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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2i2d | ||||||
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Title | Crystal structure of LmNADK1 | ||||||
![]() | Probable inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase 1 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Crystal structure of LmNADK1 bound to a NAD analog | ||||||
Function / homology | ![]() NAD+ kinase / NADP biosynthetic process / NAD+ kinase activity / NAD metabolic process / NAD binding / phosphorylation / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Poncet-Montange, G. / Labesse, G. | ||||||
![]() | ![]() Title: NAD kinases use substrate-assisted catalysis for specific recognition of NAD. Authors: Poncet-Montange, G. / Assairi, L. / Arold, S. / Pochet, S. / Labesse, G. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 68.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 49.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 898.1 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 904.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 13.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 18.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 2i1wC ![]() 2i29C ![]() 2i2aC ![]() 2i2bSC ![]() 2i2cC ![]() 2i2fC ![]() 2q5fC ![]() 4dy6C C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
| |||||||||
Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 31045.279 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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#2: Chemical | ChemComp-A2D / |
#3: Chemical | ChemComp-CIT / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.34 Å3/Da / Density % sol: 47.4 % |
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Crystal grow | Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.4 Details: 0.3 M potassium chloride, 50 mM tri-sodium citrate dihydrate, 15-20% w/v polyethylene glycol 400, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.933 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.22→37.9 Å / Num. all: 13780 / Num. obs: 13383 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 38.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 22.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.22→2.34 Å / Redundancy: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.411 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 81.2 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 2i2b Resolution: 2.22→37.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 12.595 / SU ML: 0.159 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.306 / ESU R Free: 0.227 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 34.883 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.22→37.93 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.22→2.277 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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