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- PDB-5t46: Crystal structure of the human eIF4E-eIF4G complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t46
タイトルCrystal structure of the human eIF4E-eIF4G complex
要素
  • Eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 1
  • Eukaryotic translation initiation factor 4E
キーワードTRANSLATION / GENE REGULATION / CAP BINDING PROTEIN / 4E-BINDING PROTEIN / TRANSLATION INITIATION / eIF4F
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of eukaryotic translation initiation factor 4F complex assembly / : / positive regulation of translation in response to endoplasmic reticulum stress / macromolecule biosynthetic process / cap-dependent translational initiation / eukaryotic initiation factor 4G binding / Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / eukaryotic initiation factor 4E binding / regulation of cellular response to stress / regulation of translation at postsynapse, modulating synaptic transmission ...positive regulation of eukaryotic translation initiation factor 4F complex assembly / : / positive regulation of translation in response to endoplasmic reticulum stress / macromolecule biosynthetic process / cap-dependent translational initiation / eukaryotic initiation factor 4G binding / Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / eukaryotic initiation factor 4E binding / regulation of cellular response to stress / regulation of translation at postsynapse, modulating synaptic transmission / RNA cap binding / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / chromatoid body / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / translation factor activity, RNA binding / mRNA cap binding / Deadenylation of mRNA / miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation / negative regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / RNA 7-methylguanosine cap binding / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / RISC complex / regulation of translational initiation / positive regulation of protein localization to cell periphery / stem cell population maintenance / Ribosomal scanning and start codon recognition / Translation initiation complex formation / mTORC1-mediated signalling / positive regulation of protein metabolic process / regulation of presynapse assembly / negative regulation of neuron differentiation / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / behavioral fear response / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / cellular response to nutrient levels / mRNA export from nucleus / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / energy homeostasis / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / translation initiation factor binding / translation initiation factor activity / positive regulation of neuron differentiation / positive regulation of mitotic cell cycle / negative regulation of autophagy / cellular response to dexamethasone stimulus / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / translational initiation / lung development / P-body / ISG15 antiviral mechanism / G1/S transition of mitotic cell cycle / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / neuron differentiation / cytoplasmic stress granule / regulation of translation / positive regulation of cell growth / DNA-binding transcription factor binding / molecular adaptor activity / response to ethanol / postsynapse / negative regulation of translation / nuclear speck / ribosome / translation / mRNA binding / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / enzyme binding / RNA binding / extracellular exosome / ATP binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e / RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e / Eukaryotic translation initiation factor 4E (eIF-4E), conserved site / Eukaryotic initiation factor 4E signature. / Translation Initiation factor eIF- 4e / Eukaryotic initiation factor 4E / eIF4-gamma/eIF5/eIF2-epsilon / Domain at the C-termini of GCD6, eIF-2B epsilon, eIF-4 gamma and eIF-5 / Translation Initiation factor eIF- 4e-like / W2 domain ...RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e / RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e / Eukaryotic translation initiation factor 4E (eIF-4E), conserved site / Eukaryotic initiation factor 4E signature. / Translation Initiation factor eIF- 4e / Eukaryotic initiation factor 4E / eIF4-gamma/eIF5/eIF2-epsilon / Domain at the C-termini of GCD6, eIF-2B epsilon, eIF-4 gamma and eIF-5 / Translation Initiation factor eIF- 4e-like / W2 domain / W2 domain profile. / Initiation factor eIF-4 gamma, MA3 / MA3 domain / MI domain profile. / Domain in DAP-5, eIF4G, MA-3 and other proteins. / MIF4G domain / Middle domain of eukaryotic initiation factor 4G (eIF4G) / MIF4G-like, type 3 / Armadillo-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Eukaryotic translation initiation factor 4E / Eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.53 Å
データ登録者Gruener, S. / Peter, D. / Weber, R. / Wohlbold, L. / Chung, M.-Y. / Weichenrieder, O. / Valkov, E. / Igreja, C. / Izaurralde, E.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2016
タイトル: The Structures of eIF4E-eIF4G Complexes Reveal an Extended Interface to Regulate Translation Initiation.
著者: Gruner, S. / Peter, D. / Weber, R. / Wohlbold, L. / Chung, M.Y. / Weichenrieder, O. / Valkov, E. / Igreja, C. / Izaurralde, E.
履歴
登録2016年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月2日Group: Database references
改定 1.22016年11月16日Group: Database references
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Eukaryotic translation initiation factor 4E
B: Eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 1
C: Eukaryotic translation initiation factor 4E
D: Eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,48113
ポリマ－66,7604
非ポリマー1,7219
水6,233346
1
A: Eukaryotic translation initiation factor 4E
B: Eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1025
ポリマ－33,3802
非ポリマー7223
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3750 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area11120 Å2
手法PISA
2
C: Eukaryotic translation initiation factor 4E
D: Eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3788
ポリマ－33,3802
非ポリマー9996
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4660 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area11200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.250, 70.347, 79.913
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.37, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 4E / eIF4E / eIF-4F 25 kDa subunit / mRNA cap-binding protein


分子量: 25503.711 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF4E, EIF4EL1, EIF4F / プラスミド: PETMCN / 詳細 (発現宿主): (PNYC) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: P06730
#2: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 1 / eIF-4G1 / p220


分子量: 7876.048 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF4G1, EIF4F, EIF4G, EIF4GI / プラスミド: PETMCN / 詳細 (発現宿主): (PNEA) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: Q04637
#3: 化合物 ChemComp-MGP / 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / 7-メチル-7-アゾニアグアノシン5′-三りん酸


分子量: 538.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H19N5O14P3
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.25 / 詳細: 0.1 M Hepes pH 7.25, 25% w/v PEG 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月23日 / 詳細: DYNAMICALLY BENDABLE MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.53→44.65 Å / Num. obs: 74453 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 25 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 1.53→1.56 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 1.013 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / CC1/2: 0.565 / Rsym value: 1.013 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2152)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4TPW

4tpw


解像度: 1.53→44.647 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.01 / 位相誤差: 16.69
詳細: TORSIONAL NCS RESTRAINTS WERE APPLIED RELATING CHAINS A, B TO CHAINS C, D. INDIVIDUAL B-FACTORS WERE REFINED ANISOTROPICALLY EXCEPT FOR WATER ATOMS. HYDROGENS WERE REFINED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1619 3681 4.95 %
Rwork0.1389 70730 -
obs0.1401 74411 99.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 34.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.53→44.647 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3521 0 108 346 3975
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083782
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9185128
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5912270
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053527
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006670
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.53-1.55020.29641430.25652716X-RAY DIFFRACTION100
1.5502-1.57140.2641440.23632716X-RAY DIFFRACTION100
1.5714-1.59380.24611290.21752684X-RAY DIFFRACTION100
1.5938-1.61760.2681300.21332755X-RAY DIFFRACTION100
1.6176-1.64290.21291370.20242712X-RAY DIFFRACTION100
1.6429-1.66990.23791510.18832710X-RAY DIFFRACTION100
1.6699-1.69860.23171470.18272704X-RAY DIFFRACTION100
1.6986-1.72950.22721680.17852645X-RAY DIFFRACTION100
1.7295-1.76280.21371330.17342733X-RAY DIFFRACTION100
1.7628-1.79880.20331450.15422711X-RAY DIFFRACTION100
1.7988-1.83790.17011450.13772675X-RAY DIFFRACTION100
1.8379-1.88070.16151490.12232746X-RAY DIFFRACTION100
1.8807-1.92770.17171370.11892675X-RAY DIFFRACTION100
1.9277-1.97980.15141720.11642714X-RAY DIFFRACTION100
1.9798-2.03810.13081310.112718X-RAY DIFFRACTION100
2.0381-2.10380.14941650.11472675X-RAY DIFFRACTION100
2.1038-2.1790.15181270.1212740X-RAY DIFFRACTION100
2.179-2.26630.15241170.11782774X-RAY DIFFRACTION100
2.2663-2.36940.1511360.11472715X-RAY DIFFRACTION100
2.3694-2.49430.15581440.12762720X-RAY DIFFRACTION100
2.4943-2.65060.16271420.12432733X-RAY DIFFRACTION100
2.6506-2.85520.16621470.13862707X-RAY DIFFRACTION100
2.8552-3.14250.15061250.13282749X-RAY DIFFRACTION100
3.1425-3.5970.15171340.13322744X-RAY DIFFRACTION100
3.597-4.53120.13481410.13242752X-RAY DIFFRACTION100
4.5312-44.66590.17081420.1662807X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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