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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5mey | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Smad4-MH1 bound to the GGCGC site. | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Smads / transcription factor (転写因子) / DNA complex (デオキシリボ核酸) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of cell proliferation involved in heart valve morphogenesis / female gonad morphogenesis / negative regulation of cardiac myofibril assembly / metanephric mesenchyme morphogenesis / nephrogenic mesenchyme morphogenesis / somite rostral/caudal axis specification / atrioventricular valve formation / activin responsive factor complex / mesendoderm development / SMAD4 MH2 Domain Mutants in Cancer ...positive regulation of cell proliferation involved in heart valve morphogenesis / female gonad morphogenesis / negative regulation of cardiac myofibril assembly / metanephric mesenchyme morphogenesis / nephrogenic mesenchyme morphogenesis / somite rostral/caudal axis specification / atrioventricular valve formation / activin responsive factor complex / mesendoderm development / SMAD4 MH2 Domain Mutants in Cancer / SMAD2/3 MH2 Domain Mutants in Cancer / positive regulation of luteinizing hormone secretion / regulation of hair follicle development / sebaceous gland development / SMAD protein complex / formation of anatomical boundary / epithelial cell migration / RUNX2 regulates bone development / positive regulation of follicle-stimulating hormone secretion / heteromeric SMAD protein complex / regulation of transforming growth factor beta2 production / neuron fate specification / epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / filamin binding / RUNX3 regulates BCL2L11 (BIM) transcription / endocardial cell differentiation / response to transforming growth factor beta / secondary palate development / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy / brainstem development / left ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / atrioventricular canal development / cardiac conduction system development / positive regulation of extracellular matrix assembly / Germ layer formation at gastrulation / sulfate binding / Signaling by BMP / Formation of definitive endoderm / cellular response to BMP stimulus / activin receptor signaling pathway / outflow tract septum morphogenesis / Signaling by Activin / SMAD protein signal transduction / Signaling by NODAL / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / gastrulation with mouth forming second / I-SMAD binding / neural crest cell differentiation / endothelial cell activation / Cardiogenesis / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / branching involved in ureteric bud morphogenesis / embryonic digit morphogenesis / adrenal gland development / ventricular septum morphogenesis / interleukin-6-mediated signaling pathway / seminiferous tubule development / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / single fertilization / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / R-SMAD binding / uterus development / positive regulation of SMAD protein signal transduction / developmental growth / anatomical structure morphogenesis / 上皮間葉転換 / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / BMP signaling pathway / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / ovarian follicle development / extrinsic apoptotic signaling pathway / ERK1 and ERK2 cascade / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / collagen binding / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / transcription corepressor binding / 軸索誘導 / cellular response to glucose stimulus / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / transcription coactivator binding / negative regulation of protein catabolic process / negative regulation of cell growth / osteoblast differentiation / positive regulation of miRNA transcription / 精子形成 / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cell population proliferation / in utero embryonic development / intracellular iron ion homeostasis / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å | ||||||
データ登録者 | Kaczmarska, Z. / Freier, R. / Marquez, J.A. / Macias, M.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017 タイトル: Structural basis for genome wide recognition of 5-bp GC motifs by SMAD transcription factors. 著者: Martin-Malpartida, P. / Batet, M. / Kaczmarska, Z. / Freier, R. / Gomes, T. / Aragon, E. / Zou, Y. / Wang, Q. / Xi, Q. / Ruiz, L. / Vea, A. / Marquez, J.A. / Massague, J. / Macias, M.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5mey.cif.gz | 70.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5mey.ent.gz | 45.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5mey.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/5mey ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/5mey | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 2分子 AD
#1: タンパク質 | 分子量: 15237.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMAD4, DPC4, MADH4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13485 |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 5518.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) |
-非ポリマー , 6種, 105分子
#3: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||||||
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#4: 化合物 | ChemComp-CL / #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-EDO / | #7: 化合物 | ChemComp-CA / #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.28 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 17% PEG 6000, 0.2 M NaCl, 0.1 M sodium acetate pH 5.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.9763 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 14710 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 45.27 Å2 / Rrim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 17.72 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.06 Å / 冗長度: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.59 / Num. measured obs: 1329 / Num. unique all: 221 / CC1/2: 0.653 / Rrim(I) all: 1.183 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3qsv 解像度: 2.05→29.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.183 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.196 / SU Rfree Blow DPI: 0.158 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.152
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原子変位パラメータ | Biso mean: 49.65 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.34 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.05→29.7 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.05→2.21 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -15.9256 Å / Origin y: -16.9063 Å / Origin z: 3.2349 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: { A|* } |