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Yorodumi- PDB-6v6n: The crystal structure of a class D beta-lactamase from Agrobacter... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6v6n | ||||||
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Title | The crystal structure of a class D beta-lactamase from Agrobacterium tumefaciens | ||||||
Components | Beta-lactamase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Class D beta-lactamase / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
Function / homology | Function and homology information penicillin binding / antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Rhizobium radiobacter (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.85 Å | ||||||
Authors | Tan, K. / Wu, R. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: The crystal structure of a class D beta-lactamase from Agrobacterium tumefaciens Authors: Tan, K. / Wu, R. / Endres, M. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6v6n.cif.gz | 484.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6v6n.ent.gz | 343.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6v6n.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v6/6v6n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v6/6v6n | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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-Links
-Assembly
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-Components
#1: Protein | Mass: 27798.094 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: D195Y Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rhizobium radiobacter (bacteria) / Gene: oxa, AtA6_05530, BV900_07365 / Plasmid: pMCSG53 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21-Gold(DE3) / References: UniProt: A0A1V2APZ1, beta-lactamase #2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Chemical | ChemComp-FMT / | #4: Chemical | ChemComp-SO4 / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.85 Å3/Da / Density % sol: 56.86 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 / Details: 0.15 M DL-Malic acid, 20% (w/v) PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97918 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 25, 2018 |
Radiation | Monochromator: Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.85→46 Å / Num. obs: 102685 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 27.72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rpim(I) all: 0.075 / Rrim(I) all: 0.133 / Χ2: 1.895 / Net I/σ(I): 15.92 |
Reflection shell | Resolution: 1.85→1.87 Å / Redundancy: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.507 / Mean I/σ(I) obs: 1.34 / Num. unique obs: 3294 / CC1/2: 0.642 / Rpim(I) all: 0.369 / Rrim(I) all: 0.632 / Χ2: 0.365 / % possible all: 93.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.85→45.92 Å / SU ML: 0.2533 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / Phase error: 28.0628
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 37.76 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85→45.92 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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