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- PDB-4dy6: Crystal structure of NAD kinase 1 from Listeria monocytogenes in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dy6
タイトルCrystal structure of NAD kinase 1 from Listeria monocytogenes in complex with 2'-phosphate bis(adenosine)-5'-diphosphate
要素inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase 1
キーワードTRANSFERASE / LMNADK1 / NAD analog / inorganic polyphosphates
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+ kinase / NAD+ kinase activity / NADP+ biosynthetic process / NAD+ metabolic process / NAD binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Probable inorganic polyphosphate/atp-NAD kinase; domain 1 / Probable inorganic polyphosphate/atp-NAD kinase; domain 2 / ATP-NAD kinase C-terminal domain / NAD kinase / ATP-NAD kinase, PpnK-type, C-terminal / ATP-NAD kinase N-terminal domain / NAD kinase/diacylglycerol kinase-like domain superfamily / Inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase, N-terminal / Tumour Suppressor Smad4 / Sandwich ...Probable inorganic polyphosphate/atp-NAD kinase; domain 1 / Probable inorganic polyphosphate/atp-NAD kinase; domain 2 / ATP-NAD kinase C-terminal domain / NAD kinase / ATP-NAD kinase, PpnK-type, C-terminal / ATP-NAD kinase N-terminal domain / NAD kinase/diacylglycerol kinase-like domain superfamily / Inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase, N-terminal / Tumour Suppressor Smad4 / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-A22 / CITRIC ACID / NAD kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria monocytogenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Poncet-Montange, G. / Assairi, L. / Arold, S. / Pochet, S. / Labesse, G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: NAD kinases use substrate-assisted catalysis for specific recognition of NAD.
著者: Poncet-Montange, G. / Assairi, L. / Arold, S. / Pochet, S. / Labesse, G.
履歴
登録2012年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2012年3月7日ID: 2I2E
改定 1.02012年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9943
ポリマ－31,0451
非ポリマー9492
水1,802100
1
A: inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase 1
ヘテロ分子

A: inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase 1
ヘテロ分子

A: inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase 1
ヘテロ分子

A: inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,97512
ポリマ－124,1814
非ポリマー3,7948
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area14080 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area40440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.100, 75.730, 118.850
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase 1 / Poly(P)/ATP NAD kinase 1


分子量: 31045.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア)
遺伝子: lmo0968, ppnK1 / プラスミド: PET22B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8Y8D7, NAD+ kinase
#2: 化合物 ChemComp-A22 / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINO-9H-PURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXYTETRAHYDROFURAN-2-YL]METHYL [(2R,3R,4R,5R)-5-(6-AMINO-9H-PURIN-9-YL)-3-HYDROXY-4-(PHOSPHONOOXY)TETRAHYDROFURAN-2-YL]METHYL DIHYDROGEN DIPHOSPHATE / 2'-PHOSPHATE BIS(ADENOSINE)-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 756.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H27N10O16P3
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.21 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: 0.3 M potassium chloride, 50 mM tri-sodium citrate dihydrate, 15-20% w/v PEG400, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月11日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→63.888 Å / Num. obs: 14651 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.2-2.322.10.461.6421519760.4694.5
2.32-2.4630.3242.1598020110.32499.8
2.46-2.633.50.2163.4676919150.216100
2.63-2.843.50.1325.5620517690.132100
2.84-3.113.50.0898.2575216360.089100
3.11-3.483.50.05213.4521314930.05299.9
3.48-4.023.50.03319.6457813260.03399.9
4.02-4.923.40.02225.5385911280.02299.8
4.92-6.963.30.02127.629868960.02199.8
6.96-35.09330.0267.615155010.02697.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.5データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2I2C

2i2c


解像度: 2.2→33.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 14.244 / SU ML: 0.158 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.316 / ESU R Free: 0.227 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2504 737 5 %RANDOM
Rwork0.2063 ---
obs0.2085 14651 98.84 %-
all-14823 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 134.95 Å2 / Biso mean: 48.0938 Å2 / Biso min: 17.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.32 Å20 Å20 Å2
2--0.89 Å20 Å2
3----0.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→33.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2058 0 62 100 2220
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0212221
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021493
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2931.9823014
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.37833627
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3015259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.99223.333105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.59515372
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0621514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2323
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022426
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02476
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8781.51294
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1081.5527
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.59422095
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2523927
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9554.5919
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.446 48 -
Rwork0.326 916 -
all-964 -
obs--90.35 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5106-0.5072-1.2330.23030.83133.374-0.0409-0.0698-0.003-0.0154-0.0048-0.04130.0707-0.22930.04580.23770.04110.05110.211-0.05730.127111.12123.60821.806
26.2814-0.5664-4.574-0.37680.80530.70020.2843-1.43750.6391-0.46010.1535-0.4011-0.09431.0377-0.43780.4769-0.01880.27590.3527-0.20620.216922.44326.57525.648
30.04311.6885-0.52138.9351.40933.78010.065-0.01430.04350.50720.00330.15310.06060.0131-0.06830.2401-0.00510.02180.2228-0.03880.143331.6514.11416.878
40.1405-0.2111-0.05330.37450.18251.6330.07370.03640.0365-0.0246-0.08840.01820.0086-0.14110.01460.22450.02870.01960.1914-0.00970.197817.77513.447-4.398
50.7272-4.0958-0.7029-8.29560.08370.3465-0.8408-0.75230.49730.86060.7182-0.2840.4262-0.36820.12260.8782-0.23870.09450.7934-0.26740.173819.9311.8712.146
60.02620.06420.05440.09490.1280.43650.0153-0.00030.0144-0.0102-0.00210.0279-0.0051-0.0274-0.01330.21480.0080.00360.1764-0.00150.20119.003915.65092.9232
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 76
2X-RAY DIFFRACTION2A77 - 97
3X-RAY DIFFRACTION2A245 - 251
4X-RAY DIFFRACTION3A252 - 263
5X-RAY DIFFRACTION4A98 - 244
6X-RAY DIFFRACTION5A301 - 302
7X-RAY DIFFRACTION6A401 - 494

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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