PDB-5tr3: 2.5 Angstrom Resolution Crystal Structure of Dihydrolipoyl Dehydr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5tr3

タイトル

2.5 Angstrom Resolution Crystal Structure of Dihydrolipoyl Dehydrogenase from Pseudomonas putida in Complex with FAD.

要素

Dihydrolipoyl dehydrogenase

キーワード

HYDROLASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / dihydrolipoyl dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

dihydrolipoyl dehydrogenase / dihydrolipoyl dehydrogenase (NADH) activity / 2-oxoglutarate metabolic process / pyruvate metabolic process / flavin adenine dinucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas putida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Dubrovska, I. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: 2.5 Angstrom Resolution Crystal Structure of Dihydrolipoyl Dehydrogenase from Pseudomonas putida in Complex with FAD.
著者: Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Dubrovska, I. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2016年10月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年11月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5tr3.cif.gz	365.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5tr3.ent.gz	299.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5tr3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5tr3_validation.pdf.gz	934.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5tr3_full_validation.pdf.gz	942.2 KB	表示
XML形式データ	5tr3_validation.xml.gz	37.2 KB	表示
CIF形式データ	5tr3_validation.cif.gz	52.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/5tr3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/5tr3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ladS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6bz0-2 6kgy-1 5u8v-1 1xdi-d 1dxl-1 5u8w-1 4jq9-1 6awa-d 5j5z-d 6kyy-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP07540

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (11) #153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (10) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Dihydrolipoyl dehydrogenase

B: Dihydrolipoyl dehydrogenase

ヘテロ分子

102 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.886, 132.113, 158.132
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 474 / Label seq-ID: 4 - 477

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Dihydrolipoyl dehydrogenase 分子量: 50241.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas putida (strain ATCC 47054 / DSM 6125 / NCIMB 11950 / KT2440) (バクテリア) 株: ATCC 47054 / DSM 6125 / NCIMB 11950 / KT2440 / 遺伝子: lpdG, PP_4187 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) magic / 参照: UniProt: Q88FB1, dihydrolipoyl dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.2 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Protein: 13.7 mg/ml, 0.5M Sodium chloride, 0.01M Tris HCl (pH 8.3), 1mM FAD; Screen: Classics II(F10), 0.2M Sodim chloride, 0.01M Tris HCl (pH 6.5), 25% (w/v) PEG 3350.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月5日 / 詳細: C(111)
放射	モノクロメーター: beryllium lenses / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 42116 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 51.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.075 / R_sym value: 0.075 / Net I/σ(I): 20.1
反射シェル	解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.632 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / CC_1/2: 0.837 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0155	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3LAD

3lad

解像度: 2.5→29.42 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 25.441 / SU ML: 0.279 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.474 / ESU R Free: 0.288 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26422	2044	4.9 %	RANDOM
R_work	0.2254	-	-	-
obs	0.22729	40007	99.77 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 60.399 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.47 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	7.17 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.69 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.5→29.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6924	0	120	251	7295

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	7180
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	7046
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.459	1.983	9749
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.877	3	16225
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	1.998	5	952
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.201	25.494	253
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.771	15	1200
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.204	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	1161
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.023	0.02	8102
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.02	0.02	1448
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.733	3.543	3806
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.732	3.541	3804
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.763	5.307	4758
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.763	5.308	4759
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.758	3.796	3374
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.754	3.796	3374
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.822	5.618	4992
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.665	43.25	8010
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.651	43.156	7991
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 27492 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.378	142	-
R_work	0.359	2897	-
obs	-	-	99.22 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2419	0.0152	1.2709	3.1392	1.1155	0.9621	0.0157	0.0702	0.0773	0.0357	0.0228	-0.1474	-0.0519	0.1585	-0.0385	0.089	-0.105	0.0282	0.2359	0.0038	0.0519	42.7649	101.8448	25.6594
2	1.0771	0.5484	-0.631	1.2166	-0.7554	0.8412	-0.0505	-0.1608	0.0596	-0.1646	0.0547	0.1366	0.1652	0.2592	-0.0042	0.3045	0.023	-0.0287	0.2395	0.0397	0.2947	32.5838	93.1309	25.4844
3	1.6123	-1.1282	-0.578	1.0743	-0.1666	2.3247	0.0687	-0.1942	0.0159	-0.2522	0.0566	0.2115	0.2708	0.4933	-0.1254	0.4706	0.0869	-0.0347	0.1318	0.0588	0.3699	27.9224	78.1621	13.8844
4	1.9514	-0.5204	1.3268	1.686	-0.9183	3.103	-0.0987	0.1938	-0.3247	-0.2342	0.1697	0.0843	0.5082	0.0083	-0.0711	0.552	0.0841	0.0202	0.1088	-0.0077	0.3586	28.976	70.325	10.5168
5	2.9372	1.0974	-0.7707	3.3119	-1.0813	0.4831	-0.061	0.0408	-0.1473	-0.2205	-0.1092	-0.5307	0.1363	0.1628	0.1702	0.0908	0.1567	0.048	0.3371	0.055	0.1282	52.0014	89.8237	21.5536
6	3.6714	-0.4174	-0.1213	0.7981	-0.0564	1.0052	0.1286	0.2125	-0.0473	-0.1859	-0.221	-0.271	0.0189	-0.0971	0.0923	0.3407	0.1627	0.0394	0.1199	0.0779	0.3087	44.5754	66.0636	38.1023
7	2.9289	-0.7899	-0.2511	2.4812	0.1014	1.0535	0.1543	0.2963	0.0395	-0.0279	-0.144	-0.0711	0.1269	0.0233	-0.0103	0.4325	0.2023	-0.0377	0.1146	-0.0211	0.3202	35.7344	49.7649	58.3665
8	0.9228	-0.5573	0.8114	1.6674	-0.6136	0.7396	0.0742	0.1017	-0.048	-0.0113	0.0493	0.0696	0.0653	0.0759	-0.1235	0.3958	0.1803	0.0414	0.0953	0.0383	0.4067	26.4084	58.1797	54.0519
9	0.3318	-0.0495	0.9918	1.5118	-0.2143	3.1065	0.1478	0.0954	-0.0954	0.3174	0.1374	0.3842	0.2946	0.2509	-0.2852	0.4225	0.13	0.0946	0.0588	0.062	0.4736	17.4199	72.7044	63.1895
10	3.7829	0.145	-1.5139	0.5321	-0.3989	2.6053	0.0873	-0.1006	0.3601	0.4141	0.1271	0.3127	-0.201	0.0909	-0.2144	0.4009	0.1209	0.147	0.0477	0.0526	0.3627	16.9351	80.4837	66.4398
11	3.0519	-0.3221	0.9795	1.9513	-1.0455	3.2809	0.1663	0.0822	0.266	0.3025	-0.0412	-0.0879	-0.2776	0.2589	-0.1251	0.3929	0.1446	-0.0272	0.1037	-0.0207	0.2752	42.5773	59.2946	68.1012
12	1.4035	0.0011	0.1128	1.9019	-0.022	1.0248	0.0956	0.0436	-0.138	0.1577	-0.0622	-0.2336	-0.0498	0.1457	-0.0333	0.1097	0.0434	0.0079	0.0974	0.0826	0.147	42.2204	84.1131	49.1185

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 55
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	56 - 154
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	155 - 218
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	219 - 278
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	279 - 359
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	360 - 474
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	1 - 55
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	56 - 153
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	154 - 218
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	219 - 279
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	280 - 344
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	345 - 474

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)