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- PDB-5tzt: Crystal structure of human CD47 ECD bound to Fab of C47B161 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tzt
タイトルCrystal structure of human CD47 ECD bound to Fab of C47B161
要素
  • Heavy Chain of Fab C47B161
  • Leukocyte surface antigen CD47
  • Light Chain of Fab C47B161
キーワードIMMUNE SYSTEM / antigen-Fab complex / immunoglobulin
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to interleukin-12 / regulation of Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / protein binding involved in heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of monocyte extravasation / cell-cell adhesion mediator activity / positive regulation of cell-cell adhesion / regulation of interleukin-10 production / regulation of type II interferon production / ATP export / fibrinogen binding ...cellular response to interleukin-12 / regulation of Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / protein binding involved in heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of monocyte extravasation / cell-cell adhesion mediator activity / positive regulation of cell-cell adhesion / regulation of interleukin-10 production / regulation of type II interferon production / ATP export / fibrinogen binding / regulation of tumor necrosis factor production / regulation of interleukin-12 production / regulation of nitric oxide biosynthetic process / regulation of interleukin-6 production / Signal regulatory protein family interactions / negative regulation of phagocytosis / thrombospondin receptor activity / tertiary granule membrane / cellular response to interleukin-1 / Integrin cell surface interactions / specific granule membrane / positive regulation of phagocytosis / positive regulation of stress fiber assembly / integrin-mediated signaling pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / cellular response to type II interferon / positive regulation of T cell activation / positive regulation of inflammatory response / cell migration / angiogenesis / inflammatory response / apoptotic process / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / cell surface / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Leukocyte surface antigen CD47 / CD47-like, transmembrane / CD47 immunoglobulin-like / Leukocyte surface antigen CD47, IgV / CD47 transmembrane region / CD47 immunoglobulin-like domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...Leukocyte surface antigen CD47 / CD47-like, transmembrane / CD47 immunoglobulin-like / Leukocyte surface antigen CD47, IgV / CD47 transmembrane region / CD47 immunoglobulin-like domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Leukocyte surface antigen CD47
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Cardoso, R.M.F.
引用ジャーナル: Blood Cancer J / 年: 2017
タイトル: Anti-leukemic activity and tolerability of anti-human CD47 monoclonal antibodies.
著者: Pietsch, E.C. / Dong, J. / Cardoso, R. / Zhang, X. / Chin, D. / Hawkins, R. / Dinh, T. / Zhou, M. / Strake, B. / Feng, P.H. / Rocca, M. / Santos, C.D. / Shan, X. / Danet-Desnoyers, G. / Shi, ...著者: Pietsch, E.C. / Dong, J. / Cardoso, R. / Zhang, X. / Chin, D. / Hawkins, R. / Dinh, T. / Zhou, M. / Strake, B. / Feng, P.H. / Rocca, M. / Santos, C.D. / Shan, X. / Danet-Desnoyers, G. / Shi, F. / Kaiser, E. / Millar, H.J. / Fenton, S. / Swanson, R. / Nemeth, J.A. / Attar, R.M.
履歴
登録2016年11月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 2.02020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / entity_poly / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年3月24日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / entity_src_gen
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 2.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: Light Chain of Fab C47B161
A: Heavy Chain of Fab C47B161
L: Light Chain of Fab C47B161
H: Heavy Chain of Fab C47B161
C: Leukocyte surface antigen CD47
D: Leukocyte surface antigen CD47
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,52314
ポリマ－126,3996
非ポリマー1,1248
水2,126118
1
B: Light Chain of Fab C47B161
A: Heavy Chain of Fab C47B161
D: Leukocyte surface antigen CD47
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,8267
ポリマ－63,2003
非ポリマー6274
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
L: Light Chain of Fab C47B161
H: Heavy Chain of Fab C47B161
C: Leukocyte surface antigen CD47
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,6977
ポリマ－63,2003
非ポリマー4974
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.569, 60.974, 124.133
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.050, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
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NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain D and (resseq 1:5 or (resid 6 and (name...D1 - 5
121(chain D and (resseq 1:5 or (resid 6 and (name...D6
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273(chain H and (resseq 1:2 or (resid 3 and (name...H1 - 217
283(chain H and (resseq 1:2 or (resid 3 and (name...H1 - 217

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
抗体 , 3種, 6分子 BLAHCD

#1: 抗体 Light Chain of Fab C47B161


分子量: 24140.988 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Heavy Chain of Fab C47B161


分子量: 24311.193 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Leukocyte surface antigen CD47 / Antigenic surface determinant protein OA3 / Integrin-associated protein / IAP / Protein MER6


分子量: 14747.510 Da / 分子数: 2 / Fragment: extracellular domain, UNP residues 19-141 / Mutation: C15G / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residue 1 is a Gln that cyclizes as pyroglutamate (PCA)
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD47, MER6 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q08722

-
糖 , 1種, 3分子

#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 123分子

#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.92 % / Mosaicity: 1.408 °
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 34% PEG 8000, 0.1M HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.89→41.378 Å / Num. obs: 24865 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 53.18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rsym value: 0.119 / Net I/av σ(I): 9.093 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 2.89→2.95 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.465 / CC1/2: 0.763 / % possible all: 90.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
PHENIX1.10_2155精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データスケーリング
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2JJS

2jjs


解像度: 2.89→41.378 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 36.15
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3279 1273 5.13 %Random selection
Rwork0.2573 ---
obs0.2609 24832 98.01 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 199.8 Å2 / Biso mean: 66.4767 Å2 / Biso min: 6.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.89→41.378 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7962 0 72 118 8152
Biso mean--103.23 42.7 -
残基数----1096
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0058240
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.01611283
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0621306
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081453
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2134817
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11D789X-RAY DIFFRACTION12.506TORSIONAL
12C789X-RAY DIFFRACTION12.506TORSIONAL
21B1718X-RAY DIFFRACTION12.506TORSIONAL
22L1718X-RAY DIFFRACTION12.506TORSIONAL
31A1664X-RAY DIFFRACTION12.506TORSIONAL
32H1664X-RAY DIFFRACTION12.506TORSIONAL
LS精密化 シェル解像度: 2.8904→3.0061 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3978 141 -
Rwork0.3218 2378 -
obs--91 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.75050.4106-1.75881.9907-1.48155.1489-0.0209-0.17330.1609-0.1752-0.0643-0.08710.01850.37370.04180.2607-0.00560.05620.2086-0.0380.3708-11.98654.161331.2664
29.789-1.54752.69945.9821-1.6785.8973-0.1519-0.8315-0.4342-0.82330.15820.2704-0.74-0.5362-0.17820.28280.0421-0.03840.2172-0.18790.1453-5.0847-4.959737.5325
30.7202-0.80140.10210.9298-0.69472.690.16620.15530.0293-0.25530.01380.1048-0.1422-0.2637-0.15940.5132-0.1566-0.02120.2027-0.00190.4804-8.7526-3.940243.5412
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52.5449-1.05611.260.5855-0.58771.6153-0.5866-0.35780.25510.10140.2534-0.1436-0.24090.040.15620.50720.0287-0.0820.3227-0.01560.41691.42780.947278.8751
67.86360.7015.56830.67190.96427.14560.2816-0.769-1.06550.59740.0297-0.3290.7657-0.7567-0.41920.6275-0.34070.02180.156-0.00740.6136-10.7834-5.158177.0097
71.91670.1463.00525.92684.758.1938-0.11280.5277-0.2185-0.5467-0.5275-0.6860.04860.22730.06270.39090.09820.02240.41310.05440.162213.4509-6.199942.1334
83.57390.44492.36232.4533-1.0242.21970.3158-0.15590.10110.1541-0.0916-0.10520.54-0.1933-0.0930.4673-0.03430.16980.2129-0.0250.444910.3881-0.133531.7929
91.9671-2.4701-0.8826.17463.13852.30550.5125-0.45720.0337-1.106-0.0531-0.4887-0.30060.404-0.18040.7789-0.2140.21070.34670.03580.636117.9479-0.595331.5374
104.32490.91981.17380.6605-1.01613.82160.0778-0.0010.5685-0.12810.0550.6511-0.8295-0.2137-0.19990.5104-0.01060.25290.352-0.02470.466510.64664.849539.8247
111.0354-0.00550.51070.7272-1.2084.22020.3737-0.2003-0.32310.2317-0.35280.2501-0.00140.0094-0.11570.30170.0765-0.110.0874-0.06830.53226.7082-5.471556.0839
121.01392.1609-1.41446.1565-2.98432.699-0.0575-0.29030.10630.04090.0337-0.4330.13090.05760.1360.31920.06030.08690.27120.00180.41667.2901-10.131361.6389
133.1288-0.44412.25691.4973-0.54596.2536-0.17960.0483-0.38880.6813-0.18530.13950.7157-0.27010.31970.5252-0.03660.10690.2032-0.04330.5231-48.1326-31.466726.8445
144.30830.7489-2.30692.34480.72345.03450.09630.132-0.10930.06790.0560.19510.712-0.0412-0.07140.441-0.0517-0.14690.1150.00260.3767-40.7819-30.2457-10.6545
151.53112.35950.26393.87161.31852.35730.35510.1140.32020.1046-0.1649-0.38310.39330.133-0.04190.35550.0759-0.06540.2534-0.00270.4185-24.6349-28.179925.7582
160.50.0376-0.05921.1933-0.14870.517-0.10640.0609-0.72040.21190.01690.1985-0.099-0.0932-0.63090.6115-0.23320.62110.00080.04580.7183-31.8946-37.022828.4679
172.5715-0.20851.29230.1412-0.48114.14140.5552-0.0641-0.85441.06630.4821-0.85610.0811-0.3829-0.39760.4910.15480.01850.22830.15690.6976-24.9828-35.709636.4845
180.7577-1.9124-1.09048.25984.97293.70260.202-0.2948-0.2890.94560.1289-0.71610.74870.4498-0.19890.4910.0826-0.24160.4152-0.06160.7429-19.0776-31.986230.2363
190.71780.25360.22641.1692-1.45314.1613-0.11510.0510.03820.1327-0.047-0.1640.16110.22530.23550.39290.0026-0.02990.1647-0.01670.5664-29.6924-29.321110.1229
200.7005-0.6489-0.18454.7299-1.45171.37570.1567-0.4054-0.28580.8495-0.7885-0.3312-0.15360.45270.29190.40990.13450.1853-0.3261-0.03150.8129-29.8343-22.28120.3778
215.1907-1.8285-3.25441.18620.15374.63350.2967-0.58050.87360.3941-0.16920.4182-0.37370.2536-0.03710.9418-0.15590.09430.4891-0.15540.6322-40.0939-17.849355.0266
225.0152.7923-4.58722.4248-3.45485.13070.02610.72460.65691.2116-0.0999-0.2089-0.2229-0.7994-0.13961.1137-0.2475-0.02120.7595-0.10290.5597-52.9896-19.552654.8169
235.9255-0.962-0.67651.45022.6386.41430.3665-0.78390.51421.4146-0.33481.08480.1510.1335-0.12021.0466-0.29550.25690.49470.01870.6706-41.5443-18.437956.3402
241.2379-0.2727-0.18760.99492.48086.39140.00640.5773-0.99860.12510.1850.15891.83810.3430.02362.00230.22120.4060.8114-0.16050.82862.5966-16.176-1.0836
254.73571.73413.54924.7265-0.17115.44060.6991-0.0611-0.03890.072-0.09870.62510.129-0.9641-0.44740.54440.06060.03910.55410.04550.5442-7.5308-15.41899.649
262.3695-0.1207-1.66931.86121.27152.76990.43660.90430.4348-0.6751-0.4650.21190.02370.1755-0.28960.89720.50630.14970.8281-0.07030.4543-4.7487-14.42843.2549
271.3231-0.2057-0.64332.19411.52811.230.1822-0.0230.8222-0.27630.72440.0736-0.8749-0.0758-0.62910.64710.10550.10170.47870.06010.46771.3287-10.65524.5149
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 1 through 37 )B1 - 37
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 38 through 53 )B38 - 53
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 54 through 133 )B54 - 133
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 134 through 179 )B134 - 179
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 180 through 202 )B180 - 202
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 203 through 218 )B203 - 218
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 2 through 12 )A2 - 12
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 13 through 64 )A13 - 64
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 65 through 83 )A65 - 83
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 84 through 99 )A84 - 99
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 100 through 149 )A100 - 149
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 150 through 217 )A150 - 217
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'L' and (resid 1 through 118 )L1 - 118
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'L' and (resid 119 through 219 )L119 - 219
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'H' and (resid 2 through 39 )H2 - 39
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'H' and (resid 40 through 52 )H40 - 52
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'H' and (resid 53 through 64 )H53 - 64
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'H' and (resid 65 through 84 )H65 - 84
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'H' and (resid 85 through 149 )H85 - 149
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'H' and (resid 150 through 217 )H150 - 217
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 2 through 51 )C2 - 51
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 52 through 63 )C52 - 63
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 64 through 111 )C64 - 111
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 2 through 16 )D2 - 16
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 17 through 72 )D17 - 72
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 73 through 100 )D73 - 100
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 101 through 116 )D101 - 116

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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