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- PDB-5tcj: Crystal structure of tryptophan synthase from M. tuberculosis - a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tcj
タイトルCrystal structure of tryptophan synthase from M. tuberculosis - aminoacrylate and BRD4592-bound form
要素(Tryptophan synthase ...) x 2
キーワードLYASE / PLP / heterotetramer / amino acid biosynthesis / substrate channeling / allostery / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


tryptophan synthase / tryptophan synthase activity / tryptophan biosynthetic process / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tryptophan synthase, alpha chain / Tryptophan synthase, alpha chain, active site / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase alpha chain signature. / Tryptophan synthase, beta chain, conserved site / Tryptophan synthase, beta chain / Tryptophan synthase beta chain/beta chain-like / Tryptophan synthase beta chain pyridoxal-phosphate attachment site. / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme ...Tryptophan synthase, alpha chain / Tryptophan synthase, alpha chain, active site / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase alpha chain signature. / Tryptophan synthase, beta chain, conserved site / Tryptophan synthase, beta chain / Tryptophan synthase beta chain/beta chain-like / Tryptophan synthase beta chain pyridoxal-phosphate attachment site. / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-79V / : / FORMIC ACID / MALONATE ION / Chem-P1T / Tryptophan synthase beta chain / Tryptophan synthase alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Michalska, K. / Maltseva, N. / Jedrzejczak, R. / Wellington, S. / Nag, P.P. / Fisher, S.L. / Schreiber, S.L. / Hung, D.T. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, カナダ, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201200026C 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272200700058C 米国
Structure-guided Drug Discovery Coalition カナダ
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: A small-molecule allosteric inhibitor of Mycobacterium tuberculosis tryptophan synthase.
著者: Wellington, S. / Nag, P.P. / Michalska, K. / Johnston, S.E. / Jedrzejczak, R.P. / Kaushik, V.K. / Clatworthy, A.E. / Siddiqi, N. / McCarren, P. / Bajrami, B. / Maltseva, N.I. / Combs, S. / ...著者: Wellington, S. / Nag, P.P. / Michalska, K. / Johnston, S.E. / Jedrzejczak, R.P. / Kaushik, V.K. / Clatworthy, A.E. / Siddiqi, N. / McCarren, P. / Bajrami, B. / Maltseva, N.I. / Combs, S. / Fisher, S.L. / Joachimiak, A. / Schreiber, S.L. / Hung, D.T.
履歴
登録2016年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22017年8月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42022年4月13日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support ...database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tryptophan synthase alpha chain
B: Tryptophan synthase beta chain
G: Tryptophan synthase alpha chain
H: Tryptophan synthase beta chain
E: Tryptophan synthase alpha chain
F: Tryptophan synthase beta chain
C: Tryptophan synthase alpha chain
D: Tryptophan synthase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)292,67551
ポリマ－287,6568
非ポリマー5,01943
水12,971720
1
A: Tryptophan synthase alpha chain
B: Tryptophan synthase beta chain
C: Tryptophan synthase alpha chain
D: Tryptophan synthase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,31224
ポリマ－143,8284
非ポリマー2,48420
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
G: Tryptophan synthase alpha chain
H: Tryptophan synthase beta chain
E: Tryptophan synthase alpha chain
F: Tryptophan synthase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,36327
ポリマ－143,8284
非ポリマー2,53523
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)135.092, 159.875, 165.331
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Tryptophan synthase ... , 2種, 8分子 AGECBHFD

#1: タンパク質
Tryptophan synthase alpha chain


分子量: 28579.449 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: trpA, Rv1613, MTCY01B2.05 / プラスミド: pMCSG81, pMCSG81-pRSF
詳細 (発現宿主): pMCSG81 coexpresses TrpA and TrpB, pMCSG81-pRSF provides additional copy of TrpA
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold (DE3) / 参照: UniProt: P9WFY1, tryptophan synthase
#2: タンパク質
Tryptophan synthase beta chain


分子量: 43334.598 Da / 分子数: 4 / Fragment: UNP residues 13-422 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: trpB, Rv1612, MTCY01B2.04 / プラスミド: pMCSG81 / 詳細 (発現宿主): pMCSG81 coexpresses TrpA and TrpB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold (DE3) / 参照: UniProt: P9WFX9, tryptophan synthase

-
非ポリマー , 6種, 763分子

#3: 化合物
ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#4: 化合物...
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 化合物
ChemComp-P1T / 2-[({3-HYDROXY-2-METHYL-5-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]PYRIDIN-4-YL}METHYL)AMINO]ACRYLIC ACID


分子量: 318.220 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H15N2O7P
#6: 化合物
ChemComp-CS / CESIUM ION / セシウムカチオン


分子量: 132.905 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cs
#7: 化合物
ChemComp-79V / (2R,3S,4R)-3-(2'-fluoro[1,1'-biphenyl]-4-yl)-4-(hydroxymethyl)azetidine-2-carbonitrile / BRD4592


分子量: 282.312 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H15FN2O
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 720 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.37 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 8% tacsimate pH 8.0, 20% PEG3350, 10 mM BaCl2, 1 mM BRD4592, soaked with 100 mM CsCl and 50 mM L-Ser, cryo 16% ethylene glycol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月16日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 138958 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.138 / Net I/σ(I): 12.96
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0 / Mean I/σ(I) obs: 1.69 / CC1/2: 0.649 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TCF

5tcf


解像度: 2.4→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 13.496 / SU ML: 0.155 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.264 / ESU R Free: 0.197 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21074 2712 2 %RANDOM
Rwork0.18024 ---
obs0.18082 136019 99.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 41.368 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.92 Å20 Å20 Å2
2--1.48 Å20 Å2
3----2.4 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19082 0 271 720 20073
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01919824
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0218847
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2911.9626906
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9332.99943090
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.79552603
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.93722.83834
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.61152954
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2915187
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.23007
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02123090
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.024593
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5522.39110421
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5522.39110422
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.9733.58113021
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.9733.58113014
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.6582.5149403
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.652.4999357
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.1183.7213878
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.10828.76721287
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.10728.76721287
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.403→2.465 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 204 -
Rwork0.264 9628 -
obs--96.91 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0687-0.42210.77591.0680.07412.00690.09990.286-0.2448-0.0967-0.077-0.2530.17850.1929-0.02290.03820.00180.0330.23820.02520.258486.4266-12.947416.6739
21.0941-0.1048-0.47020.90390.36071.24480.0457-0.0123-0.0102-0.0058-0.0347-0.1143-0.05730.0879-0.01110.006-0.0116-0.00140.09330.04420.037451.3324-5.021328.7664
32.54790.2348-0.12621.328-0.52641.83720.0882-0.1132-0.15170.04010.01280.2917-0.0086-0.1521-0.1010.03020.03990.03750.1929-0.01890.206-18.045713.526414.9585
41.2237-0.1222-0.57320.9066-0.11741.21620.047-0.04130.0441-0.0096-0.01970.0893-0.0789-0.0937-0.02730.0086-0.0021-0.00150.074-0.02440.028616.36273.70352.4071
53.27341.4389-0.16972.19090.27052.1956-0.63590.6462-0.1827-1.05940.3575-0.33810.38590.15870.27840.8114-0.14580.2470.2801-0.07760.185941.5156-35.9993-47.3452
60.53380.0695-0.57751.1883-0.22052.1416-0.0770.0143-0.0853-0.11-0.0241-0.0420.2566-0.03180.1010.05-0.01120.01970.0413-0.02030.05231.5206-24.1047-12.745
71.9245-1.0790.06743.3599-0.65951.8334-0.0853-0.28630.06121.00130.03360.3523-0.3388-0.18450.05170.4118-0.07130.18070.1869-0.02460.17829.2832-26.882278.2469
80.53980.224-0.4240.94270.3041.8789-0.03-0.0035-0.04810.0172-0.03960.03470.0957-0.08570.06960.0105-0.0250.00190.08710.01490.038824.5043-21.994443.6858
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 267
2X-RAY DIFFRACTION2B9 - 407
3X-RAY DIFFRACTION3G9 - 267
4X-RAY DIFFRACTION4H7 - 407
5X-RAY DIFFRACTION5E9 - 265
6X-RAY DIFFRACTION6F9 - 407
7X-RAY DIFFRACTION7C8 - 266
8X-RAY DIFFRACTION8D9 - 407

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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