PDB-5tdp: Crystal structure of the Fab fragment of anti-HER2 antibody 4D5 w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5tdp

タイトル

Crystal structure of the Fab fragment of anti-HER2 antibody 4D5 with redesigned heavy and light chain interfaces

要素

anti-HER2 Fab Heavy Chain
anti-HER2 Fab Light Chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / antibody / immunoglobulin / Fab / 4D5

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.716 Å

データ登録者

Yin, Y. / Carter, P.J.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the Fab fragment of anti-HER2 antibody 4D5 with redesigned heavy and light chain interfaces
著者: Yin, Y. / Carter, P.J.

履歴

登録	2016年9月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年12月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5tdp.cif.gz	344.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5tdp.ent.gz	280.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5tdp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5tdp_validation.pdf.gz	454.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5tdp_full_validation.pdf.gz	459 KB	表示
XML形式データ	5tdp_validation.xml.gz	34.9 KB	表示
CIF形式データ	5tdp_validation.cif.gz	51.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/5tdp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/5tdp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5tdnC 5tdoC 1fveS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6bi0-2 7k8p-d 4kka-2 6n16-1 6bhz-1 4nzu-d 5l7x-d 5tdo-2 5it2-d 6pxg-4 6ug9-2 6ute-4 6mh2-1 4ncc-2 5vh3-1 1mcp-d 2y6s-1 2adi-d 1xf4-1 5tdn-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: anti-HER2 Fab Light Chain

B: anti-HER2 Fab Heavy Chain

C: anti-HER2 Fab Light Chain

D: anti-HER2 Fab Heavy Chain

ヘテロ分子

94.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: anti-HER2 Fab Light Chain

B: anti-HER2 Fab Heavy Chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: anti-HER2 Fab Light Chain

D: anti-HER2 Fab Heavy Chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.038, 79.746, 85.738
Angle α, β, γ (deg.)	113.780, 93.070, 102.410
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: 抗体	anti-HER2 Fab Light Chain 分子量: 23385.021 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	anti-HER2 Fab Heavy Chain 分子量: 23727.613 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 479 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.81 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG3,350, 0.04 M Citrate, 0.06 M BTP, pH6.4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.716→43.705 Å / Num. obs: 92819 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.084 / Net I/av σ(I): 20.618 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 1.72→1.78 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.487 / CC_1/2: 0.757 / % possible all: 94.6

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.5 Å	43.71 Å
Translation	3.5 Å	43.71 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.9_1692	精密化
PHENIX	1.9_1692	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1FVE

1fve

解像度: 1.716→43.705 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 25.82

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2516	4731	5.1 %
R_work	0.2202	-	-
obs	0.2218	92809	95.01 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 101.54 Å² / B_iso mean: 27.8452 Å² / B_iso min: 6.69 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.716→43.705 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6445	0	6	479	6930
B_iso mean	-	-	45	28.73	-
残基数	-	-	-	-	848

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6736
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.095	9174
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	1035
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1183
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.29	2412

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7157-1.7352	0.3076	121	0.2787	2410	2531	79
1.7352-1.7556	0.3196	177	0.2605	2926	3103	95
1.7556-1.777	0.2632	155	0.2604	3012	3167	95
1.777-1.7995	0.2627	155	0.2463	2857	3012	95
1.7995-1.8232	0.2962	135	0.2527	2933	3068	95
1.8232-1.8481	0.2841	169	0.2453	2976	3145	95
1.8481-1.8745	0.3119	152	0.248	2890	3042	95
1.8745-1.9025	0.2873	145	0.2331	2900	3045	94
1.9025-1.9322	0.2857	174	0.2299	2936	3110	95
1.9322-1.9639	0.2597	149	0.2277	2935	3084	94
1.9639-1.9978	0.2813	150	0.2343	2888	3038	95
1.9978-2.0341	0.2636	168	0.2269	2917	3085	94
2.0341-2.0732	0.2423	164	0.2244	2911	3075	94
2.0732-2.1156	0.2631	179	0.226	2875	3054	95
2.1156-2.1616	0.2885	139	0.2243	3016	3155	95
2.1616-2.2118	0.2562	168	0.2233	2850	3018	95
2.2118-2.2672	0.2456	141	0.2197	2991	3132	95
2.2672-2.3284	0.2765	157	0.2268	2941	3098	96
2.3284-2.397	0.2782	137	0.2336	2993	3130	96
2.397-2.4743	0.3142	158	0.2379	2954	3112	96
2.4743-2.5627	0.2948	158	0.2396	3012	3170	97
2.5627-2.6653	0.2893	179	0.2406	3017	3196	97
2.6653-2.7866	0.2975	152	0.2427	3000	3152	97
2.7866-2.9335	0.2561	138	0.2434	2992	3130	97
2.9335-3.1173	0.2854	168	0.2292	2984	3152	97
3.1173-3.3579	0.2464	172	0.2254	2971	3143	96
3.3579-3.6956	0.2232	177	0.2107	2917	3094	95
3.6956-4.23	0.2015	141	0.1931	2961	3102	95
4.23-5.3279	0.1914	174	0.1695	3075	3249	99
5.3279-43.7196	0.2061	179	0.2006	3038	3217	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4006	-0.097	-0.1054	3.5406	3.0777	5.4549	0.0688	-0.1331	0.0794	0.5167	-0.3144	0.2729	0.0909	-0.246	-0.0743	0.5029	-0.1133	0.0371	0.3091	-0.0942	0.199	45.2095	57.7806	39.0106
2	1.9413	1.0025	-1.7142	3.1951	-1.6773	4.4171	0.2319	-0.2716	-0.078	0.3447	-0.3335	-0.135	-0.32	0.3437	-0.0399	0.1844	-0.0514	-0.0229	0.2537	0.0363	0.1545	34.6821	24.4615	52.1528
3	1.9045	-0.3906	-0.023	2.7473	-0.3158	1.1956	-0.0395	-0.0584	-0.0218	0.1454	-0.0243	0.083	-0.1536	0.0484	-0.0013	0.0847	-0.0034	-0.0084	0.1016	-0.0034	0.0941	47.795	46.7686	19.1931
4	0.9373	0.2241	-0.6986	1.508	-0.676	1.2584	0.0062	-0.0713	0.0144	0.0717	0.0481	0.1302	-0.1609	-0.4827	0.03	0.1053	0.0939	0.018	0.4221	0.0231	0.1304	28.1333	26.0454	37.1218
5	1.7881	-0.5447	-0.3208	2.2551	1.3926	5.7362	-0.108	0.0238	-0.0476	0.0022	-0.0218	0.0586	0.5281	0.0767	-0.0112	0.3088	0.0207	-0.0306	0.2019	-0.014	0.1489	31.2014	27.0258	-17.4703
6	0.8806	-0.6831	0.1432	4.3408	-0.0633	2.1749	0.1301	-0.021	-0.1375	-0.3464	0.0359	0.2413	0.24	-0.0225	0.0283	0.1545	0.01	-0.0106	0.1439	0.0179	0.2391	41.6505	-2.2343	3.1428
7	1.6394	0.2921	-0.5099	2.1584	-0.5809	1.9505	-0.0435	0.0019	0.0167	-0.2157	-0.0049	0.0419	-0.0378	0.0531	0.0019	0.0805	-0.009	-0.0243	0.0904	0.0038	0.0949	29.1357	38.0088	1.7927
8	1.0668	-1.2532	-0.5148	2.0652	0.5764	0.8581	-0.055	0.0103	-0.1931	-0.0516	0.0775	-0.0514	-0.0284	0.0619	0.0068	0.1023	-0.0037	0.0265	0.1532	-0.0338	0.2597	48.5862	11.4128	9.3811

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and ((resseq 2:108))	A	2 - 108
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and ((resseq 109:214))	A	109 - 214
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and ((resseq 1:120))	B	1 - 120
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and ((resseq 121:220))	B	121 - 220
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and ((resseq 2:108))	C	2 - 108
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and ((resseq 109:214))	C	109 - 214
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'D' and ((resseq 1:120))	D	1 - 120
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and ((resseq 121:220))	D	121 - 220

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関連情報:EMDBヘッダ

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