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- PDB-5t47: Crystal structure of the D. melanogaster eIF4E-eIF4G complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t47
タイトルCrystal structure of the D. melanogaster eIF4E-eIF4G complex
要素
  • Eukaryotic translation initiation factor 4E
  • Eukaryotic translation initiation factor 4G, isoform A
キーワードTRANSLATION / GENE REGULATION / CAP BINDING PROTEIN / 4E-BINDING PROTEIN / TRANSLATION INITIATION / eIF4F
機能・相同性
機能・相同性情報


TOR signaling pathway / Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / ISG15 antiviral mechanism / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / mTORC1-mediated signalling / Ribosomal scanning and start codon recognition / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / Translation initiation complex formation ...TOR signaling pathway / Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / ISG15 antiviral mechanism / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / mTORC1-mediated signalling / Ribosomal scanning and start codon recognition / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / Translation initiation complex formation / muscle cell postsynaptic specialization / trans-synaptic signaling / neuronal ribonucleoprotein granule / RNA metabolic process / eukaryotic initiation factor 4G binding / eukaryotic initiation factor 4E binding / regulation of translation at postsynapse, modulating synaptic transmission / RNA cap binding / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / RNA 7-methylguanosine cap binding / translational initiation / translation initiation factor activity / P-body / neuromuscular junction / mitotic cell cycle / postsynapse / nuclear body / translation / mRNA binding / RNA binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Translation initiation factor eIF4G-like, eIF4E-binding domain / Initiation factor 4G / RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e / RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e / Eukaryotic translation initiation factor 4E (eIF-4E), conserved site / Eukaryotic initiation factor 4E signature. / Translation Initiation factor eIF- 4e / Eukaryotic initiation factor 4E / eIF4-gamma/eIF5/eIF2-epsilon ...: / Translation initiation factor eIF4G-like, eIF4E-binding domain / Initiation factor 4G / RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e / RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e / Eukaryotic translation initiation factor 4E (eIF-4E), conserved site / Eukaryotic initiation factor 4E signature. / Translation Initiation factor eIF- 4e / Eukaryotic initiation factor 4E / eIF4-gamma/eIF5/eIF2-epsilon / Domain at the C-termini of GCD6, eIF-2B epsilon, eIF-4 gamma and eIF-5 / Translation Initiation factor eIF- 4e-like / W2 domain / W2 domain profile. / Initiation factor eIF-4 gamma, MA3 / MA3 domain / MI domain profile. / Domain in DAP-5, eIF4G, MA-3 and other proteins. / MIF4G domain / Middle domain of eukaryotic initiation factor 4G (eIF4G) / MIF4G-like, type 3 / Armadillo-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Eukaryotic translation initiation factor 4G1, isoform A / Eukaryotic translation initiation factor 4E1
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Gruener, S. / Peter, D. / Weber, R. / Wohlbold, L. / Chung, M.-Y. / Weichenrieder, O. / Valkov, E. / Igreja, C. / Izaurralde, E.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2016
タイトル: The Structures of eIF4E-eIF4G Complexes Reveal an Extended Interface to Regulate Translation Initiation.
著者: Gruner, S. / Peter, D. / Weber, R. / Wohlbold, L. / Chung, M.Y. / Weichenrieder, O. / Valkov, E. / Igreja, C. / Izaurralde, E.
履歴
登録2016年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月2日Group: Database references
改定 1.22016年11月16日Group: Database references
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Eukaryotic translation initiation factor 4E
B: Eukaryotic translation initiation factor 4G, isoform A
C: Eukaryotic translation initiation factor 4E
D: Eukaryotic translation initiation factor 4G, isoform A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,5036
ポリマ－57,3194
非ポリマー1842
水2,828157
1
A: Eukaryotic translation initiation factor 4E
B: Eukaryotic translation initiation factor 4G, isoform A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6592
ポリマ－28,6592
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2810 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area11390 Å2
手法PISA
2
C: Eukaryotic translation initiation factor 4E
D: Eukaryotic translation initiation factor 4G, isoform A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8444
ポリマ－28,6592
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3160 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area11380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.295, 49.714, 58.627
Angle α, β, γ (deg.)102.70, 103.94, 116.08
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 4E / eIF4E / eIF-4F 25 kDa subunit / mRNA cap-binding protein


分子量: 21249.037 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: eIF-4E, Eif4e, EIF4F, CG4035 / プラスミド: PETMCN / 詳細 (発現宿主): (PNYC) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: P48598
#2: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 4G, isoform A / Eukaryotic translation initiation factor 4G / isoform C / FI02056p / Translation initiation factor eIF4G


分子量: 7410.389 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: eIF4G, eIF-4G, eIF4G-RA, CG10811, Dmel_CG10811 / プラスミド: PETMCN / 詳細 (発現宿主): (PNEA) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: O61380
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 36 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.25 / 詳細: 0.1 M TrisHCl pH 8.25, 0.2 M MgCl2, 32% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99992 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月19日 / 詳細: DYNAMICALLY BENDABLE MIRRORS
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99992 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→41.42 Å / Num. obs: 20740 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 27.65 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rsym value: 0.121 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.609 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / CC1/2: 0.683 / Rsym value: 0.609 / % possible all: 91

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2152)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4UE8

4ue8


解像度: 2.2→41.415 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.07 / 位相誤差: 29
詳細: TORSIONAL NCS RESTRAINTS WERE APPLIED RELATING CHAINS A, B TO CHAINS C, D. HYDROGENS WERE REFINED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2338 938 4.53 %
Rwork0.2079 --
obs0.2092 20729 96.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 42.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→41.415 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3616 0 12 157 3785
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023705
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4685007
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1192230
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04533
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002642
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.3160.32731400.29752727X-RAY DIFFRACTION93
2.316-2.46110.29361320.26432821X-RAY DIFFRACTION97
2.4611-2.65110.27011150.23642849X-RAY DIFFRACTION97
2.6511-2.91780.26281290.21682874X-RAY DIFFRACTION97
2.9178-3.33990.26161250.20892855X-RAY DIFFRACTION98
3.3399-4.20720.18051310.17072863X-RAY DIFFRACTION97
4.2072-41.42240.21361660.18912802X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.17570.37610.5822.9369-0.88993.5965-0.0965-0.69540.080.27940.32710.38380.3077-0.7630.77710.6752-0.0658-0.0210.2361-0.08660.06462.6111-26.497214.028
21.13680.63560.54171.903-0.05862.6750.00380.09270.0468-0.1397-0.0527-0.022-0.0621-0.0606-0.01750.54270.0077-0.05860.18070.00240.19169.2822-23.62942.5827
31.36990.311-1.32130.1385-0.53292.24120.1680.69810.2573-0.5861-0.1412-0.1464-0.1220.08460.06940.91160.0509-0.02460.3680.11830.225814.9704-10.5539-3.1447
43.59560.1032-1.09393.5368-0.04534.26550.21190.0532-1.0542-0.1649-0.0601-0.12390.9790.5661-0.13270.74450.1599-0.140.2891-0.01950.44622.8369-42.884214.8789
52.2223-0.1280.50761.45480.22222.19360.25640.2833-0.43540.0961-0.05280.12260.9902-0.3348-0.03510.7876-0.0368-0.07370.32470.00740.29995.7035-38.249910.9099
62.354-1.18170.82131.7252-1.22192.64550.1031-0.2319-0.439-0.12290.1330.23070.62940.0110.02940.5821-0.0224-0.09950.1979-0.00750.223815.0519-30.79732.9401
71.9709-0.3834-0.29212.11990.25622.38650.121-0.13940.01280.04510.0204-0.32610.17630.4859-0.07660.45550.0201-0.07770.2237-0.03480.193225.1121-22.28534.0054
82.05131.60711.00571.48030.09462.6150.10950.50540.33270.0825-0.2896-0.67480.09761.2493-0.21060.53960.00910.01940.7097-0.00250.532638.718-22.577328.8892
92.34680.5020.96271.64642.20013.0351-0.01670.02430.4484-0.1096-0.13730.1369-0.422-0.02370.11210.68190.0949-0.06620.1938-0.02480.26475.7751-5.753425.7719
101.6131-0.39240.31751.37480.14961.69830.1432-0.25420.0352-0.106-0.11590.12240.19590.03630.02650.4921-0.0302-0.03240.1851-0.03150.1788.2145-17.051835.9008
111.9483-0.4949-0.60171.76551.17483.93380.031-0.39560.33580.6766-0.05790.06040.0057-0.3498-0.03270.8017-0.0849-0.02190.3983-0.05230.34669.0874-26.425849.1555
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 67 through 101 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 102 through 230 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 231 through 248 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 603 through 617 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 618 through 648 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 67 through 101 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 102 through 230)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 231 through 248 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 601 through 617 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 618 through 643 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 644 through 656 )

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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