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- PDB-5u1q: Grb7-SH2 with bicyclic peptide inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u1q
タイトルGrb7-SH2 with bicyclic peptide inhibitor
要素
  • Growth factor receptor-bound protein 7
  • LYS-PHE-GLU-GLY-TYR-ASP-ASN-GLU-CST
キーワードSIGNALING PROTEIN/PEPTIDE INHIBITOR / Grb7 / SH2 domain (SH2ドメイン) / inhibitor (酵素阻害剤) / signalling / SIGNALING PROTEIN-PEPTIDE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


GRB7 events in ERBB2 signaling / RND1 GTPase cycle / RET signaling / stress granule assembly / Tie2 Signaling / phosphatidylinositol binding / Downstream signal transduction / cell projection / epidermal growth factor receptor signaling pathway / Signaling by SCF-KIT ...GRB7 events in ERBB2 signaling / RND1 GTPase cycle / RET signaling / stress granule assembly / Tie2 Signaling / phosphatidylinositol binding / Downstream signal transduction / cell projection / epidermal growth factor receptor signaling pathway / Signaling by SCF-KIT / cytoplasmic stress granule / negative regulation of translation / positive regulation of cell migration / focal adhesion / protein kinase binding / RNA binding / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Growth factor receptor-bound protein 7 / : / BPS (Between PH and SH2) domain / BPS (Between PH and SH2) / GRB/APBB1IP / APBB1IP, PH domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain ...Growth factor receptor-bound protein 7 / : / BPS (Between PH and SH2) domain / BPS (Between PH and SH2) / GRB/APBB1IP / APBB1IP, PH domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain / SH2ドメイン / SHC Adaptor Protein / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH2ドメイン / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2ドメイン / SH2 domain superfamily / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Growth factor receptor-bound protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Watson, G.M. / Wilce, M.C.J. / Wilce, J.A.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia) オーストラリア
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Discovery, Development, and Cellular Delivery of Potent and Selective Bicyclic Peptide Inhibitors of Grb7 Cancer Target.
著者: Watson, G.M. / Kulkarni, K. / Sang, J. / Ma, X. / Gunzburg, M.J. / Perlmutter, P. / Wilce, M.C.J. / Wilce, J.A.
履歴
登録2016年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / struct_conn
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Growth factor receptor-bound protein 7
B: Growth factor receptor-bound protein 7
C: Growth factor receptor-bound protein 7
D: Growth factor receptor-bound protein 7
L: LYS-PHE-GLU-GLY-TYR-ASP-ASN-GLU-CST
M: LYS-PHE-GLU-GLY-TYR-ASP-ASN-GLU-CST
N: LYS-PHE-GLU-GLY-TYR-ASP-ASN-GLU-CST
P: LYS-PHE-GLU-GLY-TYR-ASP-ASN-GLU-CST
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,55312
ポリマ－59,4128
非ポリマー1424
水2,432135
1
A: Growth factor receptor-bound protein 7
B: Growth factor receptor-bound protein 7
L: LYS-PHE-GLU-GLY-TYR-ASP-ASN-GLU-CST
M: LYS-PHE-GLU-GLY-TYR-ASP-ASN-GLU-CST
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8127
ポリマ－29,7064
非ポリマー1063
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Growth factor receptor-bound protein 7
D: Growth factor receptor-bound protein 7
N: LYS-PHE-GLU-GLY-TYR-ASP-ASN-GLU-CST
P: LYS-PHE-GLU-GLY-TYR-ASP-ASN-GLU-CST
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7415
ポリマ－29,7064
非ポリマー351
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)122.180, 47.090, 94.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.49, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Growth factor receptor-bound protein 7 / B47 / Epidermal growth factor receptor GRB-7 / GRB7 adapter protein


分子量: 13690.711 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 438-555 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GRB7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14451
#2: タンパク質・ペプチド
LYS-PHE-GLU-GLY-TYR-ASP-ASN-GLU-CST


分子量: 1162.206 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 6000, MES, CaCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→39.671 Å / Num. obs: 30704 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 2.5 % / Net I/σ(I): 9.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.1→39.671 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2435 1554 5.06 %
Rwork0.1871 --
obs0.1898 30689 97.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→39.671 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3551 0 4 135 3690
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053632
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8134879
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.3532122
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051529
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005633
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.16780.34581300.27412645X-RAY DIFFRACTION98
2.1678-2.24530.28651640.24442614X-RAY DIFFRACTION98
2.2453-2.33520.29341480.22392636X-RAY DIFFRACTION98
2.3352-2.44140.29241530.21582597X-RAY DIFFRACTION98
2.4414-2.57010.30021280.21382667X-RAY DIFFRACTION98
2.5701-2.73110.30171290.21422647X-RAY DIFFRACTION98
2.7311-2.94190.2861530.21442657X-RAY DIFFRACTION98
2.9419-3.23780.28161390.19472632X-RAY DIFFRACTION97
3.2378-3.70610.20641140.16622679X-RAY DIFFRACTION97
3.7061-4.66810.1791300.14592629X-RAY DIFFRACTION95
4.6681-39.6780.21361660.17532732X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.01950.0068-0.00310.0058-0.01080.0061-0.04680.05870.03440.10980.0870.21060.1648-0.2516-00.1698-0.0792-0.00950.22520.01320.2706-1.69514.5434139.3407
2-0.00160.0089-0.02310.011-0.01140.02480.37440.05760.04730.47380.1730.12390.3184-0.1694-0-0.00820.02620.07490.16040.05920.2834-1.068520.5754138.5888
30.0056-0.002-0.0194-0.011-0.00190.0190.13220.1098-0.02760.2-0.1032-0.0159-0.0868-0.181900.176-0.0254-0.03420.14170.06490.21295.507421.1448142.7277
40.03980.13450.00720.09740.05070.06010.14210.0728-0.1430.02370.0722-0.0499-0.52880.4931-00.20110.14810.0053-0.31690.18120.06113.552930.7887132.882
50.0019-0.0038-0.00410.01020.0071-0.0035-0.06510.0353-0.19810.0043-0.04650.15040.10360.0702-00.22720.0301-0.02790.2297-0.01410.25138.769215.7883134.8533
60.00840.00370.0050.00270.02050.01890.19070.0861-0.2486-0.1382-0.0206-0.0007-0.1797-0.0457-00.27430.0238-0.00930.37090.02450.203415.748230.7961108.3576
70.0018-0.00380.0023-0.0001-0.00440.00240.10140.06070.0486-0.31110.0765-0.0232-0.01830.0208-00.4747-0.1853-0.01420.41730.4182-0.020117.458846.1168105.4705
80.01470.03290.02710.00660.00340.0031-0.05990.1216-0.1211-0.08490.112-0.0765-0.1644-0.0505-00.21880.03060.0060.21130.11230.166713.641542.3992111.518
90.00030.00920.0029-0.0010.00050.0051-0.10960.00810.0416-0.0203-0.022-0.0147-0.090.0581-00.2735-0.06660.06170.5661-0.05510.442528.991533.1865112.1533
100.04750.025-0.06880.0111-0.00670.0053-0.02160.2186-0.2544-0.05810.3205-0.1299-0.39590.215900.23270.05840.04180.08940.12770.080119.007641.1498117.633
110.0196-0.0042-0.02060.01360.00560.0229-0.0201-0.024-0.19910.01320.0646-0.0248-0.11090.162200.197-0.0103-0.00890.1614-0.01480.20320.060229.5267125.7911
12-0.0022-0.005-0.00240.0014-0.00820.0029-0.06570.1167-0.03140.10260.2617-0.01-0.1394-0.043100.13940.06810.00020.20520.07170.16099.828333.3626120.8776
13-0.0142-0.0132-0.01370.0158-0.0112-0.00110.11820.16370.22090.04610.28550.1806-0.16510.051-00.09570.4946-0.2917-1.25191.204-0.47199.47742.3908119.0923
140.00040.00140.0020.0041-0.00220.0006-0.00090.0083-0.0396-0.00090.02260.01140.02290.028500.3465-0.0533-0.0840.40510.05130.3253-8.119719.3572126.0694
150.0037-0.00520.00440.0090.00210.0086-0.2657-0.06430.10380.3615-0.1961-0.00850.0215-0.036300.337-0.0786-0.00880.44380.0150.2164-15.473524.9555125.6772
160.0020.0045-0.00930.00160.01270.0057-0.2254-0.25790.20020.03830.08-0.1104-0.1671-0.198200.32210.02440.00960.3458-0.10630.3289-22.338534.8803122.1176
17-0.00010.004-0.0125-0.0049-0.00260.0073-0.0393-0.21680.04090.01320.03520.06090.03770.0968-00.2738-0.03750.05530.27460.08780.2571-20.465819.7824122.6774
180.0042-0.0038-0.01020.00010.00080.01270.1656-0.09590.16270.07310.01830.0571-0.032-0.054700.17760.04470.02910.230.0060.2265-20.84530.2333115.3988
190.03510.0401-0.00840.0095-0.00870.04190.0851-0.0948-0.01390.0986-0.1395-0.14990.0732-0.1614-00.2468-0.0194-0.00550.25750.08450.2606-17.784917.6969113.3096
200.0052-0.0017-0.00050.0051-0.00020.0054-0.12060.0989-0.1339-0.1223-0.12270.0980.0256-0.118800.1922-0.0507-0.02940.21990.0550.2169-13.70816.7503108.2027
21-0.0064-0.0024-0.0051-0.0031-0.00770.00130.091-0.016-0.0236-0.03080.0605-0.1049-0.0387-0.035500.1616-0.0459-0.06460.21380.00880.217-8.801123.8202113.0314
220.01310.0091-0.00150.0072-0.00840.00710.1489-0.05750.2669-0.06920.0136-0.1266-0.0737-0.031300.126-0.04060.02450.2141-0.04570.1976-13.58332.054111.962
230.005200.0040.00990.00130.00030.07790.0558-0.0637-0.05090.0862-0.03610.00720.0635-00.24640.04260.00040.35120.10560.28613.874119.5871103.6203
240.0038-0.0077-0.0099-0.001-0.00140.0006-0.00010.0811-0.08940.079-0.0032-0.06590.05870.055900.21910.47910.07010.5524-0.01540.395915.571412.37695.3434
250.00210.00180.00540.00470.0003-0.00150.0026-0.0068-0.0444-0.00650.0135-0.00920.0517-0.0396-00.63480.20370.072-0.28550.09281.12946.78596.648997.8346
260.00550.005-0.0046-0.0058-0.0288-0.01650.09210.1736-0.1349-0.0290.1822-0.0514-0.01140.348700.0979-0.09670.01290.22560.12010.250911.546624.552197.9008
270.02230.0294-0.00030.0045-0.00340.0309-0.01050.4089-0.1085-0.0192-0.15330.0083-0.14510.2504-00.14150.07030.00490.153-0.05920.16414.372621.000395.4057
280.00690.00070.00020.00150.0007-0.0023-0.04410.02390.05570.0359-0.08290.0073-0.09450.0518-00.2278-0.0018-0.06630.1886-0.01310.24840.008734.6611104.4196
290.02080.0125-0.00760.0131-0.00180.00450.02780.0697-0.0239-0.0303-0.0510-0.0325-0.0138-00.2621-0.0086-0.02150.2070.03780.1893-3.018328.6415101.1104
30-0.0026-0.00130.00270.0011-0.0031-0-0.1049-0.0784-0.1442-0.0297-0.10510.0433-0.0630.050500.1213-0.0125-0.00580.1580.03240.1823-1.083619.5604106.403
31-0.0030.0044-0.00120.0104-0.01170.003-0.0143-0.0083-0.2190.0161-0.0284-0.09590.0617-0.0841-00.24480.0363-0.10630.19120.02470.3123-0.481713.336599.9248
320.00040.00220.00720.00130.00430.00040.1109-0.13230.03980.0850.08660.00920.0792-0.1586-00.49490.30190.1784-0.08460.25030.2538-0.303632.0953145.3984
33-0.0013-0.00020.0040.0013-0.00020.0048-0.1377-0.00130.20390.0501-0.1057-0.0202-0.24640.057700.2643-0.07090.05040.27870.05020.283426.108443.5327122.4021
340.00690.00130.00430.00120.00690.0004-0.19630.05850.05310.0613-0.18590.0409-0.0309-0.086800.2276-0.0551-0.02880.27450.0010.2526-27.163220.9496110.0995
350.0032-0.00140.00440.00350.00430.0046-0.01530.0590.0088-0.1076-0.01330.0532-0.03430.1088-00.2580.0444-0.00260.27870.00490.20252.979825.573988.5236
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 429 through 448 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 449 through 466 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 467 through 476 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 477 through 522 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 523 through 528 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 422 through 437 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 438 through 448 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 449 through 459 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 460 through 466 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 467 through 487 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 488 through 504 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 505 through 514 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 515 through 528 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 423 through 428 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 429 through 437 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 438 through 454 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 455 through 466 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 467 through 475 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 476 through 494 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 495 through 504 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 505 through 512 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 513 through 528 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 429 through 437 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 438 through 447 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 448 through 454 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 455 through 466 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 467 through 487 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 488 through 494 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 495 through 504 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 505 through 514 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 515 through 528 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'L' and (resid 1 through 8 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'M' and (resid 1 through 8 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'N' and (resid 1 through 8 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'P' and (resid 1 through 8 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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