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Yorodumi- PDB-5ty6: Crystal structure of the broadly neutralizing Influenza A antibod... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ty6 | ||||||
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Title | Crystal structure of the broadly neutralizing Influenza A antibody VRC 315 13-1b02 Fab. | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / antibody / influenza / human vaccine trial | ||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta Function and homology information | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.361 Å | ||||||
Authors | Joyce, M.G. / Andrews, S.F. / Mascola, J.R. / McDermott, A.B. / Kwong, P.D. | ||||||
Citation | Journal: Sci Immunol / Year: 2017 Title: Preferential induction of cross-group influenza A hemagglutinin stem-specific memory B cells after H7N9 immunization in humans. Authors: Andrews, S.F. / Joyce, M.G. / Chambers, M.J. / Gillespie, R.A. / Kanekiyo, M. / Leung, K. / Yang, E.S. / Tsybovsky, Y. / Wheatley, A.K. / Crank, M.C. / Boyington, J.C. / Prabhakaran, M.S. / ...Authors: Andrews, S.F. / Joyce, M.G. / Chambers, M.J. / Gillespie, R.A. / Kanekiyo, M. / Leung, K. / Yang, E.S. / Tsybovsky, Y. / Wheatley, A.K. / Crank, M.C. / Boyington, J.C. / Prabhakaran, M.S. / Narpala, S.R. / Chen, X. / Bailer, R.T. / Chen, G. / Coates, E. / Kwong, P.D. / Koup, R.A. / Mascola, J.R. / Graham, B.S. / Ledgerwood, J.E. / McDermott, A.B. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5ty6.cif.gz | 257.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5ty6.ent.gz | 212.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5ty6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ty/5ty6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ty/5ty6 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5u4rC 5wcaC 5wccC 5wcdC 5k9jS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 24608.590 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) | ||
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#2: Antibody | Mass: 23176.672 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) | ||
#3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.89 Å3/Da / Density % sol: 57.49 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.4 / Details: 0.5 M Lithium sulfate, 20% PEG 8000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 29, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.36→32.219 Å / Num. obs: 106372 / % possible obs: 89.8 % / Redundancy: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 8.26 |
Reflection shell | Resolution: 1.36→1.42 Å / Redundancy: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.811 / Mean I/σ(I) obs: 1.16 / % possible all: 89.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5K9J Resolution: 1.361→32.219 Å / SU ML: 0.13 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 17.18 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.361→32.219 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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