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- PDB-5od6: Crystal structure of Smad3-MH1 bound to the GGCGC site. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5od6
タイトルCrystal structure of Smad3-MH1 bound to the GGCGC site.
要素
  • DNA (5'-D(P*TP*GP*CP*AP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*CP*TP*GP*CP*A)-3')
  • Mothers against decapentaplegic homolog 3
キーワードTRANSCRIPTION / Smads / transcription factor / DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear mineralocorticoid receptor binding / negative regulation of lung blood pressure / regulation of miRNA transcription / positive regulation of transforming growth factor beta3 production / paraxial mesoderm morphogenesis / transdifferentiation / sterol response element binding / SMAD4 MH2 Domain Mutants in Cancer / SMAD2/3 MH2 Domain Mutants in Cancer / nodal signaling pathway ...nuclear mineralocorticoid receptor binding / negative regulation of lung blood pressure / regulation of miRNA transcription / positive regulation of transforming growth factor beta3 production / paraxial mesoderm morphogenesis / transdifferentiation / sterol response element binding / SMAD4 MH2 Domain Mutants in Cancer / SMAD2/3 MH2 Domain Mutants in Cancer / nodal signaling pathway / SMAD protein complex / immune system development / regulation of striated muscle tissue development / heteromeric SMAD protein complex / co-SMAD binding / regulation of transforming growth factor beta2 production / RUNX3 regulates BCL2L11 (BIM) transcription / bHLH transcription factor binding / positive regulation of chondrocyte differentiation / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / DEAD/H-box RNA helicase binding / regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / pericardium development / negative regulation of osteoblast proliferation / trophoblast cell migration / SMAD2/3 Phosphorylation Motif Mutants in Cancer / TGFBR1 KD Mutants in Cancer / nuclear glucocorticoid receptor binding / embryonic foregut morphogenesis / negative regulation of wound healing / lens fiber cell differentiation / positive regulation of extracellular matrix assembly / transforming growth factor beta receptor binding / Germ layer formation at gastrulation / primary miRNA processing / Formation of definitive endoderm / SMAD protein signal transduction / embryonic pattern specification / endoderm development / Signaling by Activin / activin receptor signaling pathway / Formation of axial mesoderm / cell-cell junction organization / Signaling by NODAL / regulation of epithelial cell proliferation / embryonic cranial skeleton morphogenesis / I-SMAD binding / Interleukin-37 signaling / TGFBR3 expression / response to angiotensin / nuclear inner membrane / signal transduction involved in regulation of gene expression / positive regulation of positive chemotaxis / osteoblast development / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / negative regulation of ossification / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / ureteric bud development / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / negative regulation of cytosolic calcium ion concentration / DNA-binding transcription repressor activity / adrenal gland development / negative regulation of fat cell differentiation / heart looping / R-SMAD binding / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / thyroid gland development / mesoderm formation / positive regulation of SMAD protein signal transduction / negative regulation of cell differentiation / positive regulation of focal adhesion assembly / anatomical structure morphogenesis / negative regulation of osteoblast differentiation / developmental growth / regulation of immune response / positive regulation of bone mineralization / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / somitogenesis / phosphatase binding / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / collagen binding / extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of stress fiber assembly / JNK cascade / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / negative regulation of miRNA transcription / release of cytochrome c from mitochondria / T cell activation / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / regulation of mitochondrial membrane potential / liver development / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / ubiquitin binding / positive regulation of interleukin-1 beta production / transcription corepressor binding / nuclear receptor binding / apoptotic signaling pathway
類似検索 - 分子機能
Smad3; Chain A / SMAD MH1 domain / MAD homology, MH1 / Dwarfin / SMAD MH1 domain superfamily / MAD homology domain 1 (MH1) profile. / SMAD domain, Dwarfin-type / MH2 domain / MAD homology domain 2 (MH2) profile. / Domain B in dwarfin family proteins ...Smad3; Chain A / SMAD MH1 domain / MAD homology, MH1 / Dwarfin / SMAD MH1 domain superfamily / MAD homology domain 1 (MH1) profile. / SMAD domain, Dwarfin-type / MH2 domain / MAD homology domain 2 (MH2) profile. / Domain B in dwarfin family proteins / MAD homology 1, Dwarfin-type / MH1 domain / Domain A in dwarfin family proteins / SMAD-like domain superfamily / SMAD/FHA domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Mothers against decapentaplegic homolog 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kaczmarska, Z. / Marquez, J.A. / Macias, M.J.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Structural basis for genome wide recognition of 5-bp GC motifs by SMAD transcription factors.
著者: Martin-Malpartida, P. / Batet, M. / Kaczmarska, Z. / Freier, R. / Gomes, T. / Aragon, E. / Zou, Y. / Wang, Q. / Xi, Q. / Ruiz, L. / Vea, A. / Marquez, J.A. / Massague, J. / Macias, M.J.
履歴
登録2017年7月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mothers against decapentaplegic homolog 3
B: Mothers against decapentaplegic homolog 3
C: DNA (5'-D(P*TP*GP*CP*AP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*CP*TP*GP*CP*A)-3')
D: DNA (5'-D(P*TP*GP*CP*AP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*CP*TP*GP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0046
ポリマ－39,8744
非ポリマー1312
水3,009167
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS, monomeric, gel filtration, monomeric
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3220 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area19490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.200, 105.200, 73.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-111-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Mothers against decapentaplegic homolog 3 / hMAD-3 / JV15-2 / SMAD family member 3 / hSMAD3


分子量: 15036.612 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: GAMIVKRLLGWKKGEQNGQEEKWCEKAVKSLVKKLKKTGQLDELEKAITTQNVNTKCITIPRSLDGRLQVSHRKGLPHVIYCRLWRWPDLHSHHELRAMELCEFAFNMKKDEVCVNPYHYQRVETPVL
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMAD3, MADH3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P84022
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*GP*CP*AP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*CP*TP*GP*CP*A)-3')


分子量: 4900.167 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.59 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M lithium acetate, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 26771 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 48.92 Å2 / Net I/σ(I): 7.51
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 2.95 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 1917 / Rrim(I) all: 1.119 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ozj

1ozj


解像度: 2→27.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.168 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.172 / SU Rfree Blow DPI: 0.155 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.153
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 1318 4.92 %RANDOM
Rwork0.195 ---
obs0.197 26771 98.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 61.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.2463 Å20 Å20 Å2
2---3.2463 Å20 Å2
3---6.4926 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.27 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→27.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2034 656 2 167 2859
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012814HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg13935HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d911SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes49HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes326HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2814HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.22
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.12
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion357SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3041SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2→2.08 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 127 4.17 %
Rwork0.215 2916 -
all0.216 3043 -
obs--99.48 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2146-0.26580.32491.34720.4582.6716-0.0217-0.0162-0.09270.0497-0.0530.10810.3235-0.1240.0747-0.0399-0.00360.0646-0.08330.0373-0.0722135.7877.289212.4902
23.5755-0.29680.5025.01122.24315.8874-0.1370.07810.11160.1846-0.1043-0.0872-0.3320.21560.2413-0.12540.0319-0.039-0.15780.0632-0.1763161.73822.321624.7771
36.68584.21891.56026.1781-0.03726.2599-0.195-0.13720.3590.22990.10450.41720.3132-0.35320.0905-0.21050.050.0732-0.12050.0163-0.2539131.4891.0453-7.4582
44.6188-0.56544.67387.94140.07857.4539-0.21330.3545-0.0541-0.29260.07030.18850.4515-0.4380.143-0.2262-0.03910.0534-0.1332-0.0202-0.3145131.2890.359-9.7831
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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