PDB-5u1q: Grb7-SH2 with bicyclic peptide inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5u1q

タイトル

Grb7-SH2 with bicyclic peptide inhibitor

要素

Growth factor receptor-bound protein 7
LYS-PHE-GLU-GLY-TYR-ASP-ASN-GLU-CST

キーワード

SIGNALING PROTEIN/PEPTIDE INHIBITOR / Grb7 / SH2 domain / inhibitor / signalling / SIGNALING PROTEIN-PEPTIDE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

GRB7 events in ERBB2 signaling / RND1 GTPase cycle / RET signaling / stress granule assembly / Tie2 Signaling / Downstream signal transduction / phosphatidylinositol binding / cell projection / epidermal growth factor receptor signaling pathway / Signaling by SCF-KIT ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Watson, G.M. / Wilce, M.C.J. / Wilce, J.A.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Discovery, Development, and Cellular Delivery of Potent and Selective Bicyclic Peptide Inhibitors of Grb7 Cancer Target.
著者: Watson, G.M. / Kulkarni, K. / Sang, J. / Ma, X. / Gunzburg, M.J. / Perlmutter, P. / Wilce, M.C.J. / Wilce, J.A.

履歴

登録	2016年11月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月9日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / struct_conn Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5u1q.cif.gz	105.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5u1q.ent.gz	86.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5u1q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5u1q_validation.pdf.gz	471 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5u1q_full_validation.pdf.gz	473.7 KB	表示
XML形式データ	5u1q_validation.xml.gz	19 KB	表示
CIF形式データ	5u1q_validation.cif.gz	26.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u1/5u1q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u1/5u1q	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5tyiC 5u06C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5u06-1 6gme-2 4kd5-2 4kd5-5 6riu-d 2etj-d 5feg-d 2aug-1 1oog-d 1l8r-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (4)
#35 - 2002年11月
フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (2)
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ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (2)
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RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (2)
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エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Growth factor receptor-bound protein 7

B: Growth factor receptor-bound protein 7

C: Growth factor receptor-bound protein 7

D: Growth factor receptor-bound protein 7

L: LYS-PHE-GLU-GLY-TYR-ASP-ASN-GLU-CST

M: LYS-PHE-GLU-GLY-TYR-ASP-ASN-GLU-CST

N: LYS-PHE-GLU-GLY-TYR-ASP-ASN-GLU-CST

P: LYS-PHE-GLU-GLY-TYR-ASP-ASN-GLU-CST

ヘテロ分子

59.6 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Growth factor receptor-bound protein 7

B: Growth factor receptor-bound protein 7

L: LYS-PHE-GLU-GLY-TYR-ASP-ASN-GLU-CST

M: LYS-PHE-GLU-GLY-TYR-ASP-ASN-GLU-CST

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.8 kDa, 4 ポリマー
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2

C: Growth factor receptor-bound protein 7

D: Growth factor receptor-bound protein 7

N: LYS-PHE-GLU-GLY-TYR-ASP-ASN-GLU-CST

P: LYS-PHE-GLU-GLY-TYR-ASP-ASN-GLU-CST

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.7 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	122.180, 47.090, 94.610
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.49, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Growth factor receptor-bound protein 7 / B47 / Epidermal growth factor receptor GRB-7 / GRB7 adapter protein 分子量: 13690.711 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 438-555 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GRB7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14451
#2: タンパク質・ペプチド	LYS-PHE-GLU-GLY-TYR-ASP-ASN-GLU-CST 分子量: 1162.206 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.21 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 6000, MES, CaCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→39.671 Å / Num. obs: 30704 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 2.5 % / Net I/σ(I): 9.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.1→39.671 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.66 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2435	1554	5.06 %
R_work	0.1871	-	-
obs	0.1898	30689	97.31 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→39.671 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3551	0	4	135	3690

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	3632
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.813	4879
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.353	2122
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	529
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	633

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.1678	0.3458	130	0.2741	2645	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1678-2.2453	0.2865	164	0.2444	2614	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2453-2.3352	0.2934	148	0.2239	2636	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3352-2.4414	0.2924	153	0.2158	2597	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4414-2.5701	0.3002	128	0.2138	2667	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5701-2.7311	0.3017	129	0.2142	2647	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7311-2.9419	0.286	153	0.2144	2657	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9419-3.2378	0.2816	139	0.1947	2632	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2378-3.7061	0.2064	114	0.1662	2679	X-RAY DIFFRACTION	97
3.7061-4.6681	0.179	130	0.1459	2629	X-RAY DIFFRACTION	95
4.6681-39.678	0.2136	166	0.1753	2732	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0195	0.0068	-0.0031	0.0058	-0.0108	0.0061	-0.0468	0.0587	0.0344	0.1098	0.087	0.2106	0.1648	-0.2516	-0	0.1698	-0.0792	-0.0095	0.2252	0.0132	0.2706	-1.695	14.5434	139.3407
2	-0.0016	0.0089	-0.0231	0.011	-0.0114	0.0248	0.3744	0.0576	0.0473	0.4738	0.173	0.1239	0.3184	-0.1694	-0	-0.0082	0.0262	0.0749	0.1604	0.0592	0.2834	-1.0685	20.5754	138.5888
3	0.0056	-0.002	-0.0194	-0.011	-0.0019	0.019	0.1322	0.1098	-0.0276	0.2	-0.1032	-0.0159	-0.0868	-0.1819	0	0.176	-0.0254	-0.0342	0.1417	0.0649	0.2129	5.5074	21.1448	142.7277
4	0.0398	0.1345	0.0072	0.0974	0.0507	0.0601	0.1421	0.0728	-0.143	0.0237	0.0722	-0.0499	-0.5288	0.4931	-0	0.2011	0.1481	0.0053	-0.3169	0.1812	0.0611	3.5529	30.7887	132.882
5	0.0019	-0.0038	-0.0041	0.0102	0.0071	-0.0035	-0.0651	0.0353	-0.1981	0.0043	-0.0465	0.1504	0.1036	0.0702	-0	0.2272	0.0301	-0.0279	0.2297	-0.0141	0.2513	8.7692	15.7883	134.8533
6	0.0084	0.0037	0.005	0.0027	0.0205	0.0189	0.1907	0.0861	-0.2486	-0.1382	-0.0206	-0.0007	-0.1797	-0.0457	-0	0.2743	0.0238	-0.0093	0.3709	0.0245	0.2034	15.7482	30.7961	108.3576
7	0.0018	-0.0038	0.0023	-0.0001	-0.0044	0.0024	0.1014	0.0607	0.0486	-0.3111	0.0765	-0.0232	-0.0183	0.0208	-0	0.4747	-0.1853	-0.0142	0.4173	0.4182	-0.0201	17.4588	46.1168	105.4705
8	0.0147	0.0329	0.0271	0.0066	0.0034	0.0031	-0.0599	0.1216	-0.1211	-0.0849	0.112	-0.0765	-0.1644	-0.0505	-0	0.2188	0.0306	0.006	0.2113	0.1123	0.1667	13.6415	42.3992	111.518
9	0.0003	0.0092	0.0029	-0.001	0.0005	0.0051	-0.1096	0.0081	0.0416	-0.0203	-0.022	-0.0147	-0.09	0.0581	-0	0.2735	-0.0666	0.0617	0.5661	-0.0551	0.4425	28.9915	33.1865	112.1533
10	0.0475	0.025	-0.0688	0.0111	-0.0067	0.0053	-0.0216	0.2186	-0.2544	-0.0581	0.3205	-0.1299	-0.3959	0.2159	0	0.2327	0.0584	0.0418	0.0894	0.1277	0.0801	19.0076	41.1498	117.633
11	0.0196	-0.0042	-0.0206	0.0136	0.0056	0.0229	-0.0201	-0.024	-0.1991	0.0132	0.0646	-0.0248	-0.1109	0.1622	0	0.197	-0.0103	-0.0089	0.1614	-0.0148	0.203	20.0602	29.5267	125.7911
12	-0.0022	-0.005	-0.0024	0.0014	-0.0082	0.0029	-0.0657	0.1167	-0.0314	0.1026	0.2617	-0.01	-0.1394	-0.0431	0	0.1394	0.0681	0.0002	0.2052	0.0717	0.1609	9.8283	33.3626	120.8776
13	-0.0142	-0.0132	-0.0137	0.0158	-0.0112	-0.0011	0.1182	0.1637	0.2209	0.0461	0.2855	0.1806	-0.1651	0.051	-0	0.0957	0.4946	-0.2917	-1.2519	1.204	-0.4719	9.477	42.3908	119.0923
14	0.0004	0.0014	0.002	0.0041	-0.0022	0.0006	-0.0009	0.0083	-0.0396	-0.0009	0.0226	0.0114	0.0229	0.0285	0	0.3465	-0.0533	-0.084	0.4051	0.0513	0.3253	-8.1197	19.3572	126.0694
15	0.0037	-0.0052	0.0044	0.009	0.0021	0.0086	-0.2657	-0.0643	0.1038	0.3615	-0.1961	-0.0085	0.0215	-0.0363	0	0.337	-0.0786	-0.0088	0.4438	0.015	0.2164	-15.4735	24.9555	125.6772
16	0.002	0.0045	-0.0093	0.0016	0.0127	0.0057	-0.2254	-0.2579	0.2002	0.0383	0.08	-0.1104	-0.1671	-0.1982	0	0.3221	0.0244	0.0096	0.3458	-0.1063	0.3289	-22.3385	34.8803	122.1176
17	-0.0001	0.004	-0.0125	-0.0049	-0.0026	0.0073	-0.0393	-0.2168	0.0409	0.0132	0.0352	0.0609	0.0377	0.0968	-0	0.2738	-0.0375	0.0553	0.2746	0.0878	0.2571	-20.4658	19.7824	122.6774
18	0.0042	-0.0038	-0.0102	0.0001	0.0008	0.0127	0.1656	-0.0959	0.1627	0.0731	0.0183	0.0571	-0.032	-0.0547	0	0.1776	0.0447	0.0291	0.23	0.006	0.2265	-20.845	30.2333	115.3988
19	0.0351	0.0401	-0.0084	0.0095	-0.0087	0.0419	0.0851	-0.0948	-0.0139	0.0986	-0.1395	-0.1499	0.0732	-0.1614	-0	0.2468	-0.0194	-0.0055	0.2575	0.0845	0.2606	-17.7849	17.6969	113.3096
20	0.0052	-0.0017	-0.0005	0.0051	-0.0002	0.0054	-0.1206	0.0989	-0.1339	-0.1223	-0.1227	0.098	0.0256	-0.1188	0	0.1922	-0.0507	-0.0294	0.2199	0.055	0.2169	-13.708	16.7503	108.2027
21	-0.0064	-0.0024	-0.0051	-0.0031	-0.0077	0.0013	0.091	-0.016	-0.0236	-0.0308	0.0605	-0.1049	-0.0387	-0.0355	0	0.1616	-0.0459	-0.0646	0.2138	0.0088	0.217	-8.8011	23.8202	113.0314
22	0.0131	0.0091	-0.0015	0.0072	-0.0084	0.0071	0.1489	-0.0575	0.2669	-0.0692	0.0136	-0.1266	-0.0737	-0.0313	0	0.126	-0.0406	0.0245	0.2141	-0.0457	0.1976	-13.583	32.054	111.962
23	0.0052	0	0.004	0.0099	0.0013	0.0003	0.0779	0.0558	-0.0637	-0.0509	0.0862	-0.0361	0.0072	0.0635	-0	0.2464	0.0426	0.0004	0.3512	0.1056	0.286	13.8741	19.5871	103.6203
24	0.0038	-0.0077	-0.0099	-0.001	-0.0014	0.0006	-0.0001	0.0811	-0.0894	0.079	-0.0032	-0.0659	0.0587	0.0559	0	0.2191	0.4791	0.0701	0.5524	-0.0154	0.3959	15.5714	12.376	95.3434
25	0.0021	0.0018	0.0054	0.0047	0.0003	-0.0015	0.0026	-0.0068	-0.0444	-0.0065	0.0135	-0.0092	0.0517	-0.0396	-0	0.6348	0.2037	0.072	-0.2855	0.0928	1.1294	6.7859	6.6489	97.8346
26	0.0055	0.005	-0.0046	-0.0058	-0.0288	-0.0165	0.0921	0.1736	-0.1349	-0.029	0.1822	-0.0514	-0.0114	0.3487	0	0.0979	-0.0967	0.0129	0.2256	0.1201	0.2509	11.5466	24.5521	97.9008
27	0.0223	0.0294	-0.0003	0.0045	-0.0034	0.0309	-0.0105	0.4089	-0.1085	-0.0192	-0.1533	0.0083	-0.1451	0.2504	-0	0.1415	0.0703	0.0049	0.153	-0.0592	0.1641	4.3726	21.0003	95.4057
28	0.0069	0.0007	0.0002	0.0015	0.0007	-0.0023	-0.0441	0.0239	0.0557	0.0359	-0.0829	0.0073	-0.0945	0.0518	-0	0.2278	-0.0018	-0.0663	0.1886	-0.0131	0.2484	0.0087	34.6611	104.4196
29	0.0208	0.0125	-0.0076	0.0131	-0.0018	0.0045	0.0278	0.0697	-0.0239	-0.0303	-0.051	0	-0.0325	-0.0138	-0	0.2621	-0.0086	-0.0215	0.207	0.0378	0.1893	-3.0183	28.6415	101.1104
30	-0.0026	-0.0013	0.0027	0.0011	-0.0031	-0	-0.1049	-0.0784	-0.1442	-0.0297	-0.1051	0.0433	-0.063	0.0505	0	0.1213	-0.0125	-0.0058	0.158	0.0324	0.1823	-1.0836	19.5604	106.403
31	-0.003	0.0044	-0.0012	0.0104	-0.0117	0.003	-0.0143	-0.0083	-0.219	0.0161	-0.0284	-0.0959	0.0617	-0.0841	-0	0.2448	0.0363	-0.1063	0.1912	0.0247	0.3123	-0.4817	13.3365	99.9248
32	0.0004	0.0022	0.0072	0.0013	0.0043	0.0004	0.1109	-0.1323	0.0398	0.085	0.0866	0.0092	0.0792	-0.1586	-0	0.4949	0.3019	0.1784	-0.0846	0.2503	0.2538	-0.3036	32.0953	145.3984
33	-0.0013	-0.0002	0.004	0.0013	-0.0002	0.0048	-0.1377	-0.0013	0.2039	0.0501	-0.1057	-0.0202	-0.2464	0.0577	0	0.2643	-0.0709	0.0504	0.2787	0.0502	0.2834	26.1084	43.5327	122.4021
34	0.0069	0.0013	0.0043	0.0012	0.0069	0.0004	-0.1963	0.0585	0.0531	0.0613	-0.1859	0.0409	-0.0309	-0.0868	0	0.2276	-0.0551	-0.0288	0.2745	0.001	0.2526	-27.1632	20.9496	110.0995
35	0.0032	-0.0014	0.0044	0.0035	0.0043	0.0046	-0.0153	0.059	0.0088	-0.1076	-0.0133	0.0532	-0.0343	0.1088	-0	0.258	0.0444	-0.0026	0.2787	0.0049	0.2025	2.9798	25.5739	88.5236

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 429 through 448 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 449 through 466 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 467 through 476 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 477 through 522 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 523 through 528 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 422 through 437 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 438 through 448 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 449 through 459 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 460 through 466 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 467 through 487 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 488 through 504 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 505 through 514 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 515 through 528 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 423 through 428 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 429 through 437 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 438 through 454 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 455 through 466 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 467 through 475 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 476 through 494 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 495 through 504 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 505 through 512 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 513 through 528 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 429 through 437 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 438 through 447 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 448 through 454 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 455 through 466 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 467 through 487 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 488 through 494 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 495 through 504 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 505 through 514 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 515 through 528 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'L' and (resid 1 through 8 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'M' and (resid 1 through 8 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'N' and (resid 1 through 8 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'P' and (resid 1 through 8 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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