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Yorodumi- PDB-6v6n: The crystal structure of a class D beta-lactamase from Agrobacter... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6v6n | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | The crystal structure of a class D beta-lactamase from Agrobacterium tumefaciens | ||||||
Components | Beta-lactamase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Class D beta-lactamase / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationpenicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Rhizobium radiobacter (Agrobacterium genomosp. 4) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.85 Å | ||||||
Authors | Tan, K. / Wu, R. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
| Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: To Be PublishedTitle: The crystal structure of a class D beta-lactamase from Agrobacterium tumefaciens Authors: Tan, K. / Wu, R. / Endres, M. / Joachimiak, A. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6v6n.cif.gz | 489 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6v6n.ent.gz | 335.5 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6v6n.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6v6n_validation.pdf.gz | 487.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6v6n_full_validation.pdf.gz | 493.3 KB | Display | |
| Data in XML | 6v6n_validation.xml.gz | 40.1 KB | Display | |
| Data in CIF | 6v6n_validation.cif.gz | 56 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v6/6v6n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v6/6v6n | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Similar structure data | |
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| Other databases |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 27798.094 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: D195Y Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rhizobium radiobacter (Agrobacterium genomosp. 4)Gene: oxa, AtA6_05530, BV900_07365 / Plasmid: pMCSG53 / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Chemical | ChemComp-FMT / | #4: Chemical | ChemComp-SO4 / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.85 Å3/Da / Density % sol: 56.86 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 / Details: 0.15 M DL-Malic acid, 20% (w/v) PEG3350 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97918 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 25, 2018 |
| Radiation | Monochromator: Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.85→46 Å / Num. obs: 102685 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 27.72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rpim(I) all: 0.075 / Rrim(I) all: 0.133 / Χ2: 1.895 / Net I/σ(I): 15.92 |
| Reflection shell | Resolution: 1.85→1.87 Å / Redundancy: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.507 / Mean I/σ(I) obs: 1.34 / Num. unique obs: 3294 / CC1/2: 0.642 / Rpim(I) all: 0.369 / Rrim(I) all: 0.632 / Χ2: 0.365 / % possible all: 93.9 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.85→45.92 Å / SU ML: 0.2533 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / Phase error: 28.0628
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 37.76 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85→45.92 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Rhizobium radiobacter (Agrobacterium genomosp. 4)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
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