[日本語] English
万見
- PDB-5u06: Grb7-SH2 with bicyclic peptide inhibitor containing a pY mimetic -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u06
タイトルGrb7-SH2 with bicyclic peptide inhibitor containing a pY mimetic
要素
  • Growth factor receptor-bound protein 7
  • bicyclic peptide inhibitor: LYS-PHE-GLU-GLY-CMF-ASP-ASN-GLU-CST
キーワードSIGNALING PROTEIN/INHIBITOR / Grb7 / SH2 domain / inhibitor / signalling / SIGNALING PROTEIN-PEPTIDE INHIBITOR complex / SIGNALING PROTEIN-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


GRB7 events in ERBB2 signaling / RND1 GTPase cycle / RET signaling / Tie2 Signaling / stress granule assembly / phosphatidylinositol binding / Downstream signal transduction / cell projection / Signaling by SCF-KIT / epidermal growth factor receptor signaling pathway ...GRB7 events in ERBB2 signaling / RND1 GTPase cycle / RET signaling / Tie2 Signaling / stress granule assembly / phosphatidylinositol binding / Downstream signal transduction / cell projection / Signaling by SCF-KIT / epidermal growth factor receptor signaling pathway / cytoplasmic stress granule / negative regulation of translation / positive regulation of cell migration / focal adhesion / protein kinase binding / RNA binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Growth factor receptor-bound protein 7 / : / BPS (Between PH and SH2) domain / BPS (Between PH and SH2) / GRB/APBB1IP / APBB1IP, PH domain / RA like domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras-associating (RA) domain ...Growth factor receptor-bound protein 7 / : / BPS (Between PH and SH2) domain / BPS (Between PH and SH2) / GRB/APBB1IP / APBB1IP, PH domain / RA like domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras-associating (RA) domain / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Growth factor receptor-bound protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Watson, G.M. / Wilce, J.A.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia) オーストラリア
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Discovery, Development, and Cellular Delivery of Potent and Selective Bicyclic Peptide Inhibitors of Grb7 Cancer Target.
著者: Watson, G.M. / Kulkarni, K. / Sang, J. / Ma, X. / Gunzburg, M.J. / Perlmutter, P. / Wilce, M.C.J. / Wilce, J.A.
履歴
登録2016年11月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32025年4月2日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Growth factor receptor-bound protein 7
B: Growth factor receptor-bound protein 7
C: Growth factor receptor-bound protein 7
D: Growth factor receptor-bound protein 7
L: bicyclic peptide inhibitor: LYS-PHE-GLU-GLY-CMF-ASP-ASN-GLU-CST
M: bicyclic peptide inhibitor: LYS-PHE-GLU-GLY-CMF-ASP-ASN-GLU-CST
N: bicyclic peptide inhibitor: LYS-PHE-GLU-GLY-CMF-ASP-ASN-GLU-CST
P: bicyclic peptide inhibitor: LYS-PHE-GLU-GLY-CMF-ASP-ASN-GLU-CST
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,6199
ポリマ－59,5808
非ポリマー391
水3,441191
1
A: Growth factor receptor-bound protein 7
B: Growth factor receptor-bound protein 7
L: bicyclic peptide inhibitor: LYS-PHE-GLU-GLY-CMF-ASP-ASN-GLU-CST
M: bicyclic peptide inhibitor: LYS-PHE-GLU-GLY-CMF-ASP-ASN-GLU-CST
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8295
ポリマ－29,7904
非ポリマー391
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Growth factor receptor-bound protein 7
D: Growth factor receptor-bound protein 7
N: bicyclic peptide inhibitor: LYS-PHE-GLU-GLY-CMF-ASP-ASN-GLU-CST
P: bicyclic peptide inhibitor: LYS-PHE-GLU-GLY-CMF-ASP-ASN-GLU-CST


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7904
ポリマ－29,7904
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.980, 109.741, 48.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.44, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Growth factor receptor-bound protein 7 / B47 / Epidermal growth factor receptor GRB-7 / GRB7 adapter protein


分子量: 13690.711 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 438-555 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GRB7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14451
#2: タンパク質・ペプチド
bicyclic peptide inhibitor: LYS-PHE-GLU-GLY-CMF-ASP-ASN-GLU-CST


分子量: 1204.242 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG3350, KSCN, BTP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→35.74 Å / Num. obs: 28374 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.6 % / Net I/σ(I): 5.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.1→35.74 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 19.8 / 位相誤差: 31.13 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2526 1404 4.95 %
Rwork0.2063 --
obs0.2153 28347 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→35.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3695 0 1 191 3887
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043777
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7165058
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.5892204
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044547
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003660
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.17510.34421390.2832675X-RAY DIFFRACTION95
2.1751-2.26210.33371460.27972655X-RAY DIFFRACTION95
2.2621-2.3650.30471370.26372687X-RAY DIFFRACTION95
2.365-2.48970.31191560.25832681X-RAY DIFFRACTION95
2.4897-2.64560.33621390.26012670X-RAY DIFFRACTION95
2.6456-2.84970.33311380.23542729X-RAY DIFFRACTION95
2.8497-3.13610.26131330.22552686X-RAY DIFFRACTION95
3.1361-3.58920.23191540.1882672X-RAY DIFFRACTION95
3.5892-4.51920.19731220.17082728X-RAY DIFFRACTION96
4.5192-28.87160.17931340.17212759X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.00020.00030.00010-0.00020.0005-0.00650.0013-0.00150.0026-0.0040.00260.0037-0.001100.0338-0.0016-0.05960.08360.01040.0645-14.6357-25.3841-9.1126
20.0016-0.00090.0027-0.0030.0026-0.00060.008-0.00450.003-0.00890.00280.0036-0.0018-0.008-0-0.13250.0007-0.28960.1296-0.00090.0014-17.5275-15.3729-11.9018
30.0001-0.0010.0047-0.0060.0027-0.001-0.0162-0.0127-0.0113-0.0264-0.0137-0.02190.02320.00270-0.2277-0.0428-0.34630.11050.0492-0.0684-4.9434-15.3948-6.7613
40.0004-0.0009-0.00050.00170.0010.00060.00090.0002-0.00020.0007-0.00010.0005-0.0009-0.000100.2461-0.0074-0.01770.2438-0.00320.2495-25.0277-26.8235-6.357
50.00030.00010.00040.00020.00030.0006-0.005-0.0017-0.0028-0.0011-0.002400.00330.00100.0498-0.0073-0.04860.0902-0.00070.08038.4484-26.701115.5295
60.0005-0.00140.0015-0.00110.00040.00070.0028-0.0025-0.0032-0.00150.0014-0.00570.00110.0056-0-0.02460.0148-0.20510.12940.02920.034215.4607-20.551615.8355
70.0002-0.00030.0015-0.0020.00040.00140.00390.00350.00130.0006-0.0019-0.0031-0.00360.00860-0.0269-0.0218-0.17670.1190.01250.007211.4267-14.167311.6148
80.0007-0.0010.0031-0.0024-0.00060.00030.00480.0050.00350.0063-0.00890.00960.00020.00740-0.0442-0.0109-0.25440.12830.04410.05252.5832-14.58036.2
90.0004-0.0010.0010.0031-0.00220.002-0.00160.0006-0.00010.0004-0.00150.00040.0017-0.0003-00.13970.0005-0.01970.15670.00210.152514.3655-26.11355.4846
10-0.00010.00060.0005-0.0004-0.0002-0.0001-0.001-0.00070.0041-0.0063-0.0026-0.0017-0.00140.0008-00.0946-0.0171-0.08450.1316-0.0310.1325.120419.89167.5308
110.0001-00.000200.00010.00040.002-0.00070.00050.00230.00020.0004-0.00130.0017-00.1162-0.0078-0.06050.1572-0.02450.126923.344315.119321.661
120.0006-00.0018-0.00060.00140.0007-0.0054-0.0009-00.0039-0.00940.0003-0.0010.001500.0076-0.0255-0.09640.0879-0.03030.023123.09813.137914.089
130.0021-0.00010.0023-0.00270.00110.00040.0011-0.01920.0037-0.0092-0.0144-0.0110.0067-0.00610-0.0163-0.0104-0.18910.0951-0.01820.010521.25767.20937.1844
14-0-0.00030.0023-0.00080.0008-0.00030.0023-0.00440.00140.0019-0.0031-0.0002-0.0021-0.003100.01730.0357-0.19090.0884-0.02550.059915.47518.91672.2149
1500.00010.00050.00020.0001-0.00020.005-0.00210.0065-0.00070.003-0.0011-0.0031-0.003500.0955-0.0149-0.04990.1373-0.03670.12614.212315.777212.8107
160.00010.000200.000100.00030.00210.00090.0025-0.00060.0020.0012-0.00040.0004-00.1375-0.032-0.04840.16110.00070.14077.134519.0477-17.6966
170.0003-0.00040.0008-0.00150.00080.0004-0.00440.00140.0023-0.0027-0.00270.0007-0.00550.001500.0179-0.0223-0.16790.13570.02810.0363.40599.9223-22.4551
180.0005-0.00180.0021-0.00150.00080.00030.00330.0030.00270.0124-0.00170.0015-0.00350.0035-0-0.0252-0.0203-0.15640.0942-0.00150.04482.21948.2511-11.9268
190.00020.00030.0012-0.0010.00030.00060.0054-0.00130.00440.00460.00250.0064-0.0060.003100.0138-0.052-0.16640.1257-0.0120.03397.652310.1649-5.4444
200.00020.00060.0008-0.0006-0.0006-0.00010.0095-0.00250.0023-0.00550.0033-0.0048-0.00060.001400.0779-0.0157-0.07120.12520.00170.078712.1775.596-15.4302
21-0.000100.00040.0001-0.00040.00010.00350.0010.0007-0.00410.0016-0.0012-0.0009-0.0003-00.0807-0.0049-0.08070.11950.01930.0858-7.0139-8.7728-17.7553
220.00010.00040.000500-0.00010.0050.00150.00230.00040.0026-0.001-0.0019-0.000900.0398-0.0205-0.0870.079-0.00470.068611.8167-6.910314.2726
23-0.0001-0.00010.00040.0005-0.00010.0002-0.0045-0.0015-0.0018-0.0002-0.0019-0.00020.0029-0.000600.1175-0.0132-0.07110.12750.01460.121622.65660.115813.4994
240.00020.00020.00030.0002-0.00020.0003-0.0041-0.0023-0.0020.0027-0.00310.00210.00150.0001-00.062-0.0273-0.07160.1282-0.00050.0872-4.28052.4865-12.766
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 426 through 437 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 438 through 475 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 476 through 527 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 528 through 532 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 427 through 437 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 438 through 466 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 467 through 487 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 488 through 522 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 523 through 528 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 423 through 437 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 438 through 447 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 448 through 466 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 467 through 494 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 495 through 517 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 518 through 530 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 425 through 437 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 438 through 466 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 467 through 494 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 495 through 514 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 515 through 529 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'L' and (resid 1 through 8 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'M' and (resid 1 through 8 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'N' and (resid 1 through 8 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'P' and (resid 1 through 8 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る