PDB-5o0p: Deglycosylated Nogo Receptor with native disulfide structure 6

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5o0p

タイトル

Deglycosylated Nogo Receptor with native disulfide structure 6

要素

Reticulon-4 receptor

キーワード

SIGNALING PROTEIN / nervous system / signaling / leucine-rich repeat domain / disulfide structure

機能・相同性

機能・相同性情報

neuronal signal transduction / ganglioside GM1 binding / chondroitin sulfate binding / neuregulin receptor activity / negative regulation of axon regeneration / ganglioside GT1b binding / negative regulation of axon extension / corpus callosum development / regulation of synapse assembly / positive regulation of Rho protein signal transduction ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Pronker, M.F. / Janssen, B.J.C.

資金援助

オランダ, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2017
タイトル: Nogo Receptor crystal structures with a native disulfide pattern suggest a novel mode of self-interaction.
著者: Pronker, M.F. / Tas, R.P. / Vlieg, H.C. / Janssen, B.J.C.

履歴

登録	2017年5月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年10月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_id_CSD ..._citation.country / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2018年1月24日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.4	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.5	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.6	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5o0p_validation.pdf.gz	476.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5o0p_full_validation.pdf.gz	479.4 KB	表示
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CIF形式データ	5o0p_validation.cif.gz	38.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o0/5o0p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o0/5o0p	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5o0kC 5o0lC 5o0mC 5o0nC 5o0oC 5o0qC 5o0rC 1oznS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5o0q-3 5o0q-4 5o0k-2 5o0q-2 1p8t-d 5o0m-1 5o0q-1 5o0k-1 4ej1-2 5o0m-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (5) #248 - 2020年8月フィトスルホカイン受容体 (Phytosulfokine Receptor) 類似性 (5) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (2) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (5)
#248 - 2020年8月
フィトスルホカイン受容体 (Phytosulfokine Receptor)
類似性 (5)
#68 - 2005年8月
神経栄養因子 (Neurotrophins)
類似性 (2)
#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (2)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Reticulon-4 receptor

B: Reticulon-4 receptor

ヘテロ分子

75.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Reticulon-4 receptor

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: SAXS, Evidence for this mode of dimerization in solution was seen in SAXS experiments
37.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Reticulon-4 receptor

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	153.208, 46.891, 121.795
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 123.65, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-404- NA
2	1	B-611- HOH

#1: タンパク質

Reticulon-4 receptor / Nogo receptor / NgR / Nogo-66 receptor / Nogo66 receptor-1 / NgR1

分子量: 37109.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rtn4r, Ngr1, Nogor / プラスミド: pUPE107.03
詳細 (発現宿主): secretion signal peptide, C-terminal His6
Cell (発現宿主): HEK293 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 GntI- / 器官 (発現宿主): KIDNEY / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q99PI8

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 化合物

ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL

分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃

#4: 化合物

ChemComp-NA / SODIUM ION

分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.82 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.05 M citric acid, 0.05 M Bis-Tris propane pH 5.0, 16 % (w/v) PEG3350 PH範囲: 5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→44.08 Å / Num. obs: 48789 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 0.998 / R_rim(I) all: 0.109 / Net I/σ(I): 8.5
反射シェル	解像度: 1.92→1.97 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / CC_1/2: 0.593 / R_rim(I) all: 1.329 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1OZN

1ozn

解像度: 2→43.525 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.77 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2127	2341	4.8 %
R_work	0.1842	-	-
obs	0.1856	48741	99.12 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→43.525 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4590	0	109	253	4952

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4839
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.211	6601
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.894	1802
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	750
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	857

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.0408	0.3399	134	0.3238	2730	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0408-2.0852	0.3344	161	0.3068	2628	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0852-2.1337	0.3541	147	0.2889	2717	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1337-2.1871	0.2784	153	0.2722	2655	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1871-2.2462	0.3314	136	0.2493	2724	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2462-2.3123	0.2563	113	0.2395	2715	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3123-2.3869	0.254	141	0.2267	2719	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3869-2.4722	0.2705	118	0.2214	2789	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4722-2.5712	0.2401	128	0.2052	2696	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5712-2.6882	0.2406	131	0.1919	2729	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6882-2.8299	0.2204	140	0.1918	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8299-3.0072	0.2437	136	0.2018	2744	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0072-3.2393	0.2169	127	0.1946	2737	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2393-3.5651	0.2218	141	0.1747	2736	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5651-4.0807	0.1676	153	0.1415	2737	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0807-5.14	0.1499	136	0.1341	2750	X-RAY DIFFRACTION	98
5.14-43.5357	0.1744	146	0.1585	2864	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.3725	0.8681	3.1008	2.1621	2.2251	7.5071	0.1514	0.1119	0.1198	-0.2725	-0.3015	0.1327	-0.2231	-0.617	0.2573	0.3297	0.0439	-0.0277	0.3704	0.0097	0.2032	70.1961	47.6147	24.3315
2	5.0146	-1.9303	0.9208	4.7958	-0.7179	3.617	0.1248	0.3504	-0.0426	-0.4535	-0.1541	-0.2179	0.3112	0.0704	0.0294	0.3074	-0.0003	0.0121	0.2612	0.0181	0.1495	82.1691	39.364	25.8427
3	4.2249	0.483	1.0373	6.9504	-1.6249	5.5612	-0.0328	0.3498	-0.0389	-0.5462	-0.1219	-0.3006	0.4369	0.4626	0.1297	0.2777	0.0563	0.0372	0.2476	0.0204	0.1804	91.4038	27.7567	37.2598
4	5.5358	1.0625	0.2102	8.5643	-0.9199	5.8146	-0.1218	-0.0228	-0.0517	0.0658	-0.0449	-0.7072	0.2799	0.6943	0.1731	0.2719	0.0686	-0.0029	0.3387	0.0614	0.1736	95.7945	21.9614	49.9415
5	3.9442	1.4186	0.6755	8.6118	1.0225	6.6642	0.2085	-0.2452	-0.4492	0.0332	-0.1349	-0.4132	0.4092	0.2341	-0.04	0.2807	0.0501	0.0185	0.2816	0.0545	0.2063	93.1102	12.5826	57.3768
6	7.1443	-0.52	0.1932	6.7265	-0.1944	5.2376	0.0921	-0.0026	-1.0668	0.146	0.046	-1.0322	0.8009	0.3273	-0.1353	0.5659	0.049	-0.0858	0.4326	0.0584	0.5323	94.4253	4.0648	59.2557
7	5.0538	-2.1992	0.4364	6.425	-1.3907	5.1029	0.1839	0.2805	0.6756	-0.2512	-0.1662	-0.4437	-0.1113	0.8124	-0.0231	0.1805	-0.0403	0.0485	0.4406	0.0076	0.3478	142.1564	36.3649	-6.5601
8	3.6547	0.4171	-0.6562	3.0783	-0.8742	4.6929	0.0071	-0.1494	0.1479	0.1031	0.0316	-0.2336	0.1074	0.5992	-0.0523	0.1527	0.0159	-0.028	0.3386	-0.0497	0.2312	137.4676	25.8957	4.8593
9	4.5616	1.6141	-1.1963	7.1773	0.9429	4.1132	0.0662	-0.2679	0.0189	0.346	0.0011	-0.0126	0.06	0.1401	-0.0864	0.1688	0.0392	-0.0413	0.2858	-0.0151	0.2218	125.896	17.4166	10.9301
10	4.9819	2.7804	-0.1719	7.381	1.8117	5.8304	0.1415	-0.597	-0.0905	0.557	-0.0608	0.0434	0.1975	0.1547	-0.095	0.1596	0.0243	-0.0341	0.3457	0.0066	0.2295	117.6423	11.1685	14.5802
11	2.1048	0.4538	1.8835	9.3922	0.1145	8.5462	0.1113	-0.2549	0.0081	0.5523	-0.2414	0.7436	-0.3189	-0.913	-0.0835	0.2305	0.0086	0.0443	0.4401	-0.0104	0.4353	110.5659	15.2971	14.5822
12	6.3184	-0.0387	-0.2517	7.2788	1.7629	3.2018	0.0764	-0.3285	-0.0344	0.252	-0.0327	0.0904	0.2908	-0.2703	-0.0675	0.1911	-0.0212	-0.0484	0.2699	0.0227	0.2086	107.8985	3.1153	11.762
13	5.3178	-0.6222	-0.5024	6.7655	-1.8234	8.0645	-0.0298	-0.8021	-0.6992	1.2385	0.0878	-0.4277	0.6025	0.3592	-0.0029	0.5357	-0.0502	-0.1176	0.5279	0.0581	0.4239	106.5438	-5.6459	14.2545

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 26 through 57 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 58 through 136 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 137 through 213 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 214 through 256 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 257 through 290 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 291 through 336 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 25 through 83 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 84 through 156 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 157 through 213 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 214 through 242 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 243 through 256 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 257 through 290 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 291 through 338 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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