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- PDB-5tz2: Crystal structure of human CD47 ECD bound to Fab of C47B222 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tz2
タイトルCrystal structure of human CD47 ECD bound to Fab of C47B222
要素
  • C47B222 Fab Heavy Chain
  • C47B222 Fab Light Chain
  • Leukocyte surface antigen CD47
キーワードIMMUNE SYSTEM / antigen-Fab complex / immunoglobulin
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to interleukin-12 / regulation of Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / protein binding involved in heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of monocyte extravasation / regulation of type II interferon production / ATP export / positive regulation of cell-cell adhesion / regulation of interleukin-10 production / cell-cell adhesion mediator activity / regulation of tumor necrosis factor production ...cellular response to interleukin-12 / regulation of Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / protein binding involved in heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of monocyte extravasation / regulation of type II interferon production / ATP export / positive regulation of cell-cell adhesion / regulation of interleukin-10 production / cell-cell adhesion mediator activity / regulation of tumor necrosis factor production / regulation of interleukin-12 production / regulation of nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of phagocytosis / regulation of interleukin-6 production / Signal regulatory protein family interactions / thrombospondin receptor activity / tertiary granule membrane / cellular response to interleukin-1 / Integrin cell surface interactions / specific granule membrane / positive regulation of phagocytosis / positive regulation of stress fiber assembly / integrin-mediated signaling pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / cellular response to type II interferon / positive regulation of inflammatory response / cell migration / positive regulation of T cell activation / angiogenesis / inflammatory response / apoptotic process / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / cell surface / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Leukocyte surface antigen CD47 / CD47-like, transmembrane / CD47 immunoglobulin-like / Leukocyte surface antigen CD47, IgV / CD47 transmembrane region / CD47 immunoglobulin-like domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins ...Leukocyte surface antigen CD47 / CD47-like, transmembrane / CD47 immunoglobulin-like / Leukocyte surface antigen CD47, IgV / CD47 transmembrane region / CD47 immunoglobulin-like domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Leukocyte surface antigen CD47
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.302 Å
データ登録者Cardoso, R.M.F.
引用ジャーナル: Blood Cancer J / 年: 2017
タイトル: Anti-leukemic activity and tolerability of anti-human CD47 monoclonal antibodies.
著者: Pietsch, E.C. / Dong, J. / Cardoso, R. / Zhang, X. / Chin, D. / Hawkins, R. / Dinh, T. / Zhou, M. / Strake, B. / Feng, P.H. / Rocca, M. / Santos, C.D. / Shan, X. / Danet-Desnoyers, G. / Shi, ...著者: Pietsch, E.C. / Dong, J. / Cardoso, R. / Zhang, X. / Chin, D. / Hawkins, R. / Dinh, T. / Zhou, M. / Strake, B. / Feng, P.H. / Rocca, M. / Santos, C.D. / Shan, X. / Danet-Desnoyers, G. / Shi, F. / Kaiser, E. / Millar, H.J. / Fenton, S. / Swanson, R. / Nemeth, J.A. / Attar, R.M.
履歴
登録2016年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: C47B222 Fab Heavy Chain
L: C47B222 Fab Light Chain
C: Leukocyte surface antigen CD47
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,4199
ポリマ－62,8143
非ポリマー1,6056
水1,892105
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.567, 72.934, 72.698
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.970, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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抗体 , 3種, 3分子 HLC

#1: 抗体 C47B222 Fab Heavy Chain


分子量: 24643.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 C47B222 Fab Light Chain


分子量: 23406.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Leukocyte surface antigen CD47 / Antigenic surface determinant protein OA3 / Integrin-associated protein / IAP / Protein MER6


分子量: 14764.539 Da / 分子数: 1 / Fragment: extracellular domain, UNP residues 19-141 / Mutation: C15G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD47, MER6 / 細胞株 (発現宿主): HEK293(GnTI-) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q08722

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糖 , 2種, 5分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 106分子

#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.12 % / Mosaicity: 0.923 °
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 25% PEG 3000, 1M LiCl, 0.1M MES pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→32.216 Å / Num. obs: 26271 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rsym value: 0.083 / Net I/av σ(I): 12.794 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.432 / CC1/2: 0.841 / % possible all: 97

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データスケーリング
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2JJS

2jjs


解像度: 2.302→32.216 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 33.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2553 1329 5.07 %Random selection
Rwork0.2008 ---
obs0.2037 26217 98.32 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 146.2 Å2 / Biso mean: 66.5172 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.302→32.216 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3988 0 104 105 4197
Biso mean--100.74 66.22 -
残基数----539
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.5857-1.4776-0.48182.188-0.56842.1393-0.0611-0.7776-0.09260.02090.02580.0980.0918-0.30050.04290.38160.1126-0.03660.5448-0.08620.351523.8982-15.493330.4121
22.8361-0.7535-0.25545.1213-1.3014.3251-0.3139-0.37370.15040.18770.2733-0.2791-0.32160.67830.09420.47990.0450.00390.6413-0.04120.367746.9462-0.16288.96
36.03570.6337-0.01983.602-3.10635.90510.00610.87040.442-0.10420.1640.11160.1001-1.0693-0.11440.46240.17-0.05790.8578-0.04070.43649.219-5.2516.3938
42.95771.4676-3.00740.4317-0.87894.2520.02430.40960.0237-0.08620.01320.0745-0.3126-0.4022-0.10910.47270.1193-0.0470.5205-0.03160.405825.5614-4.15928.2431
52.989-2.7042-1.90813.58311.57024.4928-0.11260.0628-0.23970.14390.02910.1580.4330.08780.16230.5054-0.05170.00960.41330.00550.453738.0332-7.3334-5.1594
63.6259-2.9657-1.87034.32180.54195.3783-0.07850.144-0.2229-0.3868-0.03560.11970.30390.30940.0370.5268-0.0425-0.07210.3782-0.00740.404840.6877-4.4681-6.6826
73.55640.1306-0.26234.12654.03714.94110.2519-1.5116-0.71260.5360.19460.4417-0.5599-2.04-0.12720.5718-0.1019-0.08240.82740.31720.5735-11.0017-11.427649.5232
84.5231-0.66940.87537.9232.86423.06330.4532-0.27690.0912-0.97420.03920.3260.3555-0.184-0.40070.6765-0.0228-0.00370.48270.10.5553-11.1585-16.643734.169
97.78132.14964.54815.28884.13324.4065-0.3040.8089-0.5688-0.73170.6404-0.611-1.38410.7923-0.4280.5264-0.1288-0.03040.39910.01090.39941.123-11.845239.828
108.7338-7.0848-3.84868.66583.65382.23880.62150.12060.93250.32440.8174-0.40110.75920.5161-1.26780.52850.1276-0.08380.6194-0.15310.56696.1081-20.101736.7532
118.5566-3.4322-3.37882.18320.09433.32930.2437-0.6587-0.16721.25940.996-2.06240.74391.6108-1.31640.55910.0511-0.27530.872-0.2220.8227.0435-11.677849.8986
121.83580.1266-1.14826.54815.23617.71790.2757-0.0828-0.45751.32540.2524-0.68710.90770.2625-0.46480.6378-0.0046-0.08360.48340.13550.5048-3.3791-16.323548.0279
136.5371.88232.79052.02831.9052.03090.49240.4266-0.6724-0.60830.5897-0.3044-1.0785-0.0134-0.79590.5603-0.0076-0.0040.4944-0.0070.4515-4.9516-9.155437.4278
144.49891.0298-0.06964.59435.43276.7318-0.4024-0.4020.0193-0.2462-0.05160.5842-0.6420.59590.61590.68490.0462-0.05370.49190.070.4215-8.6193-6.252845.1383
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'H' and (resid 1 through 117 )H1 - 117
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'H' and (resid 118 through 219 )H118 - 219
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'L' and (resid 1 through 75 )L1 - 75
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'L' and (resid 76 through 128 )L76 - 128
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'L' and (resid 129 through 163 )L129 - 163
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'L' and (resid 164 through 212 )L164 - 212
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 1 through 21 )C1 - 21
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 22 through 32 )C22 - 32
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 33 through 51 )C33 - 51
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 52 through 58 )C52 - 58
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 59 through 63 )C59 - 63
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 64 through 91 )C64 - 91
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 92 through 102 )C92 - 102
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 103 through 114 )C103 - 114

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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