[日本語] English
万見
- PDB-4dtg: Hemostatic effect of a monoclonal antibody mAb 2021 blocking the ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dtg
タイトルHemostatic effect of a monoclonal antibody mAb 2021 blocking the interaction between FXa and TFPI in a rabbit hemophilia model
要素
  • (Humanized recombinant FAB fragment, FAB 2021, of a murine antibody, ...) x 2
  • Tissue factor pathway inhibitor
キーワードBLOOD CLOTTING INHIBITOR/IMMUNE SYSTEM / antibody / inhibitor / blood coagulation / BLOOD CLOTTING INHIBITOR-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / endopeptidase inhibitor activity / cellular response to steroid hormone stimulus / negative regulation of blood coagulation / side of membrane / serine-type endopeptidase inhibitor activity / caveola / blood coagulation / cell surface / endoplasmic reticulum ...Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / endopeptidase inhibitor activity / cellular response to steroid hormone stimulus / negative regulation of blood coagulation / side of membrane / serine-type endopeptidase inhibitor activity / caveola / blood coagulation / cell surface / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tissue factor pathway inhibitor-like / : / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Factor Xa Inhibitor / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. ...Tissue factor pathway inhibitor-like / : / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Factor Xa Inhibitor / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / Tissue factor pathway inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Svensson, L.A. / Breinholt, J. / Krogh, B.O. / Hilden, I.
引用ジャーナル: Blood / 年: 2012
タイトル: Hemostatic effect of a monoclonal antibody mAb 2021 blocking the interaction between FXa and TFPI in a rabbit hemophilia model.
著者: Hilden, I. / Lauritzen, B. / Sorensen, B.B. / Clausen, J.T. / Jespersgaard, C. / Krogh, B.O. / Bowler, A.N. / Breinholt, J. / Gruhler, A. / Svensson, L.A. / Petersen, H.H. / Petersen, L.C. / ...著者: Hilden, I. / Lauritzen, B. / Sorensen, B.B. / Clausen, J.T. / Jespersgaard, C. / Krogh, B.O. / Bowler, A.N. / Breinholt, J. / Gruhler, A. / Svensson, L.A. / Petersen, H.H. / Petersen, L.C. / Balling, K.W. / Hansen, L. / Hermit, M.B. / Egebjerg, T. / Friederichsen, B. / Ezban, M. / Bjorn, S.E.
履歴
登録2012年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月25日Group: Database references
改定 1.22018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
L: Humanized recombinant FAB fragment, FAB 2021, of a murine antibody, light chain
H: Humanized recombinant FAB fragment, FAB 2021, of a murine antibody, heavy chain
K: Tissue factor pathway inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,09917
ポリマ－55,5323
非ポリマー1,56714
水7,206400
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.010, 125.640, 202.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 K

#3: タンパク質 Tissue factor pathway inhibitor / TFPI / Extrinsic pathway inhibitor / EPI / Lipoprotein-associated coagulation inhibitor / LACI


分子量: 7939.789 Da / 分子数: 1
Fragment: Kunitz-type protease inhibitor domain 2 (UNP residues 119-178)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LACI, TFPI, TFPI (AMINO ACIDS 119-178), TFPI1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10646

-
抗体 , 2種, 2分子 LH

#1: 抗体 Humanized recombinant FAB fragment, FAB 2021, of a murine antibody, light chain


分子量: 23846.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Human embryonic kidney 293 cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Humanized recombinant FAB fragment, FAB 2021, of a murine antibody, heavy chain


分子量: 23745.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Human embryonic kidney 293 cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 414分子

#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 400 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.94 %
結晶化温度: 295 K / pH: 6
詳細: 0.05 M CALCIUM CHLORIDE, 0.1 M MES, pH 6.0, 45% V/V PEG 200, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月11日 / 詳細: TWO MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR, SI(111). THE FIRST CRYSTAL IS WATER COOLED.
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 76298 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 36 Å2 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0119精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1F8T AND 1TFX

1f8t

1tfx


解像度: 1.8→29.102 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 3.451 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.022 / ESU R Free: 0.023 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23637 3817 5 %RANDOM
Rwork0.19585 ---
obs0.19789 72056 98.43 %-
all-77080 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.23 Å20 Å20 Å2
2--17.85 Å20 Å2
3----5.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.102 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3827 0 102 400 4329
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0290.024128
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.6821.9755601
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7235535
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.73724.54174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.30615672
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.3571520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1910.2622
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0170.0213088
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 263 -
Rwork0.264 5130 -
obs--95.08 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.45630.64220.12040.96690.43421.50290.0492-0.2056-0.0410.1464-0.04980.02940.07140.05950.00050.28640.02320.01010.04280.04590.208317.47645.60716.936
21.29980.3342-0.00791.0415-0.17841.2521-0.0002-0.29080.00730.11990.01390.1196-0.027-0.1756-0.01370.40710.00620.01560.20860.1120.31712.17638.58349.595
33.20320.0810.4972.0402-0.63543.7253-0.04460.49860.1167-0.13140.0120.0163-0.040.07510.03260.247-0.00290.01670.07770.02130.199914.94848.541-7.876
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1L1 - 113
2X-RAY DIFFRACTION1H1 - 122
3X-RAY DIFFRACTION2L114 - 219
4X-RAY DIFFRACTION2H123 - 221
5X-RAY DIFFRACTION3K2 - 61

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る