148	0.0425	-0.0428	0.2153	-0.2533	0.1304	0.0046	0.0568	0.2188	-0.0512	0.0073	-0.1149	-0.0146	0.2024	0.027	-0.0121	0.1801	0.0134	0.205	34.3685	8.3985	-159.4705

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 8 through 45 )	A	8 - 45
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 46 through 127 )	A	46 - 127
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 128 through 284 )	A	128 - 284
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 285 through 311 )	A	285 - 311
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 312 through 335 )	A	312 - 335
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 336 through 373 )	A	336 - 373
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 374 through 412 )	A	374 - 412
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 413 through 467 )	A	413 - 467
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 2 through 4 )	B	2 - 4
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and resid ' 1 '	B	1

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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