+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4f3f | |||||||||
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Title | Crystal Structure of Msln7-64 MORAb-009 FAB complex | |||||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / Antibody Fab / Recognize mesothelin / mesothelin | |||||||||
Function / homology | Function and homology information Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / side of membrane / cell-matrix adhesion / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / cell adhesion / endoplasmic reticulum lumen / cell surface / Golgi apparatus / extracellular region ...Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / side of membrane / cell-matrix adhesion / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / cell adhesion / endoplasmic reticulum lumen / cell surface / Golgi apparatus / extracellular region / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.65 Å | |||||||||
Authors | Xia, D. / Pastan, I. / Ma, J. / Tang, W.K. / Esser, L. | |||||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2012 Title: Recognition of mesothelin by the therapeutic antibody MORAb-009: structural and mechanistic insights. Authors: Ma, J. / Tang, W.K. / Esser, L. / Pastan, I. / Xia, D. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4f3f.cif.gz | 280.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4f3f.ent.gz | 232.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4f3f.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4f3f_validation.pdf.gz | 447.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4f3f_full_validation.pdf.gz | 453.7 KB | Display | |
Data in XML | 4f3f_validation.xml.gz | 20.7 KB | Display | |
Data in CIF | 4f3f_validation.cif.gz | 28.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/4f3f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/4f3f | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4f33SC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 23243.682 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Production host: Escherichia coli (E. coli) |
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#2: Antibody | Mass: 24422.314 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Production host: Escherichia coli (E. coli) |
#3: Protein | Mass: 8053.213 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: MSLN, MPF / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q13421 |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.48 Å3/Da / Density % sol: 72.52 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.6 Details: 0.1 M Trisodium citrate pH 5.6, 17% Polyethylene glycol 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 8, 2011 / Details: Mirrors |
Radiation | Monochromator: Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.61→50 Å / Num. all: 29927 / Num. obs: 29264 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
Reflection shell | Resolution: 2.61→2.7 Å / Redundancy: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.76 / Num. unique all: 2373 / Rsym value: 0.101 / % possible all: 80 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 4F33, Difference Fourier revealed MSLN7-64 Resolution: 2.65→34.076 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 0.66 / Phase error: 22.36 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 1.2 Å / VDW probe radii: 1.3 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 21.96 Å2 / ksol: 0.317 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.65→34.076 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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