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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2i2b | ||||||
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Title | Crystal structure of LmNADK1 from Listeria monocytogenes | ||||||
![]() | Probable inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase 1 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / crystal structure of LmNADK1 in complex with ligand analog | ||||||
Function / homology | ![]() NAD+ kinase / NADP biosynthetic process / NAD+ kinase activity / NAD metabolic process / NAD binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Poncet-Montange, G. / Labesse, G. | ||||||
![]() | ![]() Title: NAD kinases use substrate-assisted catalysis for specific recognition of NAD. Authors: Poncet-Montange, G. / Assairi, L. / Arold, S. / Pochet, S. / Labesse, G. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 68.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 49.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 2i1wC ![]() 2i29C ![]() 2i2aSC ![]() 2i2cC ![]() 2i2dC ![]() 2i2fC ![]() 2q5fC ![]() 4dy6C C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 31045.279 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() | ||||||
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#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-CIT / | #4: Chemical | ChemComp-GOL / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.33 Å3/Da / Density % sol: 47.11 % |
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Crystal grow | pH: 5.4 Details: 0.3 M potassium chloride, 50 mM tri-sodium citrate dihydrate, 15-20% w/v polyethylene glycol 400, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, pH 5.40 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jun 22, 2005 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.978 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→30.99 Å / Num. obs: 15878 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 28.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 18.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.21 Å / Redundancy: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.488 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 2I2A Resolution: 2.1→30.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 9.615 / SU ML: 0.126 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.233 / ESU R Free: 0.18 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 22.04 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→30.99 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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