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- PDB-6was: Structure of D19.PA8 Fab in complex with 1FD6 16055 V1V2 scaffold -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6was
タイトルStructure of D19.PA8 Fab in complex with 1FD6 16055 V1V2 scaffold
要素
  • 1FD6 16055 V1V2 scaffold
  • GN1_PA8 Fab Heavy chain
  • GN1_PA8 Fab Light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fragment binding antigen and peptide complex
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.904 Å
データ登録者Singh, S. / Liban, T.J. / Pancera, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01AI104722 米国
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2021
タイトル: Structurally related but genetically unrelated antibody lineages converge on an immunodominant HIV-1 Env neutralizing determinant following trimer immunization.
著者: Aljedani, S.S. / Liban, T.J. / Tran, K. / Phad, G. / Singh, S. / Dubrovskaya, V. / Pushparaj, P. / Martinez-Murillo, P. / Rodarte, J. / Mileant, A. / Mangala Prasad, V. / Kinzelman, R. / ...著者: Aljedani, S.S. / Liban, T.J. / Tran, K. / Phad, G. / Singh, S. / Dubrovskaya, V. / Pushparaj, P. / Martinez-Murillo, P. / Rodarte, J. / Mileant, A. / Mangala Prasad, V. / Kinzelman, R. / O'Dell, S. / Mascola, J.R. / Lee, K.K. / Karlsson Hedestam, G.B. / Wyatt, R.T. / Pancera, M.
履歴
登録2020年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02022年4月27日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / citation / citation_author / database_2 / database_PDB_caveat / entity / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / software / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_distant_solvent_atoms.neighbor_macromolecule_distance / _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_number_reflns_R_free / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_R_free / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_hist.pdbx_number_residues_total / _software.version / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle
解説: Model orientation/position / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: GN1_PA8 Fab Heavy chain
L: GN1_PA8 Fab Light chain
A: GN1_PA8 Fab Heavy chain
B: GN1_PA8 Fab Light chain
G: 1FD6 16055 V1V2 scaffold
J: 1FD6 16055 V1V2 scaffold
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,53910
ポリマ－128,6546
非ポリマー8854
水17,186954
1
H: GN1_PA8 Fab Heavy chain
L: GN1_PA8 Fab Light chain
J: 1FD6 16055 V1V2 scaffold
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,7705
ポリマ－64,3273
非ポリマー4422
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: GN1_PA8 Fab Heavy chain
B: GN1_PA8 Fab Light chain
G: 1FD6 16055 V1V2 scaffold
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,7705
ポリマ－64,3273
非ポリマー4422
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.697, 97.893, 168.015
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 GN1_PA8 Fab Heavy chain


分子量: 23814.629 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 GN1_PA8 Fab Light chain


分子量: 23409.592 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 1FD6 16055 V1V2 scaffold


分子量: 17102.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 954 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris, pH 8.5, 18% PEG6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2018年8月1日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 84549 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.991 / Net I/σ(I): 18.4
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / Num. unique obs: 1342 / CC1/2: 0.563

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDb entry 5TDN

5tdn


解像度: 1.904→31.903 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2205 1999 2.37 %
Rwork0.1892 82524 -
obs0.19 84523 88.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 130.09 Å2 / Biso mean: 32.4123 Å2 / Biso min: 6.88 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.904→31.903 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7311 0 84 954 8349
Biso mean--46.31 34.5 -
残基数----967
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0047629
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.85610430
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521187
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041336
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6814585
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.904-1.95150.2744460.2771189429
1.9515-2.00420.3447740.2483303646
2.0042-2.06320.26341190.229493175
2.0632-2.12980.26571470.226607392
2.1298-2.20590.27791570.2194649098
2.2059-2.29410.21281600.2128658499
2.2941-2.39850.27571600.2149659799
2.3985-2.52490.25331590.2132660999
2.5249-2.68310.23121600.2072660299
2.6831-2.89010.22941610.20436653100
2.8901-3.18070.22721620.19866679100
3.1807-3.64040.2141620.17336713100
3.6404-4.58430.18761650.14786765100
4.5843-31.9030.16841670.1626689898

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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