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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2aug | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Grb14 SH2 domain | ||||||
要素 | Growth factor receptor-bound protein 14 | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / Phosphorylation (リン酸化) / SH2 domain (SH2ドメイン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of insulin receptor signaling pathway / Tie2 Signaling / receptor tyrosine kinase binding / protein-macromolecule adaptor activity / insulin receptor signaling pathway / molecular adaptor activity / endosome membrane / intracellular membrane-bounded organelle / シグナル伝達 / 細胞膜 ...negative regulation of insulin receptor signaling pathway / Tie2 Signaling / receptor tyrosine kinase binding / protein-macromolecule adaptor activity / insulin receptor signaling pathway / molecular adaptor activity / endosome membrane / intracellular membrane-bounded organelle / シグナル伝達 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Depetris, R.S. / Hu, J. / Gimpelevich, I. / Holt, L.J. / Daly, R.J. / Hubbard, S.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2005 タイトル: Structural basis for inhibition of the insulin receptor by the adaptor protein grb14. 著者: Depetris, R.S. / Hu, J. / Gimpelevich, I. / Holt, L.J. / Daly, R.J. / Hubbard, S.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2aug.cif.gz | 59.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2aug.ent.gz | 42.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2aug.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/2aug ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/2aug | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14633.711 Da / 分子数: 2 / 断片: SH2 domain / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q14449 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.82 % 解説: BECAUSE OF THE MODEST RESOLUTION, THE ASSIGNMENT AND POSITIONS OF THE TWO CALCIUM IONS SHOULD BE CONSIDERED TENTATIVE. |
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年11月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→27.84 Å / Num. obs: 11856 / % possible obs: 99.7 % / Biso Wilson estimate: 13.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 14.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.166 / Mean I/σ(I) obs: 14.2 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1NRV 解像度: 2.3→27.84 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 338462.92 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 31.0867 Å2 / ksol: 0.343598 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→27.84 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.031 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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