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- PDB-4msk: Co-crystal structure of tankyrase 1 with compound 34 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4msk
タイトルCo-crystal structure of tankyrase 1 with compound 34
要素Tankyrase-1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / tankyrase / PARP / inhibitor / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of telomeric DNA binding / negative regulation of maintenance of mitotic sister chromatid cohesion, telomeric / regulation of telomere maintenance via telomerase / XAV939 stabilizes AXIN / NAD+ ADP-ribosyltransferase / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein localization to chromosome, telomeric region / protein poly-ADP-ribosylation / pericentriolar material ...negative regulation of telomeric DNA binding / negative regulation of maintenance of mitotic sister chromatid cohesion, telomeric / regulation of telomere maintenance via telomerase / XAV939 stabilizes AXIN / NAD+ ADP-ribosyltransferase / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein localization to chromosome, telomeric region / protein poly-ADP-ribosylation / pericentriolar material / mitotic spindle pole / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / positive regulation of telomere capping / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / NAD+ ADP-ribosyltransferase activity / spindle assembly / mRNA transport / nuclear pore / positive regulation of telomerase activity / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / nucleotidyltransferase activity / mitotic spindle organization / TCF dependent signaling in response to WNT / Degradation of AXIN / peptidyl-threonine phosphorylation / Wnt signaling pathway / Regulation of PTEN stability and activity / protein polyubiquitination / protein transport / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / histone binding / peptidyl-serine phosphorylation / nuclear membrane / chromosome, telomeric region / nuclear body / Ub-specific processing proteases / cell division / Golgi membrane / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 - #10 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 / Ankyrin repeats (many copies) / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain ...Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 - #10 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 / Ankyrin repeats (many copies) / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2C8 / Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Huang, X.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Development of novel dual binders as potent, selective, and orally bioavailable tankyrase inhibitors.
著者: Hua, Z. / Bregman, H. / Buchanan, J.L. / Chakka, N. / Guzman-Perez, A. / Gunaydin, H. / Huang, X. / Gu, Y. / Berry, V. / Liu, J. / Teffera, Y. / Huang, L. / Egge, B. / Emkey, R. / Mullady, E. ...著者: Hua, Z. / Bregman, H. / Buchanan, J.L. / Chakka, N. / Guzman-Perez, A. / Gunaydin, H. / Huang, X. / Gu, Y. / Berry, V. / Liu, J. / Teffera, Y. / Huang, L. / Egge, B. / Emkey, R. / Mullady, E.L. / Schneider, S. / Andrews, P.S. / Acquaviva, L. / Dovey, J. / Mishra, A. / Newcomb, J. / Saffran, D. / Serafino, R. / Strathdee, C.A. / Turci, S.M. / Stanton, M. / Wilson, C. / Dimauro, E.F.
履歴
登録2013年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月5日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tankyrase-1
B: Tankyrase-1
C: Tankyrase-1
D: Tankyrase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,17712
ポリマ－100,1654
非ポリマー2,0118
水4,197233
1
A: Tankyrase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5443
ポリマ－25,0411
非ポリマー5032
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tankyrase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5443
ポリマ－25,0411
非ポリマー5032
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Tankyrase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5443
ポリマ－25,0411
非ポリマー5032
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Tankyrase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5443
ポリマ－25,0411
非ポリマー5032
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)158.226, 79.781, 85.536
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
Tankyrase-1 / TANK1 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 5 / ARTD5 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5A / ...TANK1 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 5 / ARTD5 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5A / TNKS-1 / TRF1-interacting ankyrin-related ADP-ribose polymerase / Tankyrase I


分子量: 25041.332 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1104-1314 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNKS, PARP5A, PARPL, TIN1, TINF1, TNKS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O95271, NAD+ ADP-ribosyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-2C8 / 3-(4-oxo-3,4-dihydroquinazolin-2-yl)-N-[4-(5-phenyl-1,3,4-oxadiazol-2-yl)phenyl]propanamide / N-[4-(5-フェニル-1,3,4-オキサジアゾ-ル-2-イル)フェニル]-3-(4-オキソ-3,4-ジヒドロキナゾ(以下略)


分子量: 437.450 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H19N5O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.36 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.2/0.4 M Di Ammonium Tartrate, 12.5-25% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K, pH 5.0
PH範囲: 5.0-6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 48456 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.285 2459 RANDOM
Rwork0.239 --
obs-48645 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6662 0 136 233 7031

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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