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- PDB-2q5f: Crystal structure of LMNADK1 from Listeria monocytogenes -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q5f
タイトルCrystal structure of LMNADK1 from Listeria monocytogenes
要素Probable inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase 1
キーワードTRANSFERASE / Mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+ kinase / NAD+ kinase activity / NADP+ biosynthetic process / NAD+ metabolic process / NAD binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Probable inorganic polyphosphate/atp-NAD kinase; domain 1 / Probable inorganic polyphosphate/atp-NAD kinase; domain 2 / ATP-NAD kinase C-terminal domain / NAD kinase / ATP-NAD kinase, PpnK-type, C-terminal / ATP-NAD kinase N-terminal domain / NAD kinase/diacylglycerol kinase-like domain superfamily / Inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase, N-terminal / Tumour Suppressor Smad4 / Sandwich ...Probable inorganic polyphosphate/atp-NAD kinase; domain 1 / Probable inorganic polyphosphate/atp-NAD kinase; domain 2 / ATP-NAD kinase C-terminal domain / NAD kinase / ATP-NAD kinase, PpnK-type, C-terminal / ATP-NAD kinase N-terminal domain / NAD kinase/diacylglycerol kinase-like domain superfamily / Inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase, N-terminal / Tumour Suppressor Smad4 / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DTA / NAD kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Poncet-Montange, G. / Assairi, L. / Arold, S. / Pochet, S. / Labesse, G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: NAD kinases use substrate-assisted catalysis for specific recognition of NAD.
著者: Poncet-Montange, G. / Assairi, L. / Arold, S. / Pochet, S. / Labesse, G.
履歴
登録2007年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6012
ポリマ－31,0361
非ポリマー5651
水1,51384
1
A: Probable inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase 1
ヘテロ分子

A: Probable inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase 1
ヘテロ分子

A: Probable inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase 1
ヘテロ分子

A: Probable inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,4038
ポリマ－124,1454
非ポリマー2,2584
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area12680 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area38750 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)62.959, 75.088, 118.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Probable inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase 1 / Poly(P)/ATP NAD kinase 1


分子量: 31036.244 Da / 分子数: 1 / 変異: H223E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
生物種: Listeria monocytogenes / 株: EGD-E / 遺伝子: ppnK1 / プラスミド: PET22B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8Y8D7, NAD+ kinase
#2: 化合物 ChemComp-DTA / (2S,3S,4R,5R,2'S,3'S,4'R,5'R)-2,2'-[DITHIOBIS(METHYLENE)]BIS[5-(6-AMINO-9H-PURIN-9-YL)TETRAHYDROFURAN-3,4-DIOL] / DI-(5'-THIOADENOSINE) / ビス(5′-アデノシル)ペルスルフィド


分子量: 564.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O6S2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.46 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: PEG400 15-20% w/v, KCitrate 50 mM, KCl 300 mM, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→28.2 Å / Num. all: 22000 / Num. obs: 19663 / % possible obs: 87.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 29.25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 1.9→1.99 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.489 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 1644 / % possible all: 51.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMAC5.2.0019位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB2I2C

解像度: 1.9→28.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 8.046 / SU ML: 0.106 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.152 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22181 589 3 %RANDOM
Rwork0.18815 ---
all0.18914 22528 --
obs0.18914 19066 87.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.827 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.5 Å20 Å20 Å2
2--2.42 Å20 Å2
3----1.92 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3036 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→28.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2056 0 38 84 2178
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0222178
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.021473
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.431.9762953
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6153.0013552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg21.3755262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.53323.069101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.38515364
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.4011515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2322
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022398
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02465
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.2346
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2120.21443
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1780.21001
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0980.21150
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1180.286
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.160.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2920.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1850.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6921.51417
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0911.5527
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.84722089
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4313987
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.64.5861
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 14 -
Rwork0.286 727 -
obs--45.77 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5996-1.1784-1.65321.33431.55237.4694-0.0929-0.1530.05340.12950.00470.0962-0.2181-0.35110.08820.01680.03550.04570.0683-0.0785-0.051410.14624.21422.295
21.74880.0024-0.25140.0614-0.41652.8583-0.0676-0.59120.29020.18220.4443-0.1162-0.19030.5217-0.37670.24430.05340.0520.2732-0.13540.07622.03825.48224.644
34.20771.80730.144813.7472-2.84956.35280.0803-0.38660.25770.6417-0.08270.0884-0.13360.08230.0024-0.0495-0.03890.0174-0.0339-0.0544-0.184931.35214.33316.462
41.27-0.21960.16391.88470.2732.83230.07350.0490.0661-0.1479-0.13930.2741-0.0947-0.39480.0657-0.13940.038-0.0096-0.055-0.014-0.124717.90213.232-4.476
50.0715-1.143-1.1318.264818.057317.8523-0.2015-0.8526-0.64781.965-0.60870.50421.3913-0.26180.81020.1584-0.00370.07460.16520.04360.020717.7148.87611.163
60.11240.09170.14760.4310.50730.62720.0398-0.00960.02220.01290.00470.0367-0.0305-0.0516-0.0445-0.00070.01780.01140.0504-0.00420.015719.10514.5523.179
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 691 - 69
2X-RAY DIFFRACTION2AA74 - 9774 - 97
3X-RAY DIFFRACTION2AA245 - 251245 - 251
4X-RAY DIFFRACTION3AA252 - 263252 - 263
5X-RAY DIFFRACTION4AA98 - 24498 - 244
6X-RAY DIFFRACTION5AB2731
7X-RAY DIFFRACTION6AC274 - 3571 - 84

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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