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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5o0r | ||||||
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Title | Deglycosylated Nogo Receptor with native disulfide structure | ||||||
![]() | Reticulon-4 receptor | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / nervous system / signaling / leucine-rich repeat domain / disulfide structure | ||||||
Function / homology | ![]() Roundabout binding / neuronal signal transduction / ganglioside GM1 binding / chondroitin sulfate binding / neuregulin receptor activity / ganglioside GT1b binding / negative regulation of axon regeneration / negative regulation of axon extension / corpus callosum development / negative chemotaxis ...Roundabout binding / neuronal signal transduction / ganglioside GM1 binding / chondroitin sulfate binding / neuregulin receptor activity / ganglioside GT1b binding / negative regulation of axon regeneration / negative regulation of axon extension / corpus callosum development / negative chemotaxis / positive regulation of Rho protein signal transduction / axonal growth cone / axonogenesis / positive regulation of GTPase activity / dendritic shaft / axon guidance / presynapse / negative regulation of neuron projection development / signaling receptor activity / heparin binding / growth cone / perikaryon / cell surface receptor signaling pathway / neuron projection / membrane raft / external side of plasma membrane / neuronal cell body / glutamatergic synapse / protein-containing complex binding / cell surface / endoplasmic reticulum / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pronker, M.F. / Janssen, B.J.C. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Nogo Receptor crystal structures with a native disulfide pattern suggest a novel mode of self-interaction. Authors: Pronker, M.F. / Tas, R.P. / Vlieg, H.C. / Janssen, B.J.C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 242.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 197.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 478.6 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 484.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 22.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 29.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5o0kC ![]() 5o0lC ![]() 5o0mC ![]() 5o0nC ![]() 5o0oC ![]() 5o0pC ![]() 5o0qC ![]() 1oznS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 37109.387 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Sugar | ChemComp-NAG / #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.18 Å3/Da / Density % sol: 43.53 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5 / Details: 1.8 M NaH2PO4/K2HPO4 pH 5.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Feb 26, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→46.73 Å / Num. obs: 21264 / % possible obs: 98.8 % / Redundancy: 3.4 % / CC1/2: 0.981 / Rsym value: 0.213 / Net I/σ(I): 3.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.64 Å / Redundancy: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / CC1/2: 0.663 / Rsym value: 0.811 / % possible all: 99.8 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1OZN Resolution: 2.5→43.105 Å / SU ML: 0.42 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 34.2 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→43.105 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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