[日本語] English
万見
- PDB-5vpk: CRYSTAL STRUCTURE OF MITE ALLERGEN DER F 1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vpk
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF MITE ALLERGEN DER F 1
要素Der f 1 variant
キーワードHYDROLASE / ALLERGY / DUST MITES / ALLERGEN / GLYCOPROTEIN / PROTEASE / SECRETED / THIOL PROTEASE / ZYMOGEN
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidase 1 (mite) / cysteine-type peptidase activity / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal ...Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine proteinases / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Der f 1 variant / Peptidase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Dermatophagoides farinae (ダニ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Chruszcz, M. / Chapman, M.D. / Vailes, L.D. / Pomes, A. / Minor, W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Crystal Structures Of Mite Allergens Der F 1 And Der P 1 Reveal Differences In Surface-Exposed Residues That May Influence Antibody Binding
著者: Chruszcz, M. / Chapman, M.D. / Vailes, L.D. / Stura, E.A. / Saint-Remy, J.M. / Minor, W. / Pomes, A.
履歴
登録2017年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2017年5月24日ID: 3D6S
改定 1.02017年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22022年4月13日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / chem_comp ...audit_author / chem_comp / citation_author / database_2
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._audit_author.identifier_ORCID / _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Der f 1 variant
B: Der f 1 variant
C: Der f 1 variant
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,53211
ポリマ－75,5133
非ポリマー1,0198
水5,206289
1
A: Der f 1 variant
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8727
ポリマ－25,1711
非ポリマー7026
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Der f 1 variant
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4883
ポリマ－25,1711
非ポリマー3172
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Der f 1 variant


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1711
ポリマ－25,1711
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.159, 91.159, 77.743
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: MET / End label comp-ID: MET / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 223 / Label seq-ID: 1 - 223

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13BB
23CC

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Der f 1 variant


分子量: 25170.975 Da / 分子数: 3 / 断片: SEQUENCE DATABASE RESIDUES 99-321 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dermatophagoides farinae (ダニ) / 参照: UniProt: I2CMD3, UniProt: P16311*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 289 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 10.5
詳細: PROTEIN SOLUTION: 0.5M L-ARGININE, 0.12M LI SULFATE, 0.004M EDTA, 0.1M CAPS, PH 10.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K, PH 10.50
PH範囲: 10.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月24日
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.597
11-H, K, -L20.403
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 40623 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 34.2
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.591 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / CC1/2: 0.86 / Rsym value: 0.591 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0158精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2AS8

2as8


解像度: 2→36.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.048 / ESU R Free: 0.036 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21008 1958 4.9 %RANDOM
Rwork0.17954 ---
obs0.18099 37834 92.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 40.655 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--15.61 Å2-0 Å2-0 Å2
2---15.61 Å2-0 Å2
3---31.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→36.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5238 0 58 289 5585
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0195463
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.024629
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4211.9317463
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.872310730
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3495672
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.79123.869274
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.29715807
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7061537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2799
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.026227
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0090.021160
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.91.642687
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.91.642687
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4422.4533359
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.4422.4533360
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1891.8462776
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.1141.8112761
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.8032.6714081
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.5919.8776168
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.5919.8816169
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A145380.09
12B145380.09
21A140560.08
22C140560.08
31B139780.09
32C139780.09
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 167 -
Rwork0.206 2978 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2877-0.29040.27032.15570.02221.349-0.0055-0.0658-0.0668-0.07750.07840.0991-0.12840.0052-0.0730.25610.03250.0410.19780.02670.0171-23.1971.3866.819
23.0374-0.02040.15041.35610.00491.22410.0149-0.4093-0.1658-0.01560.04540.0579-0.0190.0127-0.06020.20290.0206-0.01250.32080.00470.0154-44.26322.44-6.532
33.67671.1214-1.39342.0239-2.01883.643-0.08610.67410.3328-0.08130.38390.2235-0.0513-0.4039-0.29770.260.0068-0.02090.44990.10010.0444-61.794-14.8450.047
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 223
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 223
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 223

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る