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- PDB-6xlz: Structure of NHP D11A.F2 Fab in complex with 16055 V2b peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xlz
タイトルStructure of NHP D11A.F2 Fab in complex with 16055 V2b peptide
要素
  • Envelope glycoprotein gp160
  • NHP_D11A.F2_Fab_Heavy_chain
  • NHP_D11A.F2_Fab_Light_Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab / HIV / V1V2 / Complex / Antibody / Scaffold / ANTIVIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(R,R)-2,3-BUTANEDIOL / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Macaca mulatta (アカゲザル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Aljedani, S. / Rodarte, J. / Liban, T. / Pancera, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01 AI104722 米国
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2021
タイトル: Structurally related but genetically unrelated antibody lineages converge on an immunodominant HIV-1 Env neutralizing determinant following trimer immunization.
著者: Aljedani, S.S. / Liban, T.J. / Tran, K. / Phad, G. / Singh, S. / Dubrovskaya, V. / Pushparaj, P. / Martinez-Murillo, P. / Rodarte, J. / Mileant, A. / Mangala Prasad, V. / Kinzelman, R. / ...著者: Aljedani, S.S. / Liban, T.J. / Tran, K. / Phad, G. / Singh, S. / Dubrovskaya, V. / Pushparaj, P. / Martinez-Murillo, P. / Rodarte, J. / Mileant, A. / Mangala Prasad, V. / Kinzelman, R. / O'Dell, S. / Mascola, J.R. / Lee, K.K. / Karlsson Hedestam, G.B. / Wyatt, R.T. / Pancera, M.
履歴
登録2020年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
P: Envelope glycoprotein gp160
H: NHP_D11A.F2_Fab_Heavy_chain
L: NHP_D11A.F2_Fab_Light_Chain
A: Envelope glycoprotein gp160
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,92419
ポリマ－52,5244
非ポリマー1,39915
水1,72996
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8870 Å2
ΔGint-144 kcal/mol
Surface area20370 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)130.393, 130.393, 170.898
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)

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要素

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タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 PA

#1: タンパク質・ペプチド Envelope glycoprotein gp160 / Env polyprotein


分子量: 2738.150 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: env / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0B5KUY7

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 NHP_D11A.F2_Fab_Heavy_chain


分子量: 23688.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 NHP_D11A.F2_Fab_Light_Chain


分子量: 23359.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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非ポリマー , 3種, 111分子

#4: 化合物
ChemComp-BU3 / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL / (2R,3R)-2,3-ブタンジオ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M Tris pH 8.0 and 1.32 M K/Na Tartrate at 8.5 mg/ml. Cryo protection: 15% 2R3R Butanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9774 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→94.22 Å / Num. obs: 21787 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 22.2 % / Biso Wilson estimate: 52.57 Å2 / CC1/2: 0.72 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 22.2 % / Num. unique obs: 3087 / CC1/2: 0.744 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
Cootモデル構築
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4RFO

4rfo


解像度: 2.8→94.21 Å / SU ML: 0.2148 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.6378
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2548 1092 5.03 %
Rwork0.2163 20608 -
obs0.2183 21700 99.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 57.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→94.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3428 0 82 96 3606
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00983577
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.95834888
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0523564
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063614
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.43961250
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.930.28381250.2682506X-RAY DIFFRACTION99.1
2.93-3.080.34141420.26172506X-RAY DIFFRACTION99.59
3.08-3.270.27091150.24862539X-RAY DIFFRACTION99.48
3.28-3.530.25221350.21262556X-RAY DIFFRACTION99.96
3.53-3.880.28281320.22462547X-RAY DIFFRACTION99.55
3.88-4.440.23871500.18832547X-RAY DIFFRACTION99.7
4.45-5.60.20721450.17512616X-RAY DIFFRACTION100
5.6-94.210.26081480.23382791X-RAY DIFFRACTION99.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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