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Yorodumi- PDB-4jq9: Dihydrolipoyl dehydrogenase of Escherichia coli pyruvate dehydrog... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4jq9 | ||||||
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Title | Dihydrolipoyl dehydrogenase of Escherichia coli pyruvate dehydrogenase complex | ||||||
Components | Dihydrolipoyl dehydrogenaseDihydrolipoamide dehydrogenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Dihydrolipoyl dehydrogenase / E3 / FAD / NAD / pyruvate dehydrogenase complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information dihydrolipoyl dehydrogenase / dihydrolipoyl dehydrogenase activity / cell redox homeostasis / flavin adenine dinucleotide binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.17 Å | ||||||
Authors | Tietzel, M. / Neumann, P. / Meyer, D. / Ficner, R. / Tittmann, K. | ||||||
Citation | Journal: TO BE PUBLISHED Title: Dihydrolipoyl dehydrogenase of Escherichia coli pyruvate dehydrogenase complex Authors: Tietzel, M. / Meyer, D. / Schroeder-Tittmann, K. / Neumann, P. / Ficner, R. / Tittmann, K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4jq9.cif.gz | 1.1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4jq9.ent.gz | 938.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4jq9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/4jq9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/4jq9 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1ojtS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 6 molecules ABCDEF
#1: Protein | Mass: 50755.352 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Gene: lpdA, lpd, BN17_45381, ECs0120, LF82_1218 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: C3TQA2, dihydrolipoyl dehydrogenase |
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-Non-polymers , 6 types, 1812 molecules
#2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Chemical | ChemComp-IMD / #5: Chemical | ChemComp-CL / #6: Chemical | ChemComp-FAD / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.06 Å3/Da / Density % sol: 59.84 % |
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Crystal grow | Temperature: 279 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 1.8-2 M ammonium sulfate, 0.1 M potassium phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.91841 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jul 19, 2012 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: MIRRORS / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91841 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.17→50 Å / Num. all: 198344 / Num. obs: 198344 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 44.356 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 19.33 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO / Packing: 0
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 1OJT Resolution: 2.17→42.519 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.03 / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.36 / Phase error: 22.22 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 33.5106 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.17→42.519 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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