PDB-5o0r: Deglycosylated Nogo Receptor with native disulfide structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5o0r

タイトル

Deglycosylated Nogo Receptor with native disulfide structure

要素

Reticulon-4 receptor

キーワード

SIGNALING PROTEIN / nervous system / signaling / leucine-rich repeat domain / disulfide structure

機能・相同性

機能・相同性情報

neuronal signal transduction / ganglioside GM1 binding / chondroitin sulfate binding / neuregulin receptor activity / negative regulation of axon regeneration / ganglioside GT1b binding / negative regulation of axon extension / corpus callosum development / regulation of synapse assembly / positive regulation of Rho protein signal transduction ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Pronker, M.F. / Janssen, B.J.C.

資金援助

オランダ, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2017
タイトル: Nogo Receptor crystal structures with a native disulfide pattern suggest a novel mode of self-interaction.
著者: Pronker, M.F. / Tas, R.P. / Vlieg, H.C. / Janssen, B.J.C.

履歴

登録	2017年5月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年11月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb5o0r.ent.gz	197.3 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5o0r_validation.pdf.gz	478.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5o0r_full_validation.pdf.gz	484.7 KB	表示
XML形式データ	5o0r_validation.xml.gz	22.2 KB	表示
CIF形式データ	5o0r_validation.cif.gz	29.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o0/5o0r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o0/5o0r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5o0kC 5o0lC 5o0mC 5o0nC 5o0oC 5o0pC 5o0qC 1oznS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1xnk-3 3d4k-1 5tg3-d 1cjp-d 1ona-d 3m4f-d 1val-d 4mye-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (5) #248 - 2020年8月フィトスルホカイン受容体 (Phytosulfokine Receptor) 類似性 (5) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (2) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (5)
#248 - 2020年8月
フィトスルホカイン受容体 (Phytosulfokine Receptor)
類似性 (5)
#68 - 2005年8月
神経栄養因子 (Neurotrophins)
類似性 (2)
#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (2)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Reticulon-4 receptor

B: Reticulon-4 receptor

ヘテロ分子

75.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS, Small angle X-ray scattering suggests self-association that could represent dimerization on the cell surface

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.728, 111.654, 114.835
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

Reticulon-4 receptor / Nogo receptor / NgR / Nogo-66 receptor / Nogo66 receptor-1 / NgR1

分子量: 37109.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rtn4r, Ngr1, Nogor / プラスミド: pUPE107.03 / Cell (発現宿主): HEK293 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 器官 (発現宿主): KIDNEY / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / Variant (発現宿主): GntI-/- / 参照: UniProt: Q99PI8

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 化合物

ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル

分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃

#4: 化合物

ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド

分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.53 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 1.8 M NaH2PO4/K2HPO4 pH 5.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→46.73 Å / Num. obs: 21264 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.981 / R_sym value: 0.213 / Net I/σ(I): 3.8
反射シェル	解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / CC_1/2: 0.663 / R_sym value: 0.811 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1OZN

1ozn

解像度: 2.5→43.105 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.2 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3026	983	4.64 %
R_work	0.2522	-	-
obs	0.2546	21186	98.44 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→43.105 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4505	0	85	29	4619

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	4714
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.547	6427
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.2	2829
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	728
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	835

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5001-2.6319	0.3741	127	0.3219	2886	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6319-2.7968	0.4153	133	0.3285	2865	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7968-3.0127	0.3494	150	0.3194	2849	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0127-3.3157	0.3992	152	0.3154	2845	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3157-3.7953	0.2603	118	0.2396	2832	X-RAY DIFFRACTION	96
3.7953-4.7807	0.2498	142	0.1932	2881	X-RAY DIFFRACTION	97
4.7807-43.1117	0.265	161	0.2262	3045	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.427	2.713	0.4164	4.0823	0.2044	1.8115	-0.5095	0.8385	-1.345	-0.3548	-0.031	-0.2531	0.5532	-0.1085	0.3752	0.6823	-0.5188	0.1238	0.5005	-0.282	0.9743	4.2254	59.1824	49.3532
2	4.6786	-0.051	-1.4784	4.1116	2.2434	5.1348	0.0441	1.0514	-0.564	-0.0993	-0.1892	0.4759	0.3173	-0.2581	0.0912	0.3832	-0.0474	-0.0315	0.4736	-0.0955	0.3285	13.0499	60.3928	42.7441
3	6.5242	-4.0922	0.0394	6.0271	-0.7749	3.613	0.0323	0.5216	-0.3102	-0.3023	-0.1476	0.4805	0.0397	-0.2599	0.0656	0.4962	-0.1442	-0.0432	0.3593	-0.0425	0.2434	22.0741	69.2794	38.7362
4	8.2425	-4.2113	-0.9454	7.329	2.05	2.4328	-0.0199	0.778	-0.177	-0.1419	-0.5934	0.124	-0.068	0.1781	0.4011	0.4566	-0.0862	0.0107	0.3313	-0.0271	0.2419	26.7476	79.6262	38.3242
5	7.3689	-2.3632	-1.4987	4.8779	0.8857	8.09	0.0822	0.4465	0.1672	-0.0516	-0.1072	-0.0508	0.3864	-0.5295	-0.1389	0.3093	-0.0471	-0.0531	0.1853	0.0381	0.2022	30.2128	84.8824	42.9393
6	4.8148	1.5311	1.4101	2.466	-0.6599	4.9617	0.2738	0.0251	0.1902	-0.3754	-0.0349	-0.0173	0.1495	-0.0108	-0.2446	0.3615	0.0399	0.0299	0.156	-0.0119	0.2125	36.9337	92.8878	47.5345
7	6.0493	-2.636	-0.1487	4.7261	1.4949	3.3271	0.6108	0	-0.0054	-0.0886	-0.5629	0.0574	0.1857	0.1311	-0.0548	0.3808	-0.0216	-0.0198	0.1915	0.0192	0.3014	43.0872	98.7509	53.9967
8	3.4026	-1.8711	1.154	5.5128	-1.7017	7.7437	-0.507	0.1843	0.6247	0.0317	-0.1535	-0.798	-0.839	0.5738	0.4984	0.4699	-0.1096	-0.1481	0.3983	0.0273	0.5236	52.2279	99.2576	54.5634
9	6.3201	3.1155	0.6317	8.1702	0.3721	1.9647	-0.18	0.3708	-0.8046	0.072	0.3414	-1.135	0.7279	0.4045	-0.1268	0.928	0.1529	0.1017	0.409	0.0569	0.5592	57.4544	57.5411	11.6124
10	7.4185	2.3544	-0.1923	6.8308	-1.9556	4.4592	0.1157	-0.4885	-0.5004	-0.3459	-0.4406	-0.6409	0.3067	0.1044	0.2562	0.3486	0.1286	-0.0048	0.2563	0.0206	0.2498	50.8768	65.2895	17.6133
11	7.1706	0.8085	-1.3448	4.0047	0.0301	2.7078	0.2711	-0.2592	-0.0591	0.3857	-0.2801	-0.0858	-0.3763	0.1457	-0.0254	0.5426	0.1214	-0.001	0.3012	0.0742	0.3307	43.4012	74.7132	20.9637
12	6.4212	1.8807	-2.0788	2.8963	-0.8209	4.3353	0.4387	-0.1979	-0.7724	0.8586	-0.2131	0.174	-0.3385	-0.3702	-0.1687	0.4554	0.1804	0.0107	0.4787	0.1177	0.3978	37.8353	80.5035	17.6031
13	9.5479	1.826	1.5256	6.6575	0.9304	7.4704	-0.4101	0.1276	0.6412	0.9696	0.4525	0.3056	-0.313	-0.4752	0.0021	0.5761	0.18	0.0367	0.2642	0.0662	0.2268	39.9838	82.4948	13.6838
14	6.2759	-0.4183	0.586	7.4228	-1.7518	6.3385	-0.0946	-0.1788	0.221	0.7865	0.5126	0.0743	-0.5876	-0.6954	-0.3842	0.5426	0.0484	-0.0493	0.3154	0.0654	0.2756	33.3983	91.6404	12.0519
15	4.996	-1.8839	0.8895	7.0312	-0.603	8.5722	-0.3383	0.1332	0.3003	0.4767	0.7764	2.0187	0.169	-0.4844	-0.3293	0.3543	0.0308	0.1065	0.3492	0.1806	0.5972	21.9127	98.004	5.3659
16	3.1919	-2.1676	-0.8563	4.985	-0.0413	3.0945	-0.0778	0.3382	0.6021	-0.7597	-0.3331	1.6077	-0.1654	-0.6702	-0.0064	0.5654	0.1874	-0.3715	0.3259	-0.0064	1.2408	18.7719	97.4991	-0.0461

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 26 through 39 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 40 through 87 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 88 through 146 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 147 through 175 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 176 through 213 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 214 through 265 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 266 through 290 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 291 through 336 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 26 through 57 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 58 through 116 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 117 through 156 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 157 through 175 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 176 through 189 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 190 through 256 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 257 through 277 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 278 through 335 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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