PDB-5tns: Crystal structure of the D129S mutant of the CFTR inhibitory fact...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5tns

タイトル

Crystal structure of the D129S mutant of the CFTR inhibitory factor Cif containing 1,2-Epoxycyclohexane

要素

CFTR inhibitory factor

キーワード

hydrolase/hydrolase inhibitor / epoxide hydrolase / hydroxyalkyl-enzyme intermediate / hydrolase-hydrolase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Hvorecny, K.L. / Madden, D.R.

資金援助

米国, 9件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI091699	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM113132	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM106394	米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)	DK097154	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM008704	米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)	ES002710	米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)	ES004699	米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)	ES024806	米国
Cystic Fibrosis Foundation	STANTO19R0	米国

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Active-Site Flexibility and Substrate Specificity in a Bacterial Virulence Factor: Crystallographic Snapshots of an Epoxide Hydrolase.
著者: Hvorecny, K.L. / Bahl, C.D. / Kitamura, S. / Lee, K.S.S. / Hammock, B.D. / Morisseau, C. / Madden, D.R.

履歴

登録	2016年10月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年10月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月23日	Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5tns.cif.gz	491.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5tns.ent.gz	404.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5tns.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5tns_validation.pdf.gz	458.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5tns_full_validation.pdf.gz	464.5 KB	表示
XML形式データ	5tns_validation.xml.gz	52.4 KB	表示
CIF形式データ	5tns_validation.cif.gz	78.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tn/5tns ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tn/5tns	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5tndC 5tneC 5tnfC 5tngC 5tnhC 5tniC 5tnjC 5tnkC 5tnlC 5tnmC 5tnnC 5tnpC 5tnqC 5tnrC 3kd2S 4dmc S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4dln-2 4dmc-2 3pi6-2 5tnl-2 5jyc-2 4dln-1 5tnd-2 5hka-1 5tne-2 3kda-1 3kda-2 6xze-d 5f11-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CFTR inhibitory factor

B: CFTR inhibitory factor

C: CFTR inhibitory factor

D: CFTR inhibitory factor

ヘテロ分子

137 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CFTR inhibitory factor

B: CFTR inhibitory factor

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: CFTR inhibitory factor

D: CFTR inhibitory factor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	167.944, 83.690, 89.175
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.31, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	CFTR inhibitory factor 分子量: 34136.691 Da / 分子数: 4 / 変異: D129S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14) (緑膿菌) 株: UCBPP-PA14 / 遺伝子: PA14_26090 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Top10 / 参照: UniProt: A0A0M3KL26, UniProt: A0A0H2ZD27*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-7EX / (1R,6S)-7-oxabicyclo[4.1.0]heptane / (1α,6α)-7-オキサビシクロ[4.1.0]ヘプタン分子量: 98.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₀O
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1083 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.77 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: sodium acetate, pH5 calcium chloride PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→46.158 Å / Num. obs: 120855 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 5.75 % / R_merge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 20.76
反射シェル	解像度: 1.75→1.8 Å / 冗長度: 5.79 % / R_merge(I) obs: 0.456 / Mean I/σ(I) obs: 5.24 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
XDS	Dec 6, 2010	データ削減
XDS	Dec 6, 2010	データスケーリング
PHENIX	1.10_2155: ???	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KD2

3kd2

解像度: 1.75→39.233 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 16.97 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1832	5930	5.02 %
R_work	0.1512	-	-
obs	0.1528	118202	96.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→39.233 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9453	0	7	1083	10543

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	9902
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.811	13476
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.009	5882
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	1390
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1774

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.7699	0.2102	298	0.1831	3626	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7699-1.7907	10000000	0	0.1837	3801	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7907-1.8126	0.2251	298	0.1747	3551	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8126-1.8355	0.2541	296	0.1829	3603	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8355-1.8596	10000000	0	0.1773	3910	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8596-1.8851	0.2371	296	0.1713	3568	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8851-1.9121	0.1749	291	0.1634	3628	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9121-1.9406	10000000	0	0.1545	3867	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9406-1.9709	0.21	292	0.1564	3574	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9709-2.0032	0.1884	293	0.1553	3620	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0032-2.0378	10000000	0	0.1588	3958	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0378-2.0748	0.1888	296	0.1604	3598	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0748-2.1147	0.2065	292	0.1548	3588	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1147-2.1579	10000000	0	0.1504	3926	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1579-2.2048	0.1932	296	0.1542	3627	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2048-2.2561	0.1795	301	0.1512	3628	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2561-2.3125	10000000	0	0.1484	3936	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3125-2.375	0.1975	296	0.1538	3655	X-RAY DIFFRACTION	97
2.375-2.4449	0.1887	296	0.156	3631	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4449-2.5238	10000000	0	0.1571	3982	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5238-2.614	0.1833	297	0.1566	3660	X-RAY DIFFRACTION	97
2.614-2.7186	0.1757	298	0.1527	3654	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7186-2.8423	10000000	0	0.1504	3988	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8423-2.9921	0.1857	297	0.1605	3678	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9921-3.1795	0.1795	298	0.1555	3680	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1795-3.4249	10000000	0	0.1453	4003	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4249-3.7693	0.1601	302	0.1376	3722	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7693-4.3141	0.1502	296	0.1314	3734	X-RAY DIFFRACTION	98
4.3141-5.433	10000000	0	0.1235	4038	X-RAY DIFFRACTION	98
5.433-39.2429	0.1758	301	0.1575	3838	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5831	-0.068	0.0626	0.6451	-0.0737	0.7362	0.015	0.0857	-0.0651	-0.0666	-0.0389	-0.0306	0.0914	0.0717	0.0245	0.0917	-0.0063	0.0022	0.1069	-0.0043	0.0685	21.8763	12.1064	-27.3289
2	1.1095	0.4046	-0.0462	1.0813	0.1235	0.4722	-0.0216	-0.007	0.168	0.0241	0.0216	-0.0301	-0.0712	0.0242	0.0009	0.0992	-0.0251	-0.0274	0.0889	0.002	0.1206	30.9378	51.8388	-15.5645
3	0.4947	-0.0402	0.0691	0.8992	-0.0411	0.6888	0.016	0.0142	0.0882	-0.0364	-0.0398	0.0856	-0.0842	-0.0291	0.0228	0.0906	-0.0114	0.0026	0.0897	-0.0042	0.107	-6.0155	44.9655	-26.9559
4	0.9812	0.2649	-0.0257	0.8152	-0.1464	0.4811	0.0228	-0.0292	-0.0508	0.0123	-0.0001	0.0868	0.0379	-0.0067	-0.0202	0.0926	-0.0274	0.0041	0.0898	0.0028	0.0626	-14.8015	5.4861	-15.6309

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 25:321 )	A	25 - 321
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN B AND RESID 25:321 )	B	25 - 321
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN C AND RESID 25:318 )	C	25 - 318
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN D AND RESID 25:321 )	D	25 - 321

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)