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- PDB-5tou: STRUCTURE OF C-PHYCOCYANIN FROM ARCTIC PSEUDANABAENA SP. LW0831 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tou
タイトルSTRUCTURE OF C-PHYCOCYANIN FROM ARCTIC PSEUDANABAENA SP. LW0831
要素
  • Phycocyanin alpha-1 subunit
  • Phycocyanin beta-1 subunit
キーワードPHOTOSYNTHESIS / LIGHT-HARVERSTING PIGMENT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis
類似検索 - 分子機能
Phycocyanin, alpha subunit / Phycocyanin, beta subunit / Phycocyanins / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHYCOCYANOBILIN / Phycocyanin alpha chain / Phycocyanin beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudanabaena sp. lw0831 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Wang, Q.M. / Li, C.Y. / Su, H.N. / Zhang, Y.Z. / Xie, B.B.
引用ジャーナル: Biochim. Biophys. Acta / 年: 2017
タイトル: Structural insights into the cold adaptation of the photosynthetic pigment-protein C-phycocyanin from an Arctic cyanobacterium
著者: Su, H.N. / Wang, Q.M. / Li, C.Y. / Li, K. / Luo, W. / Chen, B. / Zhang, X.Y. / Qin, Q.L. / Zhou, B.C. / Chen, X.L. / Zhang, Y.Z. / Xie, B.B.
履歴
登録2016年10月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Phycocyanin alpha-1 subunit
D: Phycocyanin beta-1 subunit
A: Phycocyanin alpha-1 subunit
B: Phycocyanin beta-1 subunit
E: Phycocyanin alpha-1 subunit
F: Phycocyanin beta-1 subunit
I: Phycocyanin alpha-1 subunit
J: Phycocyanin beta-1 subunit
G: Phycocyanin alpha-1 subunit
H: Phycocyanin beta-1 subunit
K: Phycocyanin alpha-1 subunit
L: Phycocyanin beta-1 subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)221,25430
ポリマ－210,65712
非ポリマー10,59618
水30,3191683
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area59940 Å2
ΔGint-533 kcal/mol
Surface area66620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.583, 175.718, 194.823
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Phycocyanin alpha-1 subunit


分子量: 17237.242 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudanabaena sp. lw0831 (バクテリア) / 参照: UniProt: V5NXI0
#2: タンパク質
Phycocyanin beta-1 subunit


分子量: 17872.266 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudanabaena sp. lw0831 (バクテリア) / 参照: UniProt: V5NZF0
#3: 化合物
ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1683 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.2 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1M SODIUM ACETATE TRIHYDRATE (PH 5.0) AND 18%(W/V) PEG4000 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 277K
PH範囲: 5

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月1日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→50 Å / Num. obs: 142799 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 7 % / Net I/σ(I): 32.04
反射 シェル解像度: 2.04→2.11 Å / % possible all: 92.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MLPHARE位相決定
PHENIX1.6.4_486精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1HA7

1ha7


解像度: 2.04→43.93 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.08
Rfactor反射数%反射
Rfree0.207 7048 5.01 %
Rwork0.172 --
obs0.173 140745 95.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / Bsol: 32.4 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.2803 Å2-0 Å2-0 Å2
2---1.0663 Å20 Å2
3----0.214 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04→43.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14738 0 774 1683 17195
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01815817
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.76921522
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.9996100
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.2012394
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0332730
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.042-2.06540.26261830.19983963X-RAY DIFFRACTION85
2.0654-2.08970.27082130.18824030X-RAY DIFFRACTION88
2.0897-2.11520.23682220.17814144X-RAY DIFFRACTION88
2.1152-2.1420.22432400.17774122X-RAY DIFFRACTION91
2.142-2.17020.21441930.18394202X-RAY DIFFRACTION90
2.1702-2.19990.24612120.18074216X-RAY DIFFRACTION92
2.1999-2.23130.22452250.17434251X-RAY DIFFRACTION92
2.2313-2.26460.23142150.1764321X-RAY DIFFRACTION92
2.2646-2.30.23872380.17174311X-RAY DIFFRACTION94
2.3-2.33770.23372210.17194315X-RAY DIFFRACTION92
2.3377-2.3780.20612150.18044413X-RAY DIFFRACTION95
2.378-2.42130.24362310.18074354X-RAY DIFFRACTION94
2.4213-2.46780.22122300.17594452X-RAY DIFFRACTION96
2.4678-2.51820.23252210.17864442X-RAY DIFFRACTION95
2.5182-2.5730.23682670.18184429X-RAY DIFFRACTION97
2.573-2.63280.22582520.17754474X-RAY DIFFRACTION96
2.6328-2.69860.20982320.17654501X-RAY DIFFRACTION97
2.6986-2.77160.20552750.18184522X-RAY DIFFRACTION98
2.7716-2.85310.21542450.17984555X-RAY DIFFRACTION97
2.8531-2.94520.21142350.17754592X-RAY DIFFRACTION98
2.9452-3.05040.20862140.18054642X-RAY DIFFRACTION99
3.0504-3.17250.23872520.18174573X-RAY DIFFRACTION98
3.1725-3.31690.20162430.1764635X-RAY DIFFRACTION99
3.3169-3.49170.20132470.17634651X-RAY DIFFRACTION99
3.4917-3.71040.19882590.15894644X-RAY DIFFRACTION99
3.7104-3.99670.17212400.15674709X-RAY DIFFRACTION99
3.9967-4.39850.18652560.14684704X-RAY DIFFRACTION100
4.3985-5.03420.17852560.15614743X-RAY DIFFRACTION100
5.0342-6.33950.21892580.17824777X-RAY DIFFRACTION99
6.3395-43.93960.17482580.1695010X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -18.6516 Å / Origin y: -16.3828 Å / Origin z: 40.6258 Å
111213212223313233
T0.104 Å20.0065 Å2-0.0033 Å2-0.1408 Å2-0.0104 Å2--0.1453 Å2
L0.0327 °20.0448 °2-0.0152 °2-0.1587 °20.027 °2--0.152 °2
S-0.0077 Å °-0.0078 Å °-0.0005 Å °-0.016 Å °0.0078 Å °-0.0156 Å °0.0012 Å °-0.0036 Å °0.0002 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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